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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G117170
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 30675605-30678238 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1014 bp · TkA06G117170|TK1151|cDNA

GTCCTTTGTCGTTTCCTTTCACCTTCTTAAAATAATTTCCTCTTTCCCGTAAATGCAATATAACCAACACTTCGTCTTGTTATTACAACCTTCACACAAATATCCTAAAAGCCTTAACAACCCTCTTCTAAATCCATCAACAATGGAGGTGTACGCATACCCATCTCATTTTATGCAATCATCTGCACTAGTTTCTTCATTTTCATTTAGGAATTTGGTTTTCAAAGTTAAAGATTTCATTAGCTCTGCAGTTTCCATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

807 bp · TkA06G117170|TK1151|CDS

ATGCAATATAACCAACACTTCGTCTTGTTATTACAACCTTCACACAAATATCCTAAAAGCCTTAACAACCCTCTTCTAAATCCATCAACAATGGAGGTGTACGCATACCCATCTCATTTTATGCAATCATCTGCACTAGTTTCTTCATTTTCATTTAGGAATTTGGTTTTCAAAGTTAAAGATTTCATTAGCTCTGCAGTTTCCATGGTTATTGGAAATGTCTTCTCTGCAATTTTCACCTTCTTCTTCGCGTTAGGAAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

268 aa · TkA06G117170|TK1151|PROTEIN

MQYNQHFVLLLQPSHKYPKSLNNPLLNPSTMEVYAYPSHFMQSSALVSSFSFRNLVFKVKDFISSAVSMVIGNVFSAIFTFFFALGTLLGALTGALIGQETESGFVRGSAIGAISGAVFSIEVFESSLVLWKSDESGIGCFLYLIDVIVSLLSGRLVRERIGPAMLSAVQSQMGAVETSFDEVQNLFDIGGSKGLTEYSVEKIPKVAITRDNDVDESGELVSCSVCLQDFQLGETVRSLPQCHHMFHLPCIDKWLVRHGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G117170
TK1151 IDTkA06G117170
OH-1004 IDLXL04_024694
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G117170
位置Chr06:30675605-30678238 (+)
描述Similar to NIP2: NEP1-interacting protein 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g17730 内在类囊体膜蛋白，将 RPOT2 固定在类囊体膜的基质侧。 暂无已核实直接文献
At4g35840 内在类囊体膜蛋白，将 RPOT2 固定在类囊体膜的基质侧。 暂无已核实直接文献
At5g66070 可能参与植物防御信号通路的早期阶段。 暂无已核实直接文献
At1g74410 可能参与植物防御信号通路的早期阶段。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os05g0488800 在体外具有E3泛素-蛋白连接酶活性。
Molecular dissection of Oryza sativa salt-induced RING Finger Protein 1 (OsSIRP1): possible involvement in the sensitivity response to salinity stress.2016 · DOI: 10.1111/ppl.12459
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024694 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0042170 plastid membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G74410
ath:AT2G17450
ath:AT2G17730
ath:AT4G35840
ath:AT5G66070
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.363
排名 1 · TkA06G117170 · TK1151
细胞核0.233
排名 2 · TkA06G117170 · TK1151
细胞质0.209
排名 3 · TkA06G117170 · TK1151
高尔基体0.145
排名 4 · TkA06G117170 · TK1151
细胞膜0.138
排名 5 · TkA06G117170 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07114TMEM12642-119 aa
PF31172Gly-zipper_C13G5-265-99 aa
PF17647DUF551869-134 aa
PF27527Y2009_N83-98 aa
PF10247Romo183-98 aa
PF13436Gly-zipper_OmpA84-119 aa
PF13441Gly-zipper_YMGG85-118 aa
PF05433Rick_17kDa_Anti85-118 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G117170PF07114TMEM126421190.1212.4
TkA06G117170PF31172Gly-zipper_C13G5-265990.3611.6
TkA06G117170PF17647DUF5518691340.1313.1
TkA06G117170PF27527Y2009_N83981.49.5
TkA06G117170PF10247Romo183988.47.6
TkA06G117170PF13436Gly-zipper_OmpA841190.0001122.6
TkA06G117170PF13441Gly-zipper_YMGG851185.5e-0523.8
TkA06G117170PF05433Rick_17kDa_Anti851180.003417.9
TkA06G117170PF31172Gly-zipper_C13G5-2851190.3611.6
TkA06G117170PF13488Gly-zipper_Omp861180.0001921.9
TkA06G117170PF10247Romo11021208.47.6
TkA06G117170PF27527Y2009_N1031181.49.5
TkA06G117170PF04423Rad50_zn_hook2192302.28.9
TkA06G117170PF14446Prok-RING_12212610.1213.2
TkA06G117170PF11793FANCL_C2212563.58.7
TkA06G117170PF13639zf-RING_22222652.9e-1350.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8GT74拟南芥sp|Q8GT74|NIP2_ARATH NEP1-interacting protein 282.400%Swiss-Prot中等置信
Q8GT75拟南芥sp|Q8GT75|NIP1_ARATH NEP1-interacting protein 179.400%Swiss-Prot中等置信
Q9FKX5拟南芥sp|Q9FKX5|NIPL1_ARATH NEP1-interacting protein-like 178.200%Swiss-Prot中等置信
Q8LBA0拟南芥sp|Q8LBA0|NIPL2_ARATH NEP1-interacting protein-like 235.600%Swiss-Prot中等置信
Q6AVN2水稻sp|Q6AVN2|SIRP1_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase SIRP141.000%Swiss-Prot低置信

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