TkA06G096530 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G096530

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 25693168-25696774 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

693 bp · TkA06G096530|TK1151|cDNA

ATGATGGCTAGGGAAAAAATAGAGATTAAAAAGATTGATAATGCTACAGCGAGACAGGTGACCTTCTCCAAAAGGAGGAGAGGGCTGTTCAAGAAAGCTGAAGAGCTCTCTGTACTTTGTGATGCTGACGTGGCTCTCGTCATCTTCTCCGCTACTGGTAAACTGTTTCAGTATTCTAGCTCTAGCATGAAAGGAATACTTGAAAGGCATAGCCTGCATTCCAAAAATCTCCAGAAGCTTGACCAACCATCACTTGAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

693 bp · TkA06G096530|TK1151|CDS

ATGATGGCTAGGGAAAAAATAGAGATTAAAAAGATTGATAATGCTACAGCGAGACAGGTGACCTTCTCCAAAAGGAGGAGAGGGCTGTTCAAGAAAGCTGAAGAGCTCTCTGTACTTTGTGATGCTGACGTGGCTCTCGTCATCTTCTCCGCTACTGGTAAACTGTTTCAGTATTCTAGCTCTAGCATGAAAGGAATACTTGAAAGGCATAGCCTGCATTCCAAAAATCTCCAGAAGCTTGACCAACCATCACTTGAATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

230 aa · TkA06G096530|TK1151|PROTEIN

MMAREKIEIKKIDNATARQVTFSKRRRGLFKKAEELSVLCDADVALVIFSATGKLFQYSSSSMKGILERHSLHSKNLQKLDQPSLELQLVEDANYAKLSKEVAERTLQLRRLRGEELHHLTIEELHQLEKSLEAGLGLVVAKKGEVIMHEINCLQEKGTQLMEENVRLRQEMVKISKTQKQIHGDTENVIGEEGQSSESLTNISDSADPVQQDYESSYTSLKLWLVHSLL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G096530`
TK1151 ID	TkA06G096530
OH-1004 ID	LXL04_024457
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	42.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 79.130 / OH-1004 80.088 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G096530

位置 Chr06:25693168-25696774 (+)

描述 Similar to MADS27: MADS-box transcription factor 27

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g22540`	转录抑制因子，在自主开花途径中抑制花期转变，独立于光周期和温度。	暂无已核实直接文献
`At4g24540`	转录激活因子，介导植物对春化作用的花器官转变。	AGAMOUS-LIKE 24, a dosage-dependent mediator of the flowering signals.2002 · DOI: 10.1073/pnas.212624599 AGL24 acts as a promoter of flowering in Arabidopsis and is positively regulated by vernalization.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01671.x An Arabidopsis MADS-box protein, AGL24, is specifically bound to and phosphorylated by meristematic receptor-like kinase (MRLK).2003 · DOI: 10.1093/pcp/pcg092 AGL24, SHORT VEGETATIVE PHASE, and APETALA1 redundantly control AGAMOUS during early stages of flower development in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1105/tpc.106.041798 Direct interaction of AGL24 and SOC1 integrates flowering signals in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1242/dev.020255 AGAMOUS-LIKE24 and SHORT VEGETATIVE PHASE determine floral meristem identity in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03648.x The Arabidopsis floral meristem identity genes AP1, AGL24 and SVP directly repress class B and C floral homeotic genes.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03985.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0186600`	转录因子，可调控参与细胞信号传导和基因转录的多个基因的表达。	A brassinolide-suppressed rice MADS-box transcription factor, OsMDP1, has a negative regulatory role in BR signaling.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02804.x
`Os02g0761000`	可能的转录因子。	OsMADS22, an STMADS11-like MADS-box gene of rice, is expressed in non-vegetative tissues and its ectopic expression induces spikelet meristem indeterminacy.2005 · DOI: 10.1007/s00438-004-1093-6 Rice SVP-group MADS-box proteins, OsMADS22 and OsMADS55, are negative regulators of brassinosteroid responses.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03406.x

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024457 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010440 stomatal lineage progression 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0048578 positive regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0048586 regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0000978 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding 分子功能

GO:0000981 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G22630

ath:AT3G57230

ath:AT4G37940

dosa:Os02g0579600

dosa:Os02g0731200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.948

排名 1 · TkA06G096530 · TK1151

细胞质0.121

排名 2 · TkA06G096530 · TK1151

细胞膜0.027

排名 3 · TkA06G096530 · TK1151

内质网0.016

排名 4 · TkA06G096530 · TK1151

质体0.012

排名 5 · TkA06G096530 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00319SRF-TF11-58 aa

PF00170bZIP_123-36 aa

PF01486K-box70-82 aa

PF29645CHCH3_N91-121 aa

PF01486K-box93-172 aa

PF06156YabA100-122 aa

PF24670DUF7653107-183 aa

PF00170bZIP_1123-131 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G096530	`PF00319`	SRF-TF	11	58	7e-26	90.1
TkA06G096530	`PF00170`	bZIP_1	23	36	0.21	12.4
TkA06G096530	`PF01486`	K-box	70	82	8.9e-16	58.5
TkA06G096530	`PF29645`	CHCH3_N	91	121	0.073	13.9
TkA06G096530	`PF01486`	K-box	93	172	8.9e-16	58.5
TkA06G096530	`PF06156`	YabA	100	122	0.77	11.1
TkA06G096530	`PF24670`	DUF7653	107	183	0.0036	18.1
TkA06G096530	`PF00170`	bZIP_1	123	131	0.21	12.4
TkA06G096530	`PF27490`	Rem	132	163	0.11	13.5
TkA06G096530	`PF06156`	YabA	145	203	0.77	11.1
TkA06G096530	`PF00170`	bZIP_1	150	181	0.21	12.4
TkA06G096530	`PF29645`	CHCH3_N	163	181	0.073	13.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FVC1`	拟南芥	sp\|Q9FVC1\|SVP_ARATH MADS-box protein SVP	58.400%	Swiss-Prot	高置信
`O82794`	拟南芥	sp\|O82794\|AGL24_ARATH MADS-box protein AGL24	54.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q5K4R0`	水稻	sp\|Q5K4R0\|MAD47_ORYSJ MADS-box transcription factor 47	53.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9XJ66`	水稻	sp\|Q9XJ66\|MAD22_ORYSJ MADS-box transcription factor 22	55.600%	Swiss-Prot	高置信

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