LXL04_024457 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024457

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 91271223-91274221 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

681 bp · LXL04_024457|LXL04_024457|OH1004|cDNA

ATGGGAAGAGGAAAGATTGCAATCAGGAGAATAGACAACTCCACCAGTAGGCAGGTGACATTTTCAAAGAGAAGAAATGGGTTACTGAAGAAAGCAAAAGAGTTGGCCATTTTATGTGATGCGGAAGTTGGAGTCATGATCTTCTCCAGTACCAATAAGCTCTATGAATTCTCAAGTGCAAGCATGAAATCAGTGATTCAACACTACAAtaaatcaaaagaagaaaacagTCAGCTGGTGAATCCGATGTCAAACGTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

681 bp · LXL04_024457|LXL04_024457|OH1004|CDS

ATGGGAAGAGGAAAGATTGCAATCAGGAGAATAGACAACTCCACCAGTAGGCAGGTGACATTTTCAAAGAGAAGAAATGGGTTACTGAAGAAAGCAAAAGAGTTGGCCATTTTATGTGATGCGGAAGTTGGAGTCATGATCTTCTCCAGTACCAATAAGCTCTATGAATTCTCAAGTGCAAGCATGAAATCAGTGATTCAACACTACAATAAATCAAAAGAAGAAAACAGTCAGCTGGTGAATCCGATGTCAAACGTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

226 aa · LXL04_024457|LXL04_024457|OH1004|PROTEIN

MGRGKIAIRRIDNSTSRQVTFSKRRNGLLKKAKELAILCDAEVGVMIFSSTNKLYEFSSASMKSVIQHYNKSKEENSQLVNPMSNVKLWQMEAAMLKQQLQNLHETHRQLMGEELCGLGVEDLQKLENQLAVSLQGIRIKKEEVLTNEIRELNRKGSQIHQENVQLYKKIFMQEKCFSQIHEAKAYAASYDEISNSLHETPVSIEHITLPIRSYANLNIGGLLTYQ

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024457`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024457

位置 Chr05:91271223-91274221 (-)

描述 Similar to MADS27: MADS-box transcription factor 27

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g57230`	可能参与长日光周期开花时间调节的转录因子。	MicroRNA-mediated regulation of stomatal development in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.050377 miR824-Regulated AGAMOUS-LIKE16 Contributes to Flowering Time Repression in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.124685
`At4g37940`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At2g22630`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0579600`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`Os02g0731200`	转录因子，靶向 D14 启动子中的 CArG 基序 5'-C(A/T)TTAAAAAG-3'。	The interaction between OsMADS57 and OsTB1 modulates rice tillering via DWARF14.2013 · DOI: 10.1038/ncomms2542

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024457 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010440 stomatal lineage progression 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0048578 positive regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0048586 regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0000978 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding 分子功能

GO:0000981 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G22630

ath:AT3G57230

ath:AT4G37940

dosa:Os02g0579600

dosa:Os02g0731200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.947

排名 1 · LXL04_024457 · OH-1004

细胞质0.124

排名 2 · LXL04_024457 · OH-1004

细胞膜0.027

排名 3 · LXL04_024457 · OH-1004

内质网0.014

排名 4 · LXL04_024457 · OH-1004

质体0.012

排名 5 · LXL04_024457 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00319.24SRF-TF10-57 aa

PF01486.23K-box85-170 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024457	`PF00319.24`	SRF-TF	10	57	1.7e-25	88.9
LXL04_024457	`PF01486.23`	K-box	85	170	5.2e-24	84.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A2RVQ5`	拟南芥	Agamous-like MADS-box protein AGL16	57.604%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SZJ6`	拟南芥	Agamous-like MADS-box protein AGL21	63.978%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q38840`	拟南芥	Agamous-like MADS-box protein AGL17	58.378%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6EP49`	水稻	MADS-box transcription factor 27	60.465%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6Z6W2`	水稻	MADS-box transcription factor 57	66.279%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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