RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G084940
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 22679571-22680383 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

591 bp · TkA06G084940|TK1151|cDNA

ATGGCCTGTTCTTCGTCATCGTTTTCTCCTTGCTTATCTCAGCTAACGGCGGCTCTTAAAGCTGTTATAATGTTGCTTCAGTCTGCAGGAGGCTTCGATCACATTAACTCCCCTGAAAGAGGAGCCGTTGAATTCACATCCGAATTCCGAAGTGTTACCTGCAAACTTGAACATGCGTTAGCTAACTTGCCATATGATGATTTTGACATATCGGAGGATACTAAAGAACAAGTTGATTTAGCAAGAAGACAATGTATAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

591 bp · TkA06G084940|TK1151|CDS

ATGGCCTGTTCTTCGTCATCGTTTTCTCCTTGCTTATCTCAGCTAACGGCGGCTCTTAAAGCTGTTATAATGTTGCTTCAGTCTGCAGGAGGCTTCGATCACATTAACTCCCCTGAAAGAGGAGCCGTTGAATTCACATCCGAATTCCGAAGTGTTACCTGCAAACTTGAACATGCGTTAGCTAACTTGCCATATGATGATTTTGACATATCGGAGGATACTAAAGAACAAGTTGATTTAGCAAGAAGACAATGTATAAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

196 aa · TkA06G084940|TK1151|PROTEIN

MACSSSSFSPCLSQLTAALKAVIMLLQSAGGFDHINSPERGAVEFTSEFRSVTCKLEHALANLPYDDFDISEDTKEQVDLARRQCIRARQRYETTDIHHHEYDHGVESIVRDEKASDQVEILAEFMCPITRDLIRDPVIVSTGQTYERLDIQMWINSGKKTCPKTRLKLRNFTLIPNYALRNLVAEWCKHHNISIH

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G084940
TK1151 IDTkA06G084940
OH-1004 IDLXL04_025047
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)47.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.490 / OH-1004 37.891
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G084940
位置Chr06:22679571-22680383 (-)
描述Similar to PUB11: U-box domain-containing protein 11
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g71020 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At1g23030 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At5g42340 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: A2ZLU6 与防御相关的蛋白，可负向调控程序性细胞死亡。 暂无已核实直接文献
Os12g0570000 E3 泛素蛋白连接酶，负向调节程序性细胞死亡和抗病性。
Spotted leaf11, a negative regulator of plant cell death and defense, encodes a U-box/armadillo repeat protein endowed with E3 ubiquitin ligase activity.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.025171
SPIN1, a K homology domain protein negatively regulated and ubiquitinated by the E3 ubiquitin ligase SPL11, is involved in flowering time control in rice.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.058610
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025047 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0031648 protein destabilization 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0050777 negative regulation of immune response 生物过程
GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程
GO:0090333 regulation of stomatal closure 生物过程
GO:2000022 regulation of jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G23030
ath:AT1G71020
ath:AT3G46510
dosa:Os06g0102700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.516
排名 1 · TkA06G084940 · TK1151
细胞核0.496
排名 2 · TkA06G084940 · TK1151
细胞膜0.098
排名 3 · TkA06G084940 · TK1151
内质网0.051
排名 4 · TkA06G084940 · TK1151
线粒体0.045
排名 5 · TkA06G084940 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25368PUB10_N5-88 aa
PF30316TP_077766-94 aa
PF13445zf-RING_UBOX83-90 aa
PF04564U-box124-192 aa
PF11789zf-Nse124-163 aa
PF30316TP_0777126-138 aa
PF13445zf-RING_UBOX127-163 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G084940PF25368PUB10_N5881.4e-1868.5
TkA06G084940PF30316TP_077766940.07214.1
TkA06G084940PF13445zf-RING_UBOX83900.1612.7
TkA06G084940PF04564U-box1241924e-1969.3
TkA06G084940PF11789zf-Nse1241630.0005220.5
TkA06G084940PF30316TP_07771261380.07214.1
TkA06G084940PF13445zf-RING_UBOX1271630.1612.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9C9A6拟南芥sp|Q9C9A6|PUB10_ARATH U-box domain-containing protein 1036.700%Swiss-Prot中等置信
Q8GUG9拟南芥sp|Q8GUG9|PUB11_ARATH U-box domain-containing protein 1158.800%Swiss-Prot低置信
Q681N2拟南芥sp|Q681N2|PUB15_ARATH U-box domain-containing protein 1554.200%Swiss-Prot低置信
A2ZLU6水稻sp|A2ZLU6|SL11_ORYSI Protein spotted leaf 1129.600%Swiss-Prot低置信
Q0IMG9水稻sp|Q0IMG9|SL11_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase SPL1129.600%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看