TkA06G073230 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G073230

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 19635130-19637524 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1637 bp · TkA06G073230|TK1151|cDNA

GAATTTGGTTACAGATTTGTGATTATTTAAAAAGACGGTAGACAATAAAACGCTTGACACTCCGAGAATCCTCACTCAGAAGTCACTTCTTTTCAACTCCCGAGGTCTACCCCGCTAACGTACACTGGTGGAGGGTACAGTACGCACCCAACAACCCTCCACTGTCAAAGGAGATCACACGCAGCTTTATCACCCACCCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTCTATACATACACTTATCAGAATCTACATCTCTCTTTTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

849 bp · TkA06G073230|TK1151|CDS

ATGGATCCGCCAATGATGATGAATGGAGGTGGTTTTCGGTCAAGTAATACGGGATCGTCGTTGTGTAATTTGCCTGAGATCTGGCCCTTTCAGATAAATCTAGGCGGTGGCAGCGGCAATGCGGCGTCGTTTGGTATGGGGCAATTGGGGGATAATACCAGTGGAAGTGGTGTGTTTTTGGATAATCGAGATCATGTGGCGGTGGATGATCCGATGGTTGTGGACCAGAGAGGGAATAGTAATCAGAGTAAGAAACGACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

282 aa · TkA06G073230|TK1151|PROTEIN

MDPPMMMNGGGFRSSNTGSSLCNLPEIWPFQINLGGGSGNAASFGMGQLGDNTSGSGVFLDNRDHVAVDDPMVVDQRGNSNQSKKRREDDDSSKGVSTSSRSNGNSMLDSDGKRLKSLALETESESKPEPERSSGKKAENNAKPSDPPKQDYIHVRARRGQATDSHSLAERARREKISERMKILQDLVPGCNKVIGKALVLDEIINYIQSLQQQVEFLSMKLEAVTSRSHPSPQGFTSKDYGQQTFEMTGVPFGSQPTRE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G073230`
TK1151 ID	TkA06G073230
OH-1004 ID	LXL04_025229
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G073230

位置 Chr06:19635130-19637524 (-)

描述 Similar to BHLH094: Transcription factor BHLH094

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g62610`	转录因子 bHLH79。	暂无已核实直接文献
`At1g59640`	参与花瓣大小的调控，通过干扰有丝分裂后细胞扩展来限制最终的花瓣细胞大小。	暂无已核实直接文献
`At5g48560`	结合 DNA 的转录因子，结合 G box 5'-CACGTG-3' 和 E-box 5'-CANNTG-3'（通过相似性）。	Multiple bHLH proteins form heterodimers to mediate CRY2-dependent regulation of flowering-time in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003861

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0193800`	形成与RSS3和TIFY11A/JAZ9的三元复合物的转录因子，用于负向调控茉莉酸响应基因。	暂无已核实直接文献
`Os03g0802900`	可能调控茉莉酸调节基因的转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025229 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0048446 petal morphogenesis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0046983 protein dimerization activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G59640

ath:AT5G48560

ath:AT5G62610

dosa:Os03g0802900

dosa:Os07g0193800

osa:4334471

osa:4342637

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.981

排名 1 · TkA06G073230 · TK1151

细胞质0.081

排名 2 · TkA06G073230 · TK1151

细胞膜0.025

排名 3 · TkA06G073230 · TK1151

内质网0.013

排名 4 · TkA06G073230 · TK1151

质体0.010

排名 5 · TkA06G073230 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02590SPOUT_MTase79-122 aa

PF12722Hid180-182 aa

PF02590SPOUT_MTase126-180 aa

PF23177bHLH_IRO3164-223 aa

PF00010HLH165-212 aa

PF23173bHLH_SAC51170-214 aa

PF23174bHLH_ILI175-224 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G073230	`PF02590`	SPOUT_MTase	79	122	0.33	11.7
TkA06G073230	`PF12722`	Hid1	80	182	1.3	7.9
TkA06G073230	`PF02590`	SPOUT_MTase	126	180	0.33	11.7
TkA06G073230	`PF23177`	bHLH_IRO3	164	223	0.016	16.3
TkA06G073230	`PF00010`	HLH	165	212	2.6e-09	37.4
TkA06G073230	`PF23173`	bHLH_SAC51	170	214	8.3e-09	36.0
TkA06G073230	`PF23174`	bHLH_ILI	175	224	0.00082	20.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LV17`	拟南芥	sp\|Q9LV17\|BH079_ARATH Transcription factor bHLH79	45.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q0JXE7`	拟南芥	sp\|Q0JXE7\|BPE_ARATH Transcription factor BPE	49.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FJL4`	拟南芥	sp\|Q9FJL4\|BH078_ARATH Transcription factor bHLH78	75.500%	Swiss-Prot	低置信
`Q69WS3`	水稻	sp\|Q69WS3\|BH094_ORYSJ Transcription factor BHLH094	72.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q84T08`	水稻	sp\|Q84T08\|BH089_ORYSJ Transcription factor BHLH089	68.000%	Swiss-Prot	中等置信

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