TkA06G061640 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G061640

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 16627198-16631611 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1591 bp · TkA06G061640|TK1151|cDNA

AAAACATTGGGGGTAAAATAGTCTTTTAGTGGCTTTGATCGGAGGGGTGATATTTCTTTCTTACAGCACTAGCGAGAAGAAAAACTCGATTCAAAATCGTAAAACCAAAGAAACAATTCATATATGAATTTTGATTTATAAATATCTAAATCTGATTAAAGGCATAAATCTCCGGCGATACCCCGTCCAATTACTTCCACATCCATCGATTTCTTCCTTTATTGGCCAATTTGTGAATGGAAGCGATCAGGAAACAGGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1128 bp · TkA06G061640|TK1151|CDS

ATGGAAGCGATCAGGAAACAGGCAACGAAGCTCCGGGAACAGGTTGCCAGACAACAACAGGCGGTTTTCAAGCAGTTTGGTGGTGGAGGTTACGGAGGTTCAGATAATGTGGTAACAGATGAAGCAGAACTCATGCTTCACCAAAAACTCGAGAGACTATACATCTCCACACGTGCTGCCAAGCATTTTCAAAGGGACATTGTTCGCGGTGTTGAAGGTTACATAGTTACCGGTTCCAAACAAGTCGAAATAGGAAGTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

375 aa · TkA06G061640|TK1151|PROTEIN

MEAIRKQATKLREQVARQQQAVFKQFGGGGYGGSDNVVTDEAELMLHQKLERLYISTRAAKHFQRDIVRGVEGYIVTGSKQVEIGSKLSEDSRKYGIENTCTSGNTLSRAAVNFSRARVQMEKERENLLKSFGTQVAEPLRAMVMGAPLEDARHLAQRYDRMRQEAEAQVVEVSKRQAKVMDGNGSPELFARLEAAESKLQDLKSNMANLGKEAASAMAAVESQQQNMTLQRLISMIESERGYHEKVIQILDHLEGELKS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G061640`
TK1151 ID	TkA06G061640
OH-1004 ID	LXL04_025401
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.467 / OH-1004 91.198 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G061640

位置 Chr06:16627198-16631611 (-)

描述 Similar to SH3P2: SH3 domain-containing protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g34660`	可能调节自噬体的形成或成熟。	A BAR-domain protein SH3P2, which binds to phosphatidylinositol 3-phosphate and ATG8, regulates autophagosome formation in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.118307 SH3 Domain-Containing Protein 2 Plays a Crucial Role at the Step of Membrane Tubulation during Cell Plate Formation.2017 · DOI: 10.1105/tpc.17.00108
`At4g18060`	可能参与将 DRP2A 招募到辅助蛋白复合体中，并负向调节其 GTP 酶活性。	暂无已核实直接文献
`At1g31440`	脂质结合蛋白与磷脂酸、磷脂酰肌醇-4-磷酸和磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸强烈结合。	Role of SH3 domain-containing proteins in clathrin-mediated vesicle trafficking in Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1105/tpc.010279

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025401 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006897 endocytosis 生物过程

GO:0009920 cell plate formation involved in plant-type cell wall biogenesis 生物过程

GO:0061024 membrane organization 生物过程

GO:0072319 vesicle uncoating 生物过程

GO:0072583 clathrin-dependent endocytosis 生物过程

GO:1903527 positive regulation of membrane tubulation 生物过程

GO:0000421 autophagosome membrane 细胞组分

GO:0002102 podosome 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005770 late endosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G31440

ath:AT4G18060

ath:AT4G34660

gga:395202

mmu:20405

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.687

排名 1 · TkA06G061640 · TK1151

细胞膜0.251

排名 2 · TkA06G061640 · TK1151

细胞核0.186

排名 3 · TkA06G061640 · TK1151

高尔基体0.123

排名 4 · TkA06G061640 · TK1151

溶酶体／液泡0.083

排名 5 · TkA06G061640 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12761End33-83 aa

PF01322Cytochrom_C_23-23 aa

PF09392T3SS_needle_F3-32 aa

PF02050FliJ5-22 aa

PF14362DUF44077-21 aa

PF10400Vir_act_alpha_C9-20 aa

PF16746BAR_366-178 aa

PF23020PEX14-like_2nd108-143 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G061640	`PF12761`	End3	3	83	0.21	12.5
TkA06G061640	`PF01322`	Cytochrom_C_2	3	23	1.2	10.9
TkA06G061640	`PF09392`	T3SS_needle_F	3	32	7.1	7.7
TkA06G061640	`PF02050`	FliJ	5	22	1.9	9.2
TkA06G061640	`PF14362`	DUF4407	7	21	0.11	12.5
TkA06G061640	`PF10400`	Vir_act_alpha_C	9	20	0.31	12.5
TkA06G061640	`PF16746`	BAR_3	66	178	0.00036	21.0
TkA06G061640	`PF23020`	PEX14-like_2nd	108	143	0.14	13.2
TkA06G061640	`PF02050`	FliJ	115	181	1.9	9.2
TkA06G061640	`PF30816`	CEP152_CC1	116	172	1.3	7.9
TkA06G061640	`PF24615`	Spectrin_Anc-1_2	121	130	0.16	13.0
TkA06G061640	`PF01322`	Cytochrom_C_2	123	225	1.2	10.9
TkA06G061640	`PF07267`	Nucleo_P87	126	298	0.12	11.8
TkA06G061640	`PF10400`	Vir_act_alpha_C	149	179	0.31	12.5
TkA06G061640	`PF05010`	TACC_C	150	180	0.21	12.0
TkA06G061640	`PF14362`	DUF4407	155	266	0.11	12.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VWF1`	拟南芥	sp\|Q8VWF1\|SH3P2_ARATH SH3 domain-containing protein 2	69.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q8L7W0`	拟南芥	sp\|Q8L7W0\|SH3P3_ARATH SH3 domain-containing protein 3	50.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9C865`	拟南芥	sp\|Q9C865\|SH3P1_ARATH SH3 domain-containing protein 1	41.900%	Swiss-Prot	中等置信

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