TkA06G056430 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G056430

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 15230518-15232782 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1257 bp · TkA06G056430|TK1151|cDNA

GGTAGCAATAAATACCTTCATCATCCCACCGAAAACAGACGCAAAATACACGCACTCGCAAAAACCCTTTTGCTTTCTATCTCCCGCATCCGACCCTTTTCACCATTTTCTCTGCCAGATCTTGGAGATGCGTCCTTCTTGAATCGCCGTTCTCTGTTCTTCTCTTCTTCTGGTTTGGTGGGATAACCGAGAAAGAGAGAGAGAGAGATGGCGGAAGTTGTGGGAGCGAAAGAGAGCGCGGTGGTGGATGGTGGTTCGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

729 bp · TkA06G056430|TK1151|CDS

ATGGCGGAAGTTGTGGGAGCGAAAGAGAGCGCGGTGGTGGATGGTGGTTCGACGATGTTTAGCGAGGTGGAGGTGAGAGAGATGTCGGGGTTCAAGCGTGGCGGCGATGATCACGTGGAAGTCACGTGTGGGTGCACTAGCTTCTGCTACGGTGACGCCGTCGGCACGCTTAGGGTGTTCGCTAGTGGTGATCTCGAAATCCGATGCGATTGTACCCCTGGCTGTCAAGAAGATAAGCTAACACCGGCTGCTTTTGAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

242 aa · TkA06G056430|TK1151|PROTEIN

MAEVVGAKESAVVDGGSTMFSEVEVREMSGFKRGGDDHVEVTCGCTSFCYGDAVGTLRVFASGDLEIRCDCTPGCQEDKLTPAAFEKHSGRETARKWKNNIWVIVDGEKVPLSKTALLKYYNKALTKTSSQTTSQRVCHRDEFLKCTQCSKLRRFHLRTKEECRAYHDAFININNWNCSDMPFHKITCDDEEERASRRVYRGCLTSSTCRGCTSCVCFGCGTCRFSDCGCQSCIDFTRNAKA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G056430`
TK1151 ID	TkA06G056430
OH-1004 ID	LXL04_025493
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	93.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G056430

位置 Chr06:15230518-15232782 (-)

描述 Similar to ULT1: Protein ULTRAPETALA 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g28190`	假定的转录因子，作为芽和花分生组织中细胞积累的关键负调节因子。	The ULTRAPETALA1 gene functions early in Arabidopsis development to restrict shoot apical meristem activity and acts through WUSCHEL to regulate floral meristem determinacy.2004 · DOI: 10.1534/genetics.104.028787 ULTRAPETALA1 encodes a SAND domain putative transcriptional regulator that controls shoot and floral meristem activity in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1242/dev.01642 REBELOTE, SQUINT, and ULTRAPETALA1 function redundantly in the temporal regulation of floral meristem termination in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1105/tpc.107.053306 EMBRYONIC FLOWER1 and ULTRAPETALA1 Act Antagonistically on Arabidopsis Development and Stress Response.2013 · DOI: 10.1104/pp.112.213223
`At2g20825`	假定的转录因子，作为芽和花分生组织中细胞积累的关键负调节因子。	ULTRAPETALA1 encodes a SAND domain putative transcriptional regulator that controls shoot and floral meristem activity in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1242/dev.01642

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025493 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程

GO:0010022 meristem determinacy 生物过程

GO:0010080 regulation of floral meristem growth 生物过程

GO:0010081 regulation of inflorescence meristem growth 生物过程

GO:0010582 floral meristem determinacy 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:1901000 regulation of response to salt stress 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G20825

ath:AT4G28190

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.906

排名 1 · TkA06G056430 · TK1151

细胞质0.194

排名 2 · TkA06G056430 · TK1151

细胞膜0.030

排名 3 · TkA06G056430 · TK1151

线粒体0.020

排名 4 · TkA06G056430 · TK1151

内质网0.018

排名 5 · TkA06G056430 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23292SAND_ULT128-121 aa

PF23293zf_ULT143-50 aa

PF01342SAND75-102 aa

PF13641Glyco_tranf_2_392-159 aa

PF23293zf_ULT1139-237 aa

PF01342SAND224-236 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G056430	`PF23292`	SAND_ULT1	28	121	6.5e-43	145.8
TkA06G056430	`PF23293`	zf_ULT1	43	50	5.5e-42	143.2
TkA06G056430	`PF01342`	SAND	75	102	0.5	10.8
TkA06G056430	`PF13641`	Glyco_tranf_2_3	92	159	0.11	12.9
TkA06G056430	`PF23293`	zf_ULT1	139	237	5.5e-42	143.2
TkA06G056430	`PF01342`	SAND	224	236	0.5	10.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GZA8`	拟南芥	sp\|Q8GZA8\|ULT1_ARATH Protein ULTRAPETALA 1	63.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q8S8I2`	拟南芥	sp\|Q8S8I2\|ULT2_ARATH Protein ULTRAPETALA 2	58.100%	Swiss-Prot	高置信

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