TkA06G054630 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G054630

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 14781139-14784760 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2238 bp · TkA06G054630|TK1151|cDNA

GATAATATATTTTTTTAACTATTCAAAACTTAATTTATTTTATGGTTATTCATCTGAAGAAACATTTACCTGAGAAATACATGGTTTTGCCATTTATTCGCAACCAGACCATCAAATGTAACGTGTCCTGCTCACGACAAAAGGGGAAAGCCTTTGAGAAAAAGTTGGAAAGGTCAAAATCCATTTTCAACCGCTGTAACAGAACACTTCTATCTTCACTGCCATGTGAGAGACAGAGAGAGAGAGAGATCCACACAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1950 bp · TkA06G054630|TK1151|CDS

ATGGTTATTCATCTGAAGAAACATTTACCTGAGAAATACATGGTTTTGCCATTTATTCGCAACCAGACCATCAAATGTAACGTGTCCTGCTCACGACAAAAGGGGAAAGCCTTTGAGAAAAAGTTGGAAAGGTCAAAATCCATTTTCAACCGCTGTAACAGAACACTTCTATCTTCACTGCCATGTGAGAGACAGAGAGAGAGAGAGATCCACACAGAACTCAACATGACGCTTTTCGCTTATCTAAACAGAGCTCGTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

649 aa · TkA06G054630|TK1151|PROTEIN

MVIHLKKHLPEKYMVLPFIRNQTIKCNVSCSRQKGKAFEKKLERSKSIFNRCNRTLLSSLPCERQREREIHTELNMTLFAYLNRARNGFSSSSKLLVVFSLSSGGLVAYSESQSSTPPNNRELEELPKKKKVIVLGTGWASISFLKDLDISSYDVQVVSPRNYFAFTPLLPSVTCGTVEARSIVEPIRNIIKKKKGDIHFWEAECTKIDAANKKVSCRSTIESNMGKKEFSLDYDYLVIATGAEVNTFNTPGVKEHCHFL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G054630`
TK1151 ID	TkA06G054630
OH-1004 ID	LXL04_025522
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 88.444 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G054630

位置 Chr06:14781139-14784760 (-)

描述 Similar to NDB1: External alternative NAD(P)H-ubiquinone oxidoreductase B1, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g28220`	替代型 NADH-泛醌氧化还原酶，可催化线粒体 NADH 的氧化，但不在内线粒体膜上转运质子（通过相似性推测）。	Ca2+-binding and Ca2+-independent respiratory NADH and NADPH dehydrogenases of Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m704674200
`At4g21490`	替代性NADH-泛醌氧化还原酶，催化线粒体NADH的氧化，但不将质子跨内线粒体膜转运。	暂无已核实直接文献
`At4g05020`	替代型 NADH-泛醌氧化还原酶，可催化线粒体 NADH 的氧化，但不在内线粒体膜上转运质子（通过相似性推测）。	Ca2+-binding and Ca2+-independent respiratory NADH and NADPH dehydrogenases of Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m704674200

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025522 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0005758 mitochondrial intermembrane space 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0031314 extrinsic component of mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0003954 NADH dehydrogenase activity 分子功能

GO:0003959 NADPH dehydrogenase activity 分子功能

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

GO:0009916 alternative oxidase activity 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0120555 NADH dehydrogenase (ubiquinone) (non-electrogenic) activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G05020

ath:AT4G21490

ath:AT4G28220

sot:102591773

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.924

排名 1 · TkA06G054630 · TK1151

细胞质0.081

排名 2 · TkA06G054630 · TK1151

细胞核0.062

排名 3 · TkA06G054630 · TK1151

细胞膜0.042

排名 4 · TkA06G054630 · TK1151

内质网0.021

排名 5 · TkA06G054630 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07992Pyr_redox_2130-450 aa

PF00070Pyr_redox131-164 aa

PF00070Pyr_redox297-380 aa

PF21650DnaG_cat_HB445-461 aa

PF13499EF-hand_7453-493 aa

PF13833EF-hand_8453-475 aa

PF13405EF-hand_6455-479 aa

PF13202EF-hand_5455-477 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G054630	`PF07992`	Pyr_redox_2	130	450	5.8e-49	167.8
TkA06G054630	`PF00070`	Pyr_redox	131	164	1.6e-06	29.2
TkA06G054630	`PF00070`	Pyr_redox	297	380	1.6e-06	29.2
TkA06G054630	`PF21650`	DnaG_cat_HB	445	461	0.25	12.1
TkA06G054630	`PF13499`	EF-hand_7	453	493	0.019	16.0
TkA06G054630	`PF13833`	EF-hand_8	453	475	0.09	13.3
TkA06G054630	`PF13405`	EF-hand_6	455	479	0.0025	18.1
TkA06G054630	`PF13202`	EF-hand_5	455	477	0.011	15.9
TkA06G054630	`PF00036`	EF-hand_1	455	479	0.019	15.2
TkA06G054630	`PF22366`	NDH2_C	584	645	2.5e-18	66.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q1JPL4`	拟南芥	sp\|Q1JPL4\|NDB1_ARATH External alternative NAD(P)H-ubiquinone oxidoreductase B1, mitochondrial	66.300%	Swiss-Prot	高置信
`F4JJJ3`	拟南芥	sp\|F4JJJ3\|NDB3_ARATH External alternative NAD(P)H-ubiquinone oxidoreductase B3, mitochondrial	63.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q94BV7`	拟南芥	sp\|Q94BV7\|NDB2_ARATH External alternative NAD(P)H-ubiquinone oxidoreductase B2, mitochondrial	62.300%	Swiss-Prot	高置信

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