TkA06G051800 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G051800

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 14073682-14080671 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2116 bp · TkA06G051800|TK1151|cDNA

ATGCGGTGGAGTCGACAGGTTACGGGAGGAGTTGCTGCGTTTCAGATGGCTCAGCTACAGGATTTGTTGGCGACGGTGCAGGTGCGGGATTTACCTGATAAGTGGCGTTGGGAGTTAAACGGCTCCTTGGAGTTCTCGGTGGCTGTCGTTCGGGCTCACTTGGATGCGAGTACGCTCCCTACTGGTGCGAGTCCGACTAAATGGAATAGGTTCGTTCCCATAAAGATTAATGTTTTTGCTTGGCGGGTTGCTTCTAATCG...

CDS

下载 CDS FASTA

918 bp · TkA06G051800|TK1151|CDS

ATGCGGTGGAGTCGACAGGTTACGGGAGGAGTTGCTGCGTTTCAGATGGCTCAGCTACAGGATTTGTTGGCGACGGTGCAGGTGCGGGATTTACCTGATAAGTGGCGTTGGGAGTTAAACGGCTCCTTGGAGTTCTCGGTGGCTGTCGTTCGGGCTCACTTGGATGCGAGTACGCTCCCTACTGGTGCGAGTCCGACTAAATGGAATAGGTTCGTTCCCATAAAGATTAATGTTTTTGCTTGGCGGGTTGCTTCTAATCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

305 aa · TkA06G051800|TK1151|PROTEIN

MRWSRQVTGGVAAFQMAQLQDLLATVQVRDLPDKWRWELNGSLEFSVAVVRAHLDASTLPTGASPTKWNRFVPIKINVFAWRVASNRLPTRLNLEQKGIDVDTIMCPVCQREVESLAHILFKCEVAIAVWGRVANWCDAYMPVFDLYGEMTQWVDANTIDRRAKVDGVCCITMWVLWKFRNEVSVMQRPGLKVSPTSRARDEVVNPIDKGRAKGVRFPNRPIRLLQITEEFEEIPVQSRGFGILDDEAWAAGGNGILLKS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G051800`
TK1151 ID	TkA06G051800
OH-1004 ID	LXL04_004514
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	90.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 59.344 / OH-1004 49.728 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G051800

位置 Chr06:14073682-14080671 (+)

描述 Protein of unknown function

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g23120`	光系统 II 生物发生必需的。	The HCF136 protein is essential for assembly of the photosystem II reaction center in Arabidopsis thaliana.2002 · DOI: 10.1016/s0014-5793(02)03634-7 A nuclear-encoded protein of prokaryotic origin is essential for the stability of photosystem II in Arabidopsis thaliana.1998 · DOI: 10.1093/emboj/17.18.5286

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0729500`	光系统 II (PSII) 生物发生必需的； PSII 组装中早期中间体的组装所需，其中包括 D2 (psbD) 和细胞色素 b559。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004514 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0004523 RNA-DNA hybrid ribonuclease activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.424

排名 1 · TkA06G051800 · TK1151

细胞核0.277

排名 2 · TkA06G051800 · TK1151

细胞膜0.198

排名 3 · TkA06G051800 · TK1151

高尔基体0.090

排名 4 · TkA06G051800 · TK1151

内质网0.089

排名 5 · TkA06G051800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13966zf-RVT66-130 aa

PF13966zf-RVT169-183 aa

PF14870PSII_BNR229-303 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G051800	`PF13966`	zf-RVT	66	130	7.2e-17	62.5
TkA06G051800	`PF13966`	zf-RVT	169	183	7.2e-17	62.5
TkA06G051800	`PF14870`	PSII_BNR	229	303	6.1e-20	72.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82660`	拟南芥	sp\|O82660\|P2SAF_ARATH Photosystem II stability/assembly factor HCF136, chloroplastic	75.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q5Z5A8`	水稻	sp\|Q5Z5A8\|P2SAF_ORYSJ Photosystem II stability/assembly factor HCF136, chloroplastic	74.400%	Swiss-Prot	低置信

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