RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G050980
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 13851379-13854010 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2142 bp · TkA06G050980|TK1151|cDNA

TACCCTTTGGTCCCAATGATAGACTGAACTTAATATAAGAATTTTAGGCTATGGGAGTGGTTAGCGTGATAAGGGTGTGCTAAGAGATGCCACGTAGGATTTTTGGGCCTTAGCATTTCCTTAGCATTTAGGTGGGGAGTGGTTAGCGTGTGCTAAGTTAATTATTTTAGTGGAGAGAAGAGAAACAGGTACTGAATTTATACCCGTTACACACACACACGTTCGCTATAGCCTCGCTGAGGGGATAGCGAGGCATGCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1143 bp · TkA06G050980|TK1151|CDS

ATGACGATGAAAGAGTGGAAATTCAAAGAGAATCAGAATTTAAAGACTGCATCAGCCTTTTCAATTAAACGTGTTCTTGACGATGTCAAGAACAACGTTAATCCAAGTGATGAAAGGCCCGTTATACCTCTCAGCCATGGAGATCCTTCATCGTTTTCATGCTTCCGAACTACTCAAGTAGCAGAAGATGCAGTAGTGGATGCTCTTTGCTCAGCTAACTTCAACGGTTATGCACCCAAAGGCGGCGCTCTTCAAGCAAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

380 aa · TkA06G050980|TK1151|PROTEIN

MTMKEWKFKENQNLKTASAFSIKRVLDDVKNNVNPSDERPVIPLSHGDPSSFSCFRTTQVAEDAVVDALCSANFNGYAPKGGALQARRAIAEYLSINLPYELSTDDVYVTLGAKQAIEIVLSSLRRPGANILLPKPGYPAYDALSILNHIEVRHFDLLQEKTWEVDLEGVEKLADDKTVAMVIINPGNPCGNVFTHAHLQKIAETARRLGILVIADEAYAHLTFGRNSFVPMGVFGSIVPVLTLGSLSKRWIVPGWRLGW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G050980
TK1151 IDTkA06G050980
OH-1004 IDLXL04_025571
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)95.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.474 / OH-1004 90.865
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G050980
位置Chr06:13851379-13854010 (-)
描述Similar to NAAT1: Nicotianamine aminotransferase 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g36160 转氨酶参与酪氨酸分解。
Identification and Partial Characterization of an L-Tyrosine Aminotransferase (TAT) from Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1155/2010/549572
At5g53970 可能的氨基转移酶 TAT2。 暂无已核实直接文献
At2g20610 参与硫代葡萄糖苷生物合成的C-S裂解酶。
Arabidopsis mutants in the C-S lyase of glucosinolate biosynthesis establish a critical role for indole-3-acetaldoxime in auxin homeostasis.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02002.x

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0306401 参与麦根酸家族植物铁载体的生物合成，该植物铁载体是禾本科植物因缺铁而产生的三价铁螯合剂。
Identification and localisation of the rice nicotianamine aminotransferase gene OsNAAT1 expression suggests the site of phytosiderophore synthesis in rice.2008 · DOI: 10.1007/s11103-007-9262-8
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025571 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0001560 regulation of cell growth by extracellular stimulus 生物过程
GO:0006520 amino acid metabolic process 生物过程
GO:0006559 L-phenylalanine catabolic process 生物过程
GO:0006572 L-tyrosine catabolic process 生物过程
GO:0009684 indoleacetic acid biosynthetic process 生物过程
GO:0010189 vitamin E biosynthetic process 生物过程
GO:0019761 glucosinolate biosynthetic process 生物过程
GO:0048830 adventitious root development 生物过程
GO:0050832 defense response to fungus 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G20610
ath:AT5G36160
ath:AT5G53970
dosa:Os02g0306401
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.541
排名 1 · TkA06G050980 · TK1151
细胞核0.150
排名 2 · TkA06G050980 · TK1151
内质网0.117
排名 3 · TkA06G050980 · TK1151
过氧化物酶体0.089
排名 4 · TkA06G050980 · TK1151
线粒体0.067
排名 5 · TkA06G050980 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00155Aminotran_1_240-351 aa
PF00266Aminotran_5103-219 aa
PF01041DegT_DnrJ_EryC1115-222 aa
PF01053Cys_Met_Meta_PP115-219 aa
PF01212Beta_elim_lyase119-218 aa
PF00202Aminotran_3164-217 aa
PF25824DUF7951272-317 aa
PF30612PSI_PTTG1IP320-338 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G050980PF00155Aminotran_1_2403512e-46159.6
TkA06G050980PF00266Aminotran_51032190.000320.6
TkA06G050980PF01041DegT_DnrJ_EryC11152220.02914.3
TkA06G050980PF01053Cys_Met_Meta_PP1152190.06212.6
TkA06G050980PF01212Beta_elim_lyase1192180.03814.0
TkA06G050980PF00202Aminotran_31642170.2810.6
TkA06G050980PF25824DUF79512723170.2212.0
TkA06G050980PF30612PSI_PTTG1IP3203380.1413.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LVY1拟南芥sp|Q9LVY1|TAT_ARATH Tyrosine aminotransferase50.900%Swiss-Prot高置信
Q9FN30拟南芥sp|Q9FN30|TAT2_ARATH Probable aminotransferase TAT255.000%Swiss-Prot高置信
Q9SIV0拟南芥sp|Q9SIV0|SUR1_ARATH S-alkyl-thiohydroximate lyase SUR149.300%Swiss-Prot中等置信
A0A0P0VI36水稻sp|A0A0P0VI36|NAAT1_ORYSJ Nicotianamine aminotransferase 155.200%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看