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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G043580
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 11788412-11798913 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2550 bp · TkA06G043580|TK1151|cDNA

GAGGATCCATACATGAAATTACATAACAAATACCGTAAAAAGAATTAGATTATACCGAAAAAGCTGAAATTAAACTTTTTTAAAACTTGTACAAATAAGTTTCAGTACAAACATTTTGTTTTACAAAATTTGACATGTACTTATCCATTCGACCCATCTGCATCACATAACCCTACCAGAGTATCGGGTAATCTCCGCATCACGTAACCCACATATCATTAGACCAAATTCCCAATTCGGATCGCAATCTCCGAACCCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

2157 bp · TkA06G043580|TK1151|CDS

ATGAAGCGTTCTACCGATGACCTAGGTGAGAAATTGCAGGCAAAGAAACCCGTGTTTCTCACTAAAGCAGAGCGAGAACAATTAGCCCTCAAGCGCCGTCAGGATGAATTTGAAGAACAGAAGCGCAAATCCGAACAGCTTCTTCTCCAGAGTAACCCTAATTCTTCCTCCTCTAAACCCCCTCAGTCGTCCGATGACGCTTCCCGTAACCACCGGTCTTCTCGTGATTACGATCGCGACCGTGACCGTGATCGCCGTGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

718 aa · TkA06G043580|TK1151|PROTEIN

MKRSTDDLGEKLQAKKPVFLTKAEREQLALKRRQDEFEEQKRKSEQLLLQSNPNSSSSKPPQSSDDASRNHRSSRDYDRDRDRDRRDRDRDRDRDRERERERERERERERDSERRNRDRERDEEHKARERARLEKLAEREREKELDAIKEQYLGSKKPKKRVIKPSEKFRFSFDWENTEDTSRDMNVLYQNPHEARLLFGRGFRAGMDRREQKKLAAKNEKELRDEIRKKDGIEERPEEAAAQRLKEEAADMYDTFDMRV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G043580
TK1151 IDTkA06G043580
OH-1004 IDLXL04_025707
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G043580
位置Chr06:11788412-11798913 (+)
描述Similar to RH21: DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 21
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g33730 参与mRNA剪接的ATP依赖性RNA解旋酶。 暂无已核实直接文献
At1g28180 推测的 DEAD-box ATP依赖型 RNA 解旋酶 44。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0708600 参与mRNA剪接的ATP依赖性RNA解旋酶。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025707 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000244 spliceosomal tri-snRNP complex assembly 生物过程
GO:0000354 cis assembly of pre-catalytic spliceosome 生物过程
GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions 生物过程
GO:0000387 spliceosomal snRNP assembly 生物过程
GO:0000388 spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) 生物过程
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:0035196 miRNA processing 生物过程
GO:0062176 R-loop processing 生物过程
GO:0000785 chromatin 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G33730
dosa:Os03g0708600
hsa:9416
osa:4333866
pon:100172249
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.935
排名 1 · TkA06G043580 · TK1151
细胞质0.173
排名 2 · TkA06G043580 · TK1151
细胞膜0.019
排名 3 · TkA06G043580 · TK1151
线粒体0.014
排名 4 · TkA06G043580 · TK1151
内质网0.011
排名 5 · TkA06G043580 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28671UMP28-71 aa
PF25430DDX2325-42 aa
PF25430DDX2393-121 aa
PF21090P-loop_SecA121-121 aa
PF28671UMP2126-148 aa
PF25430DDX23171-254 aa
PF25430DDX23260-281 aa
PF00270DEAD322-512 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G043580PF28671UMP28710.2412.3
TkA06G043580PF25430DDX2325425.8e-2279.1
TkA06G043580PF25430DDX23931215.8e-2279.1
TkA06G043580PF21090P-loop_SecA1211210.02215.1
TkA06G043580PF28671UMP21261480.2412.3
TkA06G043580PF25430DDX231712545.8e-2279.1
TkA06G043580PF25430DDX232602815.8e-2279.1
TkA06G043580PF00270DEAD3225127.9e-49166.3
TkA06G043580PF04851ResIII3334621.2e-0526.0
TkA06G043580PF00271Helicase_C3704186.8e-36123.6
TkA06G043580PF31015ATAD2_C4264580.004717.3
TkA06G043580PF21090P-loop_SecA5406270.02215.1
TkA06G043580PF00271Helicase_C5486566.8e-36123.6
TkA06G043580PF00270DEAD5506187.9e-49166.3
TkA06G043580PF31015ATAD2_C5515640.004717.3
TkA06G043580PF04851ResIII5625831.2e-0526.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P93008拟南芥sp|P93008|RH21_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 2187.800%Swiss-Prot高置信
Q9FZ92拟南芥sp|Q9FZ92|RH44_ARATH Putative DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 4465.900%Swiss-Prot高置信
Q53RK8水稻sp|Q53RK8|RH21_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 2184.700%Swiss-Prot高置信

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