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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G040130
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 10818019-10819479 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1461 bp · TkA06G040130|TK1151|cDNA

ATGCGGAAGAAAGTTCTGGTCTCCGTTCCCCGACTCATCTCAACATTCACTCCTACTACGTTCATCAGAAACTCATCAACCACTTCTTCTTTCTTCCCCCCACAATTGGACTCTTACTTCCAACTCAATCCTCGAGACAGGGTCTACACATATAACAGAGACATTCAGCGTTTGCTAAAATCAGGATCAATCGATTCTGCACTTAAACTGTTCGACGAAATGCCTACACGAGACGCAGTTACATGGAACATTATAATTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1461 bp · TkA06G040130|TK1151|CDS

ATGCGGAAGAAAGTTCTGGTCTCCGTTCCCCGACTCATCTCAACATTCACTCCTACTACGTTCATCAGAAACTCATCAACCACTTCTTCTTTCTTCCCCCCACAATTGGACTCTTACTTCCAACTCAATCCTCGAGACAGGGTCTACACATATAACAGAGACATTCAGCGTTTGCTAAAATCAGGATCAATCGATTCTGCACTTAAACTGTTCGACGAAATGCCTACACGAGACGCAGTTACATGGAACATTATAATTTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

486 aa · TkA06G040130|TK1151|PROTEIN

MRKKVLVSVPRLISTFTPTTFIRNSSTTSSFFPPQLDSYFQLNPRDRVYTYNRDIQRLLKSGSIDSALKLFDEMPTRDAVTWNIIISGHKSNGFSREALYFYSQMISQGFIETSSTFSTVLGVFSNERLYQQGLQVHNRAIVLGLSLNPYVGTALIDLYMNMNLINFAFRLFNDLPERNVATWNQLLRCFSEIGRSQKLELYFRMKREFIVPNPLTFCYLIRGFSNESLINNGKELHSYAIKLGFAESDLFVSNALVDFY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G040130
TK1151 IDTkA06G040130
OH-1004 IDLXL04_025841
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 53.173
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G040130
位置Chr06:10818019-10819479 (+)
描述Similar to At1g80170: Probable polygalacturonase At1g80170
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g25970 推定的含五重复肽重复的蛋白At3g25970。 暂无已核实直接文献
At5g27110 含五重复肽的蛋白质 At5g27110。 暂无已核实直接文献
At2g27610 含五聚蛋白重复序列蛋白 At2g27610。 暂无已核实直接文献
At3g02010 推定含有五重复肽重复的蛋白质 At2g01510。 暂无已核实直接文献
At4g14850 作为类异戊二烯生物合成的调节因子。
Lovastatin insensitive 1, a Novel pentatricopeptide repeat protein, is a potential regulatory factor of isoprenoid biosynthesis in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm005

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025841 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程
GO:0009830 cell wall modification involved in abscission 生物过程
GO:0009835 fruit ripening 生物过程
GO:0009901 anther dehiscence 生物过程
GO:0010047 fruit dehiscence 生物过程
GO:0071555 cell wall organization 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0009501 amyloplast 细胞组分
GO:0004650 polygalacturonase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G80170
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.679
排名 1 · TkA06G040130 · TK1151
质体0.140
排名 2 · TkA06G040130 · TK1151
细胞核0.043
排名 3 · TkA06G040130 · TK1151
细胞质0.028
排名 4 · TkA06G040130 · TK1151
细胞膜0.005
排名 5 · TkA06G040130 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_248-77 aa
PF13812PPR_348-74 aa
PF17177PPR_long51-78 aa
PF30397MalM_C51-73 aa
PF01535PPR55-76 aa
PF29070MSC6_N55-126 aa
PF12854PPR_160-74 aa
PF23276TPR_2462-104 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G040130PF13041PPR_248771.4e-39134.7
TkA06G040130PF13812PPR_348745.1e-1040.0
TkA06G040130PF17177PPR_long51780.03914.0
TkA06G040130PF30397MalM_C51730.08313.7
TkA06G040130PF01535PPR55765.7e-34114.7
TkA06G040130PF29070MSC6_N551269.3e-0935.6
TkA06G040130PF12854PPR_160747.6e-1658.3
TkA06G040130PF23276TPR_24621040.0008120.0
TkA06G040130PF13041PPR_2781241.4e-39134.7
TkA06G040130PF12854PPR_1781057.6e-1658.3
TkA06G040130PF13812PPR_3781265.1e-1040.0
TkA06G040130PF18535Gal11_ABD179990.1213.2
TkA06G040130PF01535PPR801105.7e-34114.7
TkA06G040130PF17177PPR_long961980.03914.0
TkA06G040130PF01535PPR1151425.7e-34114.7
TkA06G040130PF18768RNPP_C1261438.1e-0522.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LU94拟南芥sp|Q9LU94|PP255_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2597030.600%Swiss-Prot中等置信
O04659拟南芥sp|O04659|PP398_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g2711026.900%Swiss-Prot低置信
Q9ZUW3拟南芥sp|Q9ZUW3|PP172_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g2761027.100%Swiss-Prot低置信
Q9S7F4拟南芥sp|Q9S7F4|PP206_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At2g0151028.600%Swiss-Prot低置信
Q0WSH6拟南芥sp|Q0WSH6|PP312_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g1485030.100%Swiss-Prot中等置信

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