TkA06G027970 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G027970

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 7560902-7563979 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2000 bp · TkA06G027970|TK1151|cDNA

CTAGCCCTCCCACTTGTTTGTTCGATTCACAAACGTCAGAATACAGGCTTCTACCCTCTTCTCTTCCTCTTTCGGGAATCTCTTCTTTCGTTTCACTTCATCTGTCTATATATTTATCCATCTTTGTTCGTGATTTCGAAATTTTCTTTGCACAATGGGTTACGAGAACGATCCCTATCGTGATGAAGATGGCGAGCCGTTGATGGATTACGACGACGGATTTCAATCCGATCACGGTGATGATAACAACAATCAACCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1581 bp · TkA06G027970|TK1151|CDS

ATGGGTTACGAGAACGATCCCTATCGTGATGAAGATGGCGAGCCGTTGATGGATTACGACGACGGATTTCAATCCGATCACGGTGATGATAACAACAATCAACCTCAAAATCAACACCTTCTTGATGACAATCTCGATGACGAATTGGAAGATAATGATTGGCAGAGTAATAGGCAGGAACGGTCTCCGACGCCGGTATTCAACGAATCCGATTCGAAGTCGAAGCCTCGAAAAAGGTTAATCAAGAAGAGCACGGCAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

526 aa · TkA06G027970|TK1151|PROTEIN

MGYENDPYRDEDGEPLMDYDDGFQSDHGDDNNNQPQNQHLLDDNLDDELEDNDWQSNRQERSPTPVFNESDSKSKPRKRLIKKSTAEETLPDFAIDDDVEDEMATFVRDDSDSGGGKRKKFSSGGGSSSKKREKKSSASKFSDRGGRSSDKGGSKFKSNSKRGGRSGGDDAEVKEMWDTIAGGDSEDDKDGPRMLDDDNFIDDTGVDPADRYASDHGGYSPSRAPQAEEGEEDDEIKDMFKMGKKKKKSEKSAAEIALLV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G027970`
TK1151 ID	TkA06G027970
OH-1004 ID	LXL04_026091
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G027970

位置 Chr06:7560902-7563979 (+)

描述 Similar to IWS1: Protein IWS1 homolog 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g32130`	参与 RNA 聚合酶 II 转录调控的转录因子。	Arabidopsis IWS1 interacts with transcription factor BES1 and is involved in plant steroid hormone brassinosteroid regulated gene expression.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0909198107 High nitrogen insensitive 9 (HNI9)-mediated systemic repression of root NO3- uptake is associated with changes in histone methylation.2011 · DOI: 10.1073/pnas.1017863108
`At4g19000`	参与 RNA 聚合酶 II (RNAPII) 转录调控的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026091 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010467 gene expression 生物过程

GO:0010793 regulation of mRNA export from nucleus 生物过程

GO:0016973 poly(A)+ mRNA export from nucleus 生物过程

GO:0023052 signaling 生物过程

GO:0032784 regulation of DNA-templated transcription elongation 生物过程

GO:0050684 regulation of mRNA processing 生物过程

GO:0140673 transcription elongation-coupled chromatin remodeling 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G32130

hsa:55677

mmu:73473

rno:291705

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.967

排名 1 · TkA06G027970 · TK1151

细胞质0.147

排名 2 · TkA06G027970 · TK1151

细胞膜0.015

排名 3 · TkA06G027970 · TK1151

线粒体0.014

排名 4 · TkA06G027970 · TK1151

内质网0.009

排名 5 · TkA06G027970 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08711Med26285-298 aa

PF08711Med26354-394 aa

PF18845baeRF_family3471-515 aa

PF08711Med26477-488 aa

PF08711Med26497-515 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G027970	`PF08711`	Med26	285	298	1.1e-12	48.2
TkA06G027970	`PF08711`	Med26	354	394	1.1e-12	48.2
TkA06G027970	`PF18845`	baeRF_family3	471	515	0.11	13.5
TkA06G027970	`PF08711`	Med26	477	488	1.1e-12	48.2
TkA06G027970	`PF08711`	Med26	497	515	1.1e-12	48.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4ICK8`	拟南芥	sp\|F4ICK8\|IWS1_ARATH Protein IWS1 homolog 1	59.100%	Swiss-Prot	高置信
`O49413`	拟南芥	sp\|O49413\|IWS2_ARATH Protein IWS1 homolog 2	54.700%	Swiss-Prot	中等置信

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