TkA06G027880 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G027880

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 7536102-7537970 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1383 bp · TkA06G027880|TK1151|cDNA

CACAAACCCAAAATGTTTCACAATACTAGCACCAAGTTAGCTACCATCTAGGTTACCTTATCCTCTATATAAAACTTTGATATTGTCTATCTAATCAACATCTCAAAAACCAAACGACATTTCACTAACTCCACGAAAAACCATAAAAATGTCGAAGAGTAGAATTCTAGTTGTGGGTGGCACAGGGTACATTGGCAAGAGGATTGTAAAGGCTAGTTTGGCTCAAGGCCACCCTACTTTTGTCCTTAAGCGTCCAGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

939 bp · TkA06G027880|TK1151|CDS

ATGTCGAAGAGTAGAATTCTAGTTGTGGGTGGCACAGGGTACATTGGCAAGAGGATTGTAAAGGCTAGTTTGGCTCAAGGCCACCCTACTTTTGTCCTTAAGCGTCCAGAAATCGGTTACGATGTTGAAAAGCTTCAGAAATTGTTATCATTTAAGGAAAAAGGAGCTCGATTGATCGATGGTTCGTTTTCCGATCATCAGTCTCTTGTGGATGCAGTCAAACAAGTTGATGTCGTGATATGCACTATGTCGGGGGTTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

312 aa · TkA06G027880|TK1151|PROTEIN

MSKSRILVVGGTGYIGKRIVKASLAQGHPTFVLKRPEIGYDVEKLQKLLSFKEKGARLIDGSFSDHQSLVDAVKQVDVVICTMSGVQLRSHNILLQLKLVDAIKEAGNIKRFLPSEFGIDPAQMENGLEYGRETFDDKMVVRKAIEEAKIPYTYVSANCFGGYFVGNLSQTYTLVPPKDQVFIYGDGNHKAVFMDEDDVATYTVKTVDDPRTFNKTLYLRPYENILTHIQLVEKWEKLSGKLLQKVHISAQDFFDSMEDL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G027880`
TK1151 ID	TkA06G027880
OH-1004 ID	LXL04_026094
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G027880

位置 Chr06:7536102-7537970 (+)

描述 Similar to Isoflavone reductase homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g32100`	还原酶参与木脂素生物合成。	Characterization of Arabidopsis thaliana pinoresinol reductase, a new type of enzyme involved in lignan biosynthesis.2008 · DOI: 10.1074/jbc.m801131200 Pinoresinol reductase 1 impacts lignin distribution during secondary cell wall biosynthesis in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1016/j.phytochem.2014.07.008

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026094 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009807 lignan biosynthetic process 生物过程

GO:0019336 phenol-containing compound catabolic process 生物过程

GO:0034312 diol biosynthetic process 生物过程

GO:0042537 benzene-containing compound metabolic process 生物过程

GO:0046189 phenol-containing compound biosynthetic process 生物过程

GO:0046273 lignan catabolic process 生物过程

GO:1901502 ether catabolic process 生物过程

GO:1902123 (-)-pinoresinol catabolic process 生物过程

GO:1902125 (+)-pinoresinol catabolic process 生物过程

GO:1902128 (-)-lariciresinol catabolic process 生物过程

GO:1902129 (-)-lariciresinol biosynthetic process 生物过程

GO:1902132 (+)-lariciresinol biosynthetic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ag:ABM68630

ath:AT1G32100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.577

排名 1 · TkA06G027880 · TK1151

内质网0.182

排名 2 · TkA06G027880 · TK1151

细胞核0.145

排名 3 · TkA06G027880 · TK1151

溶酶体／液泡0.079

排名 4 · TkA06G027880 · TK1151

细胞膜0.074

排名 5 · TkA06G027880 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05368NmrA3-308 aa

PF01118Semialdhyde_dh5-83 aa

PF01262AlaDh_PNT_C5-104 aa

PF01370Epimerase6-113 aa

PF00106adh_short6-77 aa

PF08659KR6-85 aa

PF02719Polysacc_synt_26-80 aa

PF010733Beta_HSD7-91 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G027880	`PF05368`	NmrA	3	308	3.1e-66	224.7
TkA06G027880	`PF01118`	Semialdhyde_dh	5	83	0.13	13.4
TkA06G027880	`PF01262`	AlaDh_PNT_C	5	104	0.23	11.5
TkA06G027880	`PF01370`	Epimerase	6	113	4.1e-11	43.5
TkA06G027880	`PF00106`	adh_short	6	77	0.069	13.3
TkA06G027880	`PF08659`	KR	6	85	0.097	13.3
TkA06G027880	`PF02719`	Polysacc_synt_2	6	80	0.2	11.5
TkA06G027880	`PF01073`	3Beta_HSD	7	91	2.1e-05	24.4
TkA06G027880	`PF16363`	GDP_Man_Dehyd	7	78	0.00012	22.4
TkA06G027880	`PF13460`	NAD_binding_10	10	160	1.5e-14	55.0
TkA06G027880	`PF22660`	RS_preATP-grasp-like	54	94	0.026	15.6
TkA06G027880	`PF18708`	MapZ_C2	113	167	0.033	15.1
TkA06G027880	`PF01370`	Epimerase	179	212	4.1e-11	43.5
TkA06G027880	`PF22660`	RS_preATP-grasp-like	188	208	0.026	15.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FVQ6`	拟南芥	sp\|Q9FVQ6\|PILR1_ARATH Pinoresinol reductase 1	59.300%	Swiss-Prot	高置信

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