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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G027400
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 7409346-7416576 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3256 bp · TkA06G027400|TK1151|cDNA

TAAGAAACGCATGCATCGTCTAATGAGATTGTGCCACGTGTATGAAACAGCCATGTAGGTCAAAAGTAGTCAATCGGTTTCTTCTTCTCCCATCCCCACAGGCCACAGTATTTATGGTCTCATTTACCACCAACCCATCTCCCCACAATTAAAACAAATATTATCTCTCTTTGCAACAAAGAGATCCAAGGAGCTTCCATCAGAAATTACACCGACACTGCTGGATGATGATTTGATTACATCTGTTGAAGAAGTTTTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2454 bp · TkA06G027400|TK1151|CDS

ATGTACGGAGATTGCCAAGTGATGTCAACCATGGGTGGTGGAACTGGGATTCCTTCTGAATCAATCTTTCCCAACTTCAACTTCATGCCTTTCACCGATTTCTCTTCCGTCATCCCAAAAGAGGAGATGGAAAGCATGGCGAAACCAGGAAAAGAGGAGATGGAAAGCGGGTCGGGAAGCGAACAAAATGAAGGTGGAGTTTCTGGAAACGAACAAGACACCGATCAACAGCCCCCTGCGAAGAAGAAGCGTTATCACAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

817 aa · TkA06G027400|TK1151|PROTEIN

MYGDCQVMSTMGGGTGIPSESIFPNFNFMPFTDFSSVIPKEEMESMAKPGKEEMESGSGSEQNEGGVSGNEQDTDQQPPAKKKRYHRHTAHQIQEMEALFKECPHPDDKRRMRLSQELGLKPRQVKFWFQNRRTQMKAQQDRTDNAILRNDNDNLRNENSRLQSALRALVCSNCGGSSISFDEQQLRMENARLKDELDRVCLIASQFCGSDPMQGQAQGHHGPLPSMMTSNLNLDMNMYPRAYDQEGLPNCSEMLHINPL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G027400
TK1151 IDTkA06G027400
OH-1004 IDLXL04_010080
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)48.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 88.127 / OH-1004 95.455
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G027400
位置Chr06:7409346-7416576 (-)
描述Similar to PDF2: Homeobox-leucine zipper protein PROTODERMAL FACTOR 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g46880 可能的转录因子（通过同源推测）。
Mutations in epidermis-specific HD-ZIP IV genes affect floral organ identity in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12211
At4g17710 可能的转录因子。 暂无已核实直接文献
At4g04890 可能结合L1盒DNA序列5′-TAAATG[CT]A-3′的转录因子。
Regulation of shoot epidermal cell differentiation by a pair of homeodomain proteins in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1242/dev.00292
Mutations in epidermis-specific HD-ZIP IV genes affect floral organ identity in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12211
Arabidopsis DELLA and two HD-ZIP transcription factors regulate GA signaling in the epidermis through the L1 box cis-element.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.127647

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: A2ZAI7 可能的转录因子。 暂无已核实直接文献
Os10g0575600 可能的转录因子。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010080 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009845 seed germination 生物过程
GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程
GO:0010090 trichome morphogenesis 生物过程
GO:0010214 seed coat development 生物过程
GO:0030154 cell differentiation 生物过程
GO:0048354 mucilage biosynthetic process involved in seed coat development 生物过程
GO:0048497 maintenance of floral organ identity 生物过程
GO:0048825 cotyledon development 生物过程
GO:0052541 plant-type cell wall cellulose metabolic process 生物过程
GO:0090627 plant epidermal cell differentiation 生物过程
GO:2000033 regulation of seed dormancy process 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G05230
ath:AT4G04890
ath:AT4G21750
dosa:Os04g0627000
dosa:Os08g0187500
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.927
排名 1 · TkA06G027400 · TK1151
细胞质0.121
排名 2 · TkA06G027400 · TK1151
细胞膜0.043
排名 3 · TkA06G027400 · TK1151
质体0.023
排名 4 · TkA06G027400 · TK1151
内质网0.022
排名 5 · TkA06G027400 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00046Homeodomain82-137 aa
PF13621Cupin_886-146 aa
PF05920Homeobox_KN103-134 aa
PF02183HALZ148-169 aa
PF02183HALZ183-198 aa
PF01852START289-512 aa
PF02183HALZ505-515 aa
PF25797PDF2_C529-771 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G027400PF00046Homeodomain821371e-1970.8
TkA06G027400PF13621Cupin_8861460.2112.2
TkA06G027400PF05920Homeobox_KN1031346.2e-0523.5
TkA06G027400PF02183HALZ1481690.1113.4
TkA06G027400PF02183HALZ1831980.1113.4
TkA06G027400PF01852START2895125.1e-36124.7
TkA06G027400PF02183HALZ5055150.1113.4
TkA06G027400PF25797PDF2_C5297711.1e-84284.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FJS2拟南芥sp|Q9FJS2|HDG5_ARATH Homeobox-leucine zipper protein HDG554.500%Swiss-Prot高置信
Q8L7H4拟南芥sp|Q8L7H4|HDG4_ARATH Homeobox-leucine zipper protein HDG448.900%Swiss-Prot中等置信
Q93V99拟南芥sp|Q93V99|PDF2_ARATH Homeobox-leucine zipper protein PROTODERMAL FACTOR 246.300%Swiss-Prot中等置信
A2ZAI7水稻sp|A2ZAI7|ROC3_ORYSI Homeobox-leucine zipper protein ROC351.200%Swiss-Prot高置信
Q336P2水稻sp|Q336P2|ROC3_ORYSJ Homeobox-leucine zipper protein ROC351.000%Swiss-Prot高置信

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