TkA06G020850 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G020850

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 5688376-5694370 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1582 bp · TkA06G020850|TK1151|cDNA

ATTGAAATTGTAGTTTTGTTATTTCAATTTTATACATAAGTTTCTTGACAAAACTAGACACCAATTATGCTCACTCTTCTTCTTTTGATATGTCTAGTTACTGGTAGCACAGGCAATATCGAAGTGGCACCACACCAGAATACTCATTGTTGTGTTGGTGAAAATAATGGTGCCATGAACTATTATTGTTGTAAACAAAATAGGTTTTATGATGCAGAAACATGTATTAGAGGTTGGTCTTCGTTCCAAGAATGTACAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1884 bp · TkA06G020850|TK1151|CDS

ATGGCCAAAGAGCGTAGCGGATCACCAAAATATCCAGCAAGGAGGAATCATCTGTCGTGGATCTTAGCCGTGAGTGGACTCTGCCTTTTCTTCTACGTATTAGGAGCTTGGCAAAGAAGTATCATTCCTACCAACCACACCGAATTCGCCACAAGAGTTGGATGTGAAAACGCATCAAACATACCTTCTAATTCACCATCATCATCATCATCATCATCTGAGACCTTGGATTTTGAAAGCCATCATCAGTTAGTAACGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

627 aa · TkA06G020850|TK1151|PROTEIN

MAKERSGSPKYPARRNHLSWILAVSGLCLFFYVLGAWQRSIIPTNHTEFATRVGCENASNIPSNSPSSSSSSSETLDFESHHQLVTEDTQEIPEFPACSMNYSEYTPCQERDRGRKFDRDMLKYRERHCPSEDELLHCLIPAPPKYKLPFKWPKSRDYAWFNNIPHKELSIEKDVQNWIKVEGDRFRFPGGGTMFPRGADAYIDDINELIPLTNGTIRTAIDTGCGVASWGAYLLKRDIIAMSFAPKDTHEAQVWFALER...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G020850`
TK1151 ID	TkA06G020850
OH-1004 ID	LXL04_011929
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	59.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.767 / OH-1004 95.046 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G020850

位置 Chr06:5688376-5694370 (-)

描述 Similar to At2g45750: Probable methyltransferase PMT16

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g33170`	可能的甲基转移酶 PMT18。	暂无已核实直接文献
`At4g10440`	可能的甲基转移酶 PMT17。	暂无已核实直接文献
`At2g45750`	可能的甲基转移酶 PMT16。	暂无已核实直接文献
`At4g00750`	可能的甲基转移酶 PMT15。	暂无已核实直接文献
`At1g26850`	可能的甲基转移酶 PMT2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011929 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005797 Golgi medial cisterna 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0008168 methyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G26850

ath:AT1G33170

ath:AT2G45750

ath:AT4G00750

ath:AT4G10440

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.757

排名 1 · TkA06G020850 · TK1151

细胞膜0.079

排名 2 · TkA06G020850 · TK1151

内质网0.070

排名 3 · TkA06G020850 · TK1151

细胞外0.061

排名 4 · TkA06G020850 · TK1151

细胞质0.037

排名 5 · TkA06G020850 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03141Methyltransf_29104-615 aa

PF13489Methyltransf_23202-319 aa

PF13847Methyltransf_31220-227 aa

PF13649Methyltransf_25221-312 aa

PF08241Methyltransf_11222-315 aa

PF08242Methyltransf_12222-313 aa

PF13847Methyltransf_31274-320 aa

PF20922Anamorsin_N277-319 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G020850	`PF03141`	Methyltransf_29	104	615	1e-226	754.2
TkA06G020850	`PF13489`	Methyltransf_23	202	319	0.00044	20.7
TkA06G020850	`PF13847`	Methyltransf_31	220	227	0.083	13.4
TkA06G020850	`PF13649`	Methyltransf_25	221	312	2.9e-07	31.8
TkA06G020850	`PF08241`	Methyltransf_11	222	315	1.3e-07	32.8
TkA06G020850	`PF08242`	Methyltransf_12	222	313	0.042	15.3
TkA06G020850	`PF13847`	Methyltransf_31	274	320	0.083	13.4
TkA06G020850	`PF20922`	Anamorsin_N	277	319	0.098	13.1
TkA06G020850	`PF22223`	ATR1_N	352	362	0.63	10.6
TkA06G020850	`PF13649`	Methyltransf_25	524	570	2.9e-07	31.8
TkA06G020850	`PF13489`	Methyltransf_23	529	596	0.00044	20.7
TkA06G020850	`PF08242`	Methyltransf_12	530	571	0.042	15.3
TkA06G020850	`PF13847`	Methyltransf_31	534	578	0.083	13.4
TkA06G020850	`PF08241`	Methyltransf_11	535	574	1.3e-07	32.8
TkA06G020850	`PF20922`	Anamorsin_N	556	578	0.098	13.1
TkA06G020850	`PF22223`	ATR1_N	567	586	0.63	10.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C884`	拟南芥	sp\|Q9C884\|PMTI_ARATH Probable methyltransferase PMT18	66.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SZX8`	拟南芥	sp\|Q9SZX8\|PMTH_ARATH Probable methyltransferase PMT17	67.400%	Swiss-Prot	高置信
`O80844`	拟南芥	sp\|O80844\|PMTG_ARATH Probable methyltransferase PMT16	55.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZPH9`	拟南芥	sp\|Q9ZPH9\|PMTF_ARATH Probable methyltransferase PMT15	54.300%	Swiss-Prot	高置信
`B9DFI7`	拟南芥	sp\|B9DFI7\|PMT2_ARATH Probable methyltransferase PMT2	54.200%	Swiss-Prot	高置信

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