TkA06G018980 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G018980

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 5206236-5214272 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1638 bp · TkA06G018980|TK1151|cDNA

TGTAACTTGGGCAATTAAATCTGCATTTGAACGGATGGAATTTGGAAGAAGGGAAGACGCGTTCGTTCTTCTTCGTCTTCATTTCGGCAGCTTCAAGAACAACACCCAGTTTCTCTCTTTTCCCGTTTGTTCCTTCTTTCTCCACCGCGACAGCCTAGAAGCTCCACCATTTTTCACCGTTCGTCTCCATCTCTCCACCGCGGTGTTCAACCTGGAGGCCAGCGAACGTCTTCGGGAGCAGCGAGTAACCTCCGGGAGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

636 bp · TkA06G018980|TK1151|CDS

ATGCATTGCCAGAGTGCTACCTCGATCGCTTATTCACCGTCGGAGATCTGTTTCACTAGCCGTTTTCAGCACTGTTCGACGACTTGGACTCCGGCGAAGCTTCTACTTCCCTTCGACGCTTCTGGCCACCTCTACTCTCTGATTTCGGCCGACGACACAGAAATGGATTTCAAAAGTTTGAGAAGATCAAAAACTCAAGTAGGCAAAGTAGGCAACCGGAAGAACTCATTGGAAAGATGCGGGAATGTCAAAGAGTTGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

211 aa · TkA06G018980|TK1151|PROTEIN

MHCQSATSIAYSPSEICFTSRFQHCSTTWTPAKLLLPFDASGHLYSLISADDTEMDFKSLRRSKTQVGKVGNRKNSLERCGNVKELNSYVALKKHNIENKRVDLFGGPVEGFEEDNGLLASSMTNQQLMDNCHHMMDETDQAIECSEKVVHETVTVGTETAATLKAQVASLLHDDVLDDVDTRCDIANSDRGRASSCWENNANEHVSKTTY

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G018980`
TK1151 ID	TkA06G018980
OH-1004 ID	LXL04_026235
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	75.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 86.730 / OH-1004 43.763 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G018980

位置 Chr06:5206236-5214272 (+)

描述 Similar to NPSN11: Novel plant SNARE 11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g35190`	t-SNARE，参与多种囊泡运输和膜融合过程，包括细胞板形成。	暂无已核实直接文献
`At1g48240`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	暂无已核实直接文献
`At3g17440`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026235 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000911 cytokinesis by cell plate formation 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006906 vesicle fusion 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0042147 retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005770 late endosome 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G48240

ath:AT1G75850

ath:AT2G17790

ath:AT2G35190

ath:AT3G17440

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.412

排名 1 · TkA06G018980 · TK1151

细胞核0.322

排名 2 · TkA06G018980 · TK1151

线粒体0.150

排名 3 · TkA06G018980 · TK1151

细胞膜0.148

排名 4 · TkA06G018980 · TK1151

内质网0.104

排名 5 · TkA06G018980 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00348polyprenyl_synt43-104 aa

PF10669Phage_Gp23113-151 aa

PF11791Aconitase_B_N115-168 aa

PF27184YmdA131-167 aa

PF05957DUF883134-174 aa

PF00348polyprenyl_synt167-183 aa

PF27184YmdA180-206 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G018980	`PF00348`	polyprenyl_synt	43	104	0.01	15.8
TkA06G018980	`PF10669`	Phage_Gp23	113	151	0.19	12.8
TkA06G018980	`PF11791`	Aconitase_B_N	115	168	0.21	12.3
TkA06G018980	`PF27184`	YmdA	131	167	0.28	12.5
TkA06G018980	`PF05957`	DUF883	134	174	0.065	13.9
TkA06G018980	`PF00348`	polyprenyl_synt	167	183	0.01	15.8
TkA06G018980	`PF27184`	YmdA	180	206	0.28	12.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q944A9`	拟南芥	sp\|Q944A9\|NPS11_ARATH Novel plant SNARE 11	60.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LNH6`	拟南芥	sp\|Q9LNH6\|NPS12_ARATH Novel plant SNARE 12	42.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LRP1`	拟南芥	sp\|Q9LRP1\|NPS13_ARATH Novel plant SNARE 13	44.500%	Swiss-Prot	中等置信

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