TkA06G008610 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G008610

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 2167693-2169233 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1063 bp · TkA06G008610|TK1151|cDNA

TTTGCAATTGCATAGTATTTAATGATATTAAACATATAGGGTTTAAAATATACAACCCATATTATATAATCAAATTAAATAATATTCTCGCTTACAGTCTCCAAAAAGTCTGCTAATTTTCAATTTTTCATACTACACTCCCACGGTGTCCGACGTGATGGCCGACTCTCAGCAGGTCCGATCCACCACCGACACCAGTAACAACCTCCCTGTTGCAATCGTCCATTGCCTCCCCAGCTACAAGTTCTCCCTCGCGTGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

906 bp · TkA06G008610|TK1151|CDS

ATGGCCGACTCTCAGCAGGTCCGATCCACCACCGACACCAGTAACAACCTCCCTGTTGCAATCGTCCATTGCCTCCCCAGCTACAAGTTCTCCCTCGCGTGGACTAAAGAAATCGTCAACACAATCGAGCCTTCAGATCCCTTATATCCAATCCACAGTCCATCTGCTCGGGCCGTGATCGTCATCGGTCTTACCCCGCTCAAATCGGAGCATTTGGACCAGTATCCATCCGTTGAATGCGTTTTTGGAACATCCGCCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

301 aa · TkA06G008610|TK1151|PROTEIN

MADSQQVRSTTDTSNNLPVAIVHCLPSYKFSLAWTKEIVNTIEPSDPLYPIHSPSARAVIVIGLTPLKSEHLDQYPSVECVFGTSAGVDHIDLVECRRRNIRVASAGDAFSEDVADYAIGLLIDVLRQVSASDRYVRSGLWPVKGDYPLGNKVGGKRVGIVGLGRIGTLVAKRLEPFGCTIGYTSRTKKPQEKTRHVIDHDVMKALGKRGIIVNIGRGALVDEKELVKLLVGGELGGAGLDVFENEPKVPKELFTMDNVV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G008610`
TK1151 ID	TkA06G008610
OH-1004 ID	LXL04_026499
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	87.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.013 / OH-1004 38.182 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G008610

位置 Chr06:2167693-2169233 (+)

描述 Similar to EXPA7: Expansin-A7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g12550`	催化乙醛酸和羟基丙酮酸依赖 NADPH 还原成乙醇酸和甘油酸。	The hydroxypyruvate-reducing system in Arabidopsis: multiple enzymes for the same end.2011 · DOI: 10.1104/pp.110.166538
`At1g79870`	催化细胞质中的乙醛酸和羟基丙酮酸依赖 NADPH 还原为乙醇酸和甘油酸，从而为光呼吸核心循环提供胞质旁路。	A cytosolic pathway for the conversion of hydroxypyruvate to glycerate during photorespiration in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.062265 The hydroxypyruvate-reducing system in Arabidopsis: multiple enzymes for the same end.2011 · DOI: 10.1104/pp.110.166538

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026499 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0009828 plant-type cell wall loosening 生物过程

GO:0009853 photorespiration 生物过程

GO:0009854 oxidative photosynthetic carbon pathway 生物过程

GO:0048767 root hair elongation 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0016618 hydroxypyruvate reductase [NAD(P)H] activity 分子功能

GO:0030267 glyoxylate reductase (NADPH) activity 分子功能

GO:0051287 NAD binding 分子功能

GO:0120509 hydroxypyruvate reductase (NADPH) activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12550

ath:AT1G12560

ath:AT1G62980

osa:107277540

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.686

排名 1 · TkA06G008610 · TK1151

细胞核0.282

排名 2 · TkA06G008610 · TK1151

过氧化物酶体0.143

排名 3 · TkA06G008610 · TK1151

线粒体0.074

排名 4 · TkA06G008610 · TK1151

质体0.058

排名 5 · TkA06G008610 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF003892-Hacid_dh55-298 aa

PF028262-Hacid_dh_C119-192 aa

PF00899ThiF153-179 aa

PF028262-Hacid_dh_C191-266 aa

PF00899ThiF248-282 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G008610	`PF00389`	2-Hacid_dh	55	298	9.8e-19	68.1
TkA06G008610	`PF02826`	2-Hacid_dh_C	119	192	1.4e-39	136.0
TkA06G008610	`PF00899`	ThiF	153	179	0.19	11.6
TkA06G008610	`PF02826`	2-Hacid_dh_C	191	266	1.4e-39	136.0
TkA06G008610	`PF00899`	ThiF	248	282	0.19	11.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LE33`	拟南芥	sp\|Q9LE33\|HPR3_ARATH Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase HPR3	48.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9CA90`	拟南芥	sp\|Q9CA90\|HPR2_ARATH Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A HPR2	46.300%	Swiss-Prot	中等置信

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