TkA06G004920 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G004920

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 1251312-1261562 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1643 bp · TkA06G004920|TK1151|cDNA

TTAATTTCCTCTTTTCTCAAATGATGTCTTGGTCTTTCGTTTCTAATCTCAGCCTATTGCTACTAATTCTAGCAACACAATCCTTGGAAGCTCGTTGGTTGCCGTGTCAGCTAAATGGATCATGTTCACTTATAGAAACAATAAGAGAACAAGATGATGGCACAATATGGGCGGTTCTTGTTGCTGGATCAAATGGATACTATAATTATAGACATCAGGCTGACGTTTGCCATGCATATCAAATACTAAAAGGAAGAGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1527 bp · TkA06G004920|TK1151|CDS

ACTATTCTTATTTGGAACCAACCTCATGGCCATTTTCAAGGCCACCTTCTTTTGTTGCCATGCACCACAATTTCTTTAGTAGAATGGGAAAACGAAATCAGGAAATCTAAGAGCCTATTGCTACTAATTCTAGCAACACAATCCTTGGAAGCTCGTTGGTTGCCGTGTCAGCTAAATGGATCATGTTCACTTATAGAAACAATAAGAGAACAAGATGATGGCACAATATGGGCGGTTCTTGTTGCTGGATCAAATGGATA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

508 aa · TkA06G004920|TK1151|PROTEIN

TILIWNQPHGHFQGHLLLLPCTTISLVEWENEIRKSKSLLLLILATQSLEARWLPCQLNGSCSLIETIREQDDGTIWAVLVAGSNGYYNYRHQADVCHAYQILKGRGLMDENIIVFMYDDIAHHESNPKPGVIINNPKGDDVYAGVPKDYTGDSLTAANLYAVILGDKKSVTGGSGKVLDSKSNDRVFIYYTDHGGPGTLGMPDSPNVYAKDFIDVLEKKHASRTYKEMVIYVESCESGSIFEGLLSENLNIYVTTASKA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G004920`
TK1151 ID	TkA06G004920
OH-1004 ID	LXL04_026556
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 99.804 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G004920

位置 Chr06:1251312-1261562 (-)

描述 Similar to Vacuolar-processing enzyme

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g62710`	天冬酰胺特异性内肽酶，参与将液泡种子蛋白前体加工为成熟形式（相似性预测）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0644000`	天冬酰胺内肽酶，可能作为 REP1 的激活剂。	暂无已核实直接文献
`UniProt: B8ASK4`	天冬酰胺特异性内肽酶，可能参与靶向液泡的蛋白质处理（根据相似性）。	暂无已核实直接文献
`Os04g0537900`	天冬酰胺特异性内肽酶，可能参与针对液泡的蛋白质的加工。	The vacuolar processing enzyme OsVPE1 is required for efficient glutelin processing in rice.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03801.x Vacuolar processing enzyme plays an essential role in the crystalline structure of glutelin in rice seed.2010 · DOI: 10.1093/pcp/pcp165

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026556 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006624 vacuolar protein processing 生物过程

GO:0051603 proteolysis involved in protein catabolic process 生物过程

GO:0000326 protein storage vacuole 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0004175 endopeptidase activity 分子功能

GO:0004197 cysteine-type endopeptidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G62710

dosa:Os02g0644000

gmx:547964

osa:4330133

rcu:8272115

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.593

排名 1 · TkA06G004920 · TK1151

细胞外0.204

排名 2 · TkA06G004920 · TK1151

细胞质0.166

排名 3 · TkA06G004920 · TK1151

内质网0.140

排名 4 · TkA06G004920 · TK1151

高尔基体0.092

排名 5 · TkA06G004920 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01650Peptidase_C1377-346 aa

PF20985Legum_prodom395-491 aa

PF01650Peptidase_C13467-489 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G004920	`PF01650`	Peptidase_C13	77	346	2.8e-113	378.4
TkA06G004920	`PF20985`	Legum_prodom	395	491	2e-38	131.3
TkA06G004920	`PF01650`	Peptidase_C13	467	489	2.8e-113	378.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39044`	拟南芥	sp\|Q39044\|VPEB_ARATH Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme	60.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q8GS39`	水稻	sp\|Q8GS39\|REP2_ORYSJ Asparaginyl endopeptidase Rep2	61.000%	Swiss-Prot	高置信
`B8ASK4`	水稻	sp\|B8ASK4\|VPE1_ORYSI Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme 1	58.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q84LM2`	水稻	sp\|Q84LM2\|VPE1_ORYSJ Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme 1	58.400%	Swiss-Prot	高置信

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