TkA06G004480 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G004480

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 1082296-1082700 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

363 bp · TkA06G004480|TK1151|cDNA

ATGAAGATACCTTGTTGCACGGTCTGTCACACAAGGTACAACGAAGAAGATAGGTGTCCGTTGTTACTCGAGTGCGGCCATGGATTCTGTAAAGAGTGTCTCTCTCGTATGTTTTCATCAGCGTCATCAGACACTACTCTTTCTTGTCCACGAAGTCGCCAAGTCTGCGTTGTCGGGCTAATCTCTTCTGCTTCCAATAGCGATTTTACCGACGAAGACGAAGACGATGAGGACGATGGGTTGGTGGTGGTGGTGGATAG...

CDS

下载 CDS FASTA

363 bp · TkA06G004480|TK1151|CDS

ATGAAGATACCTTGTTGCACGGTCTGTCACACAAGGTACAACGAAGAAGATAGGTGTCCGTTGTTACTCGAGTGCGGCCATGGATTCTGTAAAGAGTGTCTCTCTCGTATGTTTTCATCAGCGTCATCAGACACTACTCTTTCTTGTCCACGAAGTCGCCAAGTCTGCGTTGTCGGGCTAATCTCTTCTGCTTCCAATAGCGATTTTACCGACGAAGACGAAGACGATGAGGACGATGGGTTGGTGGTGGTGGTGGATAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

120 aa · TkA06G004480|TK1151|PROTEIN

MKIPCCTVCHTRYNEEDRCPLLLECGHGFCKECLSRMFSSASSDTTLSCPRSRQVCVVGLISSASNSDFTDEDEDDEDDGLVVVVDRDRRSCGSNASSSNGLIELGSHQDLRMVRRSCNG

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G004480`
TK1151 ID	TkA06G004480
OH-1004 ID	LXL04_026568
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	88.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G004480

位置 Chr06:1082296-1082700 (+)

描述 Similar to KEG: E3 ubiquitin-protein ligase KEG

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g13530`	介导 E2 依赖性蛋白质泛素化。	Powdery mildew resistance conferred by loss of the ENHANCED DISEASE RESISTANCE1 protein kinase is suppressed by a missense mutation in KEEP ON GOING, a regulator of abscisic acid signaling.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.127605

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026568 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0002224 toll-like receptor signaling pathway 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010508 positive regulation of autophagy 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0016197 endosomal transport 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G13530

hsa:373

mmu:55992

mmu:81003

rno:81002

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.568

排名 1 · TkA06G004480 · TK1151

细胞质0.439

排名 2 · TkA06G004480 · TK1151

细胞膜0.088

排名 3 · TkA06G004480 · TK1151

溶酶体／液泡0.050

排名 4 · TkA06G004480 · TK1151

内质网0.041

排名 5 · TkA06G004480 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21363TRAF3_RING4-9 aa

PF13639zf-RING_25-50 aa

PF15227zf-C3HC4_45-14 aa

PF13920zf-C3HC4_35-50 aa

PF25454zf-C3HC4_IRF-2BP1_25-58 aa

PF12678zf-rbx15-50 aa

PF17121zf-C3HC4_55-42 aa

PF13445zf-RING_UBOX6-50 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G004480	`PF21363`	TRAF3_RING	4	9	0.0046	17.4
TkA06G004480	`PF13639`	zf-RING_2	5	50	1.1e-06	29.5
TkA06G004480	`PF15227`	zf-C3HC4_4	5	14	0.0003	21.6
TkA06G004480	`PF13920`	zf-C3HC4_3	5	50	0.0062	17.0
TkA06G004480	`PF25454`	zf-C3HC4_IRF-2BP1_2	5	58	0.022	15.7
TkA06G004480	`PF12678`	zf-rbx1	5	50	0.025	15.5
TkA06G004480	`PF17121`	zf-C3HC4_5	5	42	0.065	13.8
TkA06G004480	`PF13445`	zf-RING_UBOX	6	50	9.3e-08	32.7
TkA06G004480	`PF14634`	zf-RING_5	6	50	2.5e-06	28.1
TkA06G004480	`PF00097`	zf-C3HC4	6	50	2.9e-06	27.7
TkA06G004480	`PF13923`	zf-C3HC4_2	6	40	0.0031	18.0
TkA06G004480	`PF23412`	zf_RING_Vps8	6	43	0.066	13.8
TkA06G004480	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	6	56	0.079	13.7
TkA06G004480	`PF14570`	zf-RING_4	6	54	0.09	13.3
TkA06G004480	`PF15227`	zf-C3HC4_4	20	50	0.0003	21.6
TkA06G004480	`PF21363`	TRAF3_RING	23	46	0.0046	17.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FY48`	拟南芥	sp\|Q9FY48\|KEG_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase KEG	50.000%	Swiss-Prot	高置信

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