TkA06G000140 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G000140

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 14643-18633 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2329 bp · TkA06G000140|TK1151|cDNA

CGGCGGTCTAGGCGGGCACTAATCGGGCTAATCGGGTGTAGGCGGGCACTAATTGACCTAAACCTAAAACATTTTCCCTTTTCAGCGATCGCCGCTACACCACCTTCCTTCGAATTCCATCAGGCAAAAACGAACCCCGCTCCACCACCTCCGCTACACCAGTCCACCTGCGCCACCTCCACCTGCCGCTGCTCGATCACGTACGTCTTTCCATCGATTTCCTCCACAGGCGCTGCAACCTCCTTCGTGTTTCCCAGGCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1431 bp · TkA06G000140|TK1151|CDS

ATGGTTCGAAGCTTGAAAAACCCAAAGAAAGCTAAGCGGAAGAGCAAGGGTTCAAAGAAAGGAGAAGGTTCGTCATTATCAAATGCAATACCTTCAATGCCAGCGAAGGTGTGGCAACCAGGTGTTGATGCTTTAGAGGAAGGAGAAGAGCTTCAATGTGATCCTTCAGCTTATAATTCTCTTCACGCCTTCCACATCGGTTGGCCCTGCTTAAGCTTTGACATCGTGCGAGATTCACTTGGACTAGTTCGCACAGAATA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

476 aa · TkA06G000140|TK1151|PROTEIN

MVRSLKNPKKAKRKSKGSKKGEGSSLSNAIPSMPAKVWQPGVDALEEGEELQCDPSAYNSLHAFHIGWPCLSFDIVRDSLGLVRTEYPHTVYCVTGTQANNAPNSIGIFKISNISGKRRELVPTKTSNADTDMDSDSSDSDEDEEIENGPKAPVFQVRKVFHEGCVNRIRAMTQKPHICATWGDTGHVQIWDFSSHLNALAESEPNISKDASTVSTQTPLVQFTGHKDEGYAIDWSALVPGRLVSGDCKNNIHLWEPSSD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G000140`
TK1151 ID	TkA06G000140
OH-1004 ID	LXL04_027868
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	27.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 63.445 / OH-1004 60.511 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G000140

位置 Chr06:14643-18633 (+)

描述 Similar to MSI4: WD-40 repeat-containing protein MSI4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g19540`	可能是CRL4型E3连接酶复合物的底物受体，通过干扰HSP90-1的作用并阻止HSP14.7、HSP21、At2g03020和WRKY28等热诱导基因的表达，负向调控耐热性。	Characterization of a Novel DWD protein that participates in heat stress response in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.14348/molcells.2014.0224

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027868 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006334 nucleosome assembly 生物过程

GO:0006335 DNA replication-dependent chromatin assembly 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G16780

ath:AT2G19520

ath:AT4G29730

ddi:DDB_G0282529

mmu:19646

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.782

排名 1 · TkA06G000140 · TK1151

细胞质0.364

排名 2 · TkA06G000140 · TK1151

细胞膜0.038

排名 3 · TkA06G000140 · TK1151

溶酶体／液泡0.028

排名 4 · TkA06G000140 · TK1151

内质网0.026

排名 5 · TkA06G000140 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12265CAF1C_H4-bd49-114 aa

PF02911Formyl_trans_C58-90 aa

PF08574Iwr197-149 aa

PF30151PAC11107-196 aa

PF23798Beta-prop_SPT8125-192 aa

PF25178Beta-prop_WDR41156-205 aa

PF23609Beta-prop_EIPR1157-194 aa

PF24796WDR55159-195 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G000140	`PF12265`	CAF1C_H4-bd	49	114	1.9e-13	51.2
TkA06G000140	`PF02911`	Formyl_trans_C	58	90	0.13	13.2
TkA06G000140	`PF08574`	Iwr1	97	149	0.23	13.2
TkA06G000140	`PF30151`	PAC11	107	196	0.00036	20.2
TkA06G000140	`PF23798`	Beta-prop_SPT8	125	192	0.001	18.7
TkA06G000140	`PF25178`	Beta-prop_WDR41	156	205	0.015	14.8
TkA06G000140	`PF23609`	Beta-prop_EIPR1	157	194	7.9e-15	55.8
TkA06G000140	`PF24796`	WDR55	159	195	9.7e-14	51.8
TkA06G000140	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	161	196	4.5e-09	36.8
TkA06G000140	`PF23409`	Beta-prop_EML	161	214	8.3e-07	29.5
TkA06G000140	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	162	196	6.1e-26	91.8
TkA06G000140	`PF00400`	WD40	162	192	9.9e-17	61.4
TkA06G000140	`PF24105`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	162	258	3.3e-15	56.7
TkA06G000140	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	162	195	1.1e-06	28.8
TkA06G000140	`PF23756`	Beta-prop_HPS5	162	194	0.0027	17.7
TkA06G000140	`PF23098`	Beta-prop_NOL10_N	166	198	0.00016	21.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZUN8`	拟南芥	sp\|Q9ZUN8\|HTD1_ARATH Protein HEAT STRESS TOLERANT DWD 1	65.600%	Swiss-Prot	高置信

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