TkA05G456160 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G456160

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 114250088-114258936 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1605 bp · TkA05G456160|TK1151|cDNA

TGATCATCCAAAACCTCCAAACGTTTTGTCCTTTCTACAGGAGATATGAATAAGACACCGTCCGACGATGAACGATCAATTTATGGCGATGTCCTCCAGGCCATCCTCTCCTACGTCCCACTCGTCCACTTACTTCTCGCTTCTGGAGTCTCAAAGTCGTGGACGGCCGCCGTATCCTCCGCCCTTCGCATCTCCACCACCACCACCCCATGGCTAATCGTCAACACGCAGAGCTCTAGGTACCCGTACCCGACAACGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1332 bp · TkA05G456160|TK1151|CDS

ATGAATAAGACACCGTCCGACGATGAACGATCAATTTATGGCGATGTCCTCCAGGCCATCCTCTCCTACGTCCCACTCGTCCACTTACTTCTCGCTTCTGGAGTCTCAAAGTCGTGGACGGCCGCCGTATCCTCCGCCCTTCGCATCTCCACCACCACCACCCCATGGCTAATCGTCAACACGCAGAGCTCTAGGTACCCGTACCCGACAACGACAAACGCCTACGACCCGGAGTCAAACATGTGGATCGAGATCCGACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

443 aa · TkA05G456160|TK1151|PROTEIN

MNKTPSDDERSIYGDVLQAILSYVPLVHLLLASGVSKSWTAAVSSALRISTTTTPWLIVNTQSSRYPYPTTTNAYDPESNMWIEIRQPAIDYVSILQSSQSNLLYMLSPTKLSLSFDPLHLTWHHAAAPKVTRRDPVVAVVGRHVVVAGGAYNFEDDPLAVEVYDLQSQQWNKSDPMPEFFNGSASSLWLSVASGDSEIFIMEKSSGVTHSFNPDSNTWSGPYDLRPDYRVFNSVIGFSDDRLIVVGMLGDVEDVDGVKV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G456160`
TK1151 ID	TkA05G456160
OH-1004 ID	LXL04_022282
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 83.747 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G456160

位置 Chr05:114250088-114258936 (-)

描述 Similar to At1g23390: F-box/kelch-repeat protein At1g23390

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g23390`	F-盒/Kelch重复蛋白 At1g23390。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022282 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000070 mitotic sister chromatid segregation 生物过程

GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程

GO:0007094 mitotic spindle assembly checkpoint signaling 生物过程

GO:0010507 negative regulation of autophagy 生物过程

GO:0030307 positive regulation of cell growth 生物过程

GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0071233 cellular response to L-leucine 生物过程

GO:1904263 positive regulation of TORC1 signaling 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G23390

ath:AT3G24760

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.479

排名 1 · TkA05G456160 · TK1151

细胞质0.428

排名 2 · TkA05G456160 · TK1151

细胞膜0.114

排名 3 · TkA05G456160 · TK1151

内质网0.087

排名 4 · TkA05G456160 · TK1151

质体0.056

排名 5 · TkA05G456160 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box15-45 aa

PF12937F-box-like15-45 aa

PF12737Mating_C44-97 aa

PF24996NANM60-84 aa

PF07646Kelch_269-84 aa

PF13964Beta-prop_Calicin71-87 aa

PF25210Kelch_FKB9572-84 aa

PF24681Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC772-85 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G456160	`PF00646`	F-box	15	45	0.00091	19.8
TkA05G456160	`PF12937`	F-box-like	15	45	0.0037	17.7
TkA05G456160	`PF12737`	Mating_C	44	97	0.19	11.6
TkA05G456160	`PF24996`	NANM	60	84	0.25	10.9
TkA05G456160	`PF07646`	Kelch_2	69	84	3.3e-07	30.7
TkA05G456160	`PF13964`	Beta-prop_Calicin	71	87	0.026	14.2
TkA05G456160	`PF25210`	Kelch_FKB95	72	84	4.4e-08	33.8
TkA05G456160	`PF24681`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	72	85	0.0029	17.6
TkA05G456160	`PF01344`	Kelch_1	74	85	0.00012	22.2
TkA05G456160	`PF25210`	Kelch_FKB95	114	220	4.4e-08	33.8
TkA05G456160	`PF01344`	Kelch_1	116	127	0.00012	22.2
TkA05G456160	`PF24681`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	116	221	0.0029	17.6
TkA05G456160	`PF24996`	NANM	122	174	0.25	10.9
TkA05G456160	`PF07646`	Kelch_2	133	178	3.3e-07	30.7
TkA05G456160	`PF01344`	Kelch_1	133	178	0.00012	22.2
TkA05G456160	`PF13964`	Beta-prop_Calicin	138	175	0.026	14.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LDE3`	拟南芥	sp\|Q9LDE3\|FBK9_ARATH F-box/kelch-repeat protein At1g23390	40.400%	Swiss-Prot	中等置信

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