TkA05G449800 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G449800

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 112453870-112456453 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1670 bp · TkA05G449800|TK1151|cDNA

ACAGTTGAGGGACTGATGATGTAAATTGGGACTTTTATTAGTTTGCTCGCAACTCGCAAGAGGAGGCTGCCCCTGTGAAGAAGCTCCTATATATCCCTCTTCGTTTGGGGGAAAATGCTTATGAAATCAAGTGGTTTACTGCTTTCTCGCATCCCTATCATTCCTTCCTCCTTCCGAAGAAGTAAGATTTGTATGAAAAAAATGAGCACGAAGGATATGGCTTCAGCTACAGCTACAGCTACACCAATTTACCCTAAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1152 bp · TkA05G449800|TK1151|CDS

ATGCTTATGAAATCAAGTGGTTTACTGCTTTCTCGCATCCCTATCATTCCTTCCTCCTTCCGAAGAAGTAAGATTTGTATGAAAAAAATGAGCACGAAGGATATGGCTTCAGCTACAGCTACAGCTACACCAATTTACCCTAAATTTATTCCAGTAGAGCAGAATGAAATTACTTCAGTTAGCAAGTCTGAGGGCATTAAATTTCGAGTGGTTTCATATAACATTCTGGCTCAGGTTTATGTAAAAAGCTCTGTATTCCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

383 aa · TkA05G449800|TK1151|PROTEIN

MLMKSSGLLLSRIPIIPSSFRRSKICMKKMSTKDMASATATATPIYPKFIPVEQNEITSVSKSEGIKFRVVSYNILAQVYVKSSVFPHSPSPCLKWKARSPIILDVLKHLDADILCLQELDEYDNFYKEKIEQNDYSSIYIKRSGRKSDGCGIFYKHNKLELVTEDTIDYNDLANLLLDESSQKKKDLDSNKEKGDPNDPYVRLKRDCIGIMAAFKFKKPYQHYVIIANTHLYWDPEWADVKLAQAKYLLKRVTQFKKMV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G449800`
TK1151 ID	TkA05G449800
OH-1004 ID	LXL04_000443
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	28.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 81.723 / OH-1004 45.479 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G449800

位置 Chr05:112453870-112456453 (-)

描述 Similar to CCR4-1: Carbon catabolite repressor protein 4 homolog 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g31500`	作为 CCR4-NOT 核心复合物的催化组分，在细胞核中似乎是一个通用转录因子，在细胞质中是参与 mRNA 周转的主要 mRNA 去腺苷酸化酶（由相似性推测）。	AtHESPERIN: a novel regulator of circadian rhythms with poly(A)-degrading activity in plants.2016 · DOI: 10.1080/15476286.2015.1119363

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000443 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000076 DNA replication checkpoint signaling 生物过程

GO:0000289 nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程

GO:0005986 sucrose biosynthetic process 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006368 transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0007089 traversing start control point of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0019252 starch biosynthetic process 生物过程

GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G58560

ath:AT3G58580

dre:553665

spo:2538913

uma:UMAG_10379

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.349

排名 1 · TkA05G449800 · TK1151

线粒体0.333

排名 2 · TkA05G449800 · TK1151

过氧化物酶体0.164

排名 3 · TkA05G449800 · TK1151

细胞核0.162

排名 4 · TkA05G449800 · TK1151

质体0.094

排名 5 · TkA05G449800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03372Exo_endo_phos72-373 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G449800	`PF03372`	Exo_endo_phos	72	373	8e-17	62.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A8MS41`	拟南芥	sp\|A8MS41\|CCR4D_ARATH Carbon catabolite repressor protein 4 homolog 4	62.100%	Swiss-Prot	高置信

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