TkA05G417820 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G417820

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 104017613-104030191 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3885 bp · TkA05G417820|TK1151|cDNA

TTGTTTGAAATAACGAAAGTACATGCGTACGTTGTTGGTTTAACATTCGTATCGGCGATGACCGTGGATGTGGAAGCAACTGCAAGCATGTTCAAGTCAAACTTCTCCGGGTTTATAATCGGTCACAATGCACATTAAAGAGGTTTGCTTAGAGGGATTCAAATCATACGCTACACGAACAGTTGTTCCAGGTTTCGATCCCTTTTTCAATGCCATAACCGGATTGAACGGGTCGGGAAAATCCAACATCCTCGACTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3528 bp · TkA05G417820|TK1151|CDS

ATGCACATTAAAGAGGTTTGCTTAGAGGGATTCAAATCATACGCTACACGAACAGTTGTTCCAGGTTTCGATCCCTTTTTCAATGCCATAACCGGATTGAACGGGTCGGGAAAATCCAACATCCTCGACTCAATTTGCTTCGTGCTAGGCATCACCAACTTACAGCAGGTTCGAGCTTCGAATCTACAGGAGCTGGTGTACAAGCAAGGACAAGCTGGAATCACGAAGGCGACAGTATCGGTTGTGTTTGATAACTCCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1175 aa · TkA05G417820|TK1151|PROTEIN

MHIKEVCLEGFKSYATRTVVPGFDPFFNAITGLNGSGKSNILDSICFVLGITNLQQVRASNLQELVYKQGQAGITKATVSVVFDNSDRSRSPLGFEDCPEITVTRQIVVGGRNKYLINGHLAQPSRVQNLFHSVQLNVNNPHFLIMQGRITKVLNMKPPEILSMLEEAAGTRMYETKKDAALKTLEKKQGKVDEINKLLDQEILPALEKLRKERMQYMQWSNGNAELDRLKRFCIAYEYVEAEKIRDSAVLGVDEVKGKI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G417820`
TK1151 ID	TkA05G417820
OH-1004 ID	LXL04_021737
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G417820

位置 Chr05:104017613-104030191 (+)

描述 Similar to SMC2-1: Structural maintenance of chromosomes protein 2-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g47460`	凝缩蛋白复合体的中心成分，是一种将间期染色质转化为有丝分裂样凝缩染色体所需的复合体。	暂无已核实直接文献
`At5g62410`	凝缩蛋白复合体的中心成分，是一种将间期染色质转化为有丝分裂样凝缩染色体所需的复合体。	Condensin and cohesin knockouts in Arabidopsis exhibit a titan seed phenotype.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01224.x Mutations in Arabidopsis condensin genes disrupt embryogenesis, meristem organization and segregation of homologous chromosomes during meiosis.2003 · DOI: 10.1242/dev.00542

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021737 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000012 single strand break repair 生物过程

GO:0007076 mitotic chromosome condensation 生物过程

GO:0010032 meiotic chromosome condensation 生物过程

GO:0030261 chromosome condensation 生物过程

GO:0045132 meiotic chromosome segregation 生物过程

GO:0048468 cell development 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0051383 kinetochore organization 生物过程

GO:0051984 positive regulation of chromosome segregation 生物过程

GO:1905820 positive regulation of chromosome separation 生物过程

GO:1905821 positive regulation of chromosome condensation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G47460

ath:AT5G62410

hsa:10592

mmu:14211

xla:397800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.846

排名 1 · TkA05G417820 · TK1151

细胞质0.218

排名 2 · TkA05G417820 · TK1151

细胞膜0.029

排名 3 · TkA05G417820 · TK1151

线粒体0.024

排名 4 · TkA05G417820 · TK1151

高尔基体0.019

排名 5 · TkA05G417820 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02463SMC_N2-1161 aa

PF13304AAA_2127-54 aa

PF13166AAA_1327-41 aa

PF13555AAA_2929-49 aa

PF00005ABC_tran29-49 aa

PF17675APG6_N171-219 aa

PF19220Rod_CreS171-290 aa

PF24161CCDC39173-217 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G417820	`PF02463`	SMC_N	2	1161	1.4e-58	198.7
TkA05G417820	`PF13304`	AAA_21	27	54	2e-10	41.9
TkA05G417820	`PF13166`	AAA_13	27	41	3.8	6.8
TkA05G417820	`PF13555`	AAA_29	29	49	0.0044	17.5
TkA05G417820	`PF00005`	ABC_tran	29	49	0.067	14.5
TkA05G417820	`PF17675`	APG6_N	171	219	0.015	16.5
TkA05G417820	`PF19220`	Rod_CreS	171	290	0.7	9.7
TkA05G417820	`PF24161`	CCDC39	173	217	0.0001	21.0
TkA05G417820	`PF23991`	DUF7310	179	209	1.4	10.2
TkA05G417820	`PF23649`	FKBP15	182	202	0.0028	18.0
TkA05G417820	`PF13304`	AAA_21	183	226	2e-10	41.9
TkA05G417820	`PF23735`	KIF9	187	218	0.0019	19.1
TkA05G417820	`PF17675`	APG6_N	209	285	0.015	16.5
TkA05G417820	`PF28907`	ZapB_rel	253	285	0.024	16.0
TkA05G417820	`PF23991`	DUF7310	253	303	1.4	10.2
TkA05G417820	`PF24161`	CCDC39	254	502	0.0001	21.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SN90`	拟南芥	sp\|Q9SN90\|SMC22_ARATH Structural maintenance of chromosomes protein 2-2	65.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9C5Y4`	拟南芥	sp\|Q9C5Y4\|SMC21_ARATH Structural maintenance of chromosomes protein 2-1	67.100%	Swiss-Prot	高置信

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