TkA05G416460 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G416460

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 103640851-103646769 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2177 bp · TkA05G416460|TK1151|cDNA

TGATCACTTCGCAAAAACTTCCAACCCAAAATTTTGAATCACATTGATGTTCTTCGTGGACTTTACGTGGGATTTCGTCGATTTAGTCTACCCAGCTAGTTCTAGATTGAAGAATTATTAATATACTTTTAAATTTTCTACACAATTCGGGGTTTTTTGAAGGTTGATGAGCCGATGAAGAAGATCAAGAAGAAAAAATCGAGGACACTGGAAATGGACGAAGATGAAGATATTATCAGAGATAAGAATCCCAATGCGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1866 bp · TkA05G416460|TK1151|CDS

ATGAAGAAGATCAAGAAGAAAAAATCGAGGACACTGGAAATGGACGAAGATGAAGATATTATCAGAGATAAGAATCCCAATGCGATTTCAAATTTCAGAATTTCAGAGCCACTGAAGAACGCATTGAACACGAAGGGGATCGAGGCGCTGTTTCCTATTCAAGCTCGAACGTTTGAACCAATCTACGATGGTCTCGATTTGATCGGAAAGGCTAAAACCGGTCAGGGTAAAACATTGGCATTCATATTGCCAATACTGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

621 aa · TkA05G416460|TK1151|PROTEIN

MKKIKKKKSRTLEMDEDEDIIRDKNPNAISNFRISEPLKNALNTKGIEALFPIQARTFEPIYDGLDLIGKAKTGQGKTLAFILPILESLINGPEQASRRIGYGRSPTILVLLPTRELAKQVFTDFKYYGDAVGLTSCCLYGGGGASISPQTVQLKRGVDIVVGAVGRVKDHIERGNLDFSSLKYRILDEADEMLRQGFVEDVEYILGKVNDATKVQTVLFSATLPAWVNHIASQFLKANKKTVDLVGVEAMKASENVRHI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G416460`
TK1151 ID	TkA05G416460
OH-1004 ID	LXL04_011999
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	88.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 88.245 / OH-1004 45.029 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G416460

位置 Chr05:103640851-103646769 (-)

描述 Similar to RH7: DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g62190`	DEAD-box ATP依赖的RNA解旋酶7。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0520700`	DEAD-box ATP依赖的RNA解旋酶7。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011999 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010584 pollen exine formation 生物过程

GO:0016070 RNA metabolic process 生物过程

GO:0080110 sporopollenin biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0003724 RNA helicase activity 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0004497 monooxygenase activity 分子功能

GO:0005506 iron ion binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G69500

ath:AT5G62190

dosa:Os09g0520700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.653

排名 1 · TkA05G416460 · TK1151

细胞核0.485

排名 2 · TkA05G416460 · TK1151

内质网0.050

排名 3 · TkA05G416460 · TK1151

线粒体0.038

排名 4 · TkA05G416460 · TK1151

细胞膜0.037

排名 5 · TkA05G416460 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270DEAD52-229 aa

PF04851ResIII70-223 aa

PF22916UTP25_NTPase-like98-124 aa

PF22916UTP25_NTPase-like175-216 aa

PF02662FlpD240-282 aa

PF00271Helicase_C271-374 aa

PF26142DD_DDX21-DDX50408-460 aa

PF08152GUCT463-558 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G416460	`PF00270`	DEAD	52	229	2.1e-40	138.9
TkA05G416460	`PF04851`	ResIII	70	223	0.0045	17.6
TkA05G416460	`PF22916`	UTP25_NTPase-like	98	124	0.24	11.5
TkA05G416460	`PF22916`	UTP25_NTPase-like	175	216	0.24	11.5
TkA05G416460	`PF02662`	FlpD	240	282	0.026	15.3
TkA05G416460	`PF00271`	Helicase_C	271	374	4e-27	95.4
TkA05G416460	`PF26142`	DD_DDX21-DDX50	408	460	8.5e-20	71.3
TkA05G416460	`PF08152`	GUCT	463	558	1.2e-28	99.9
TkA05G416460	`PF00271`	Helicase_C	520	546	4e-27	95.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39189`	拟南芥	sp\|Q39189\|RH7_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 7	66.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q650T9`	水稻	sp\|Q650T9\|RH7_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 7	62.900%	Swiss-Prot	高置信

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