TkA05G398140 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G398140

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 98978981-98986121 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4610 bp · TkA05G398140|TK1151|cDNA

CTTGGAATGGGTGCATCTCTCAAGGTTCCGTACCTGCCAAAAACACCGATCCAACCCACCCTTAGACCCGAAAAGTAGCTTAAAACAAAAATCTCAAAACTCCGATCAAAACCACACTCTTGATGCTTCCACTTGAATTCAGTATCACCCCTGGAGTACGTTCATGTTGTTATGCTCAACTTTGAATGTATAGTATAGGAGATAGCGATTGACATCATTGCTGGTATCATTAATTGGTGAAGTTTTGGGGATTCAACTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

4005 bp · TkA05G398140|TK1151|CDS

ATGACTTCTCTGCAGCTGTTACAGTTGACGGAACGAGGCCGTAGCCTGCTTTCGTCAGGTCGCAGGAAAACTCTATTGCTGGCAACTGGCATCATAGTTGCAGGTGGGACTGCTGCATACATGCATTCACAGAGCAGGGTTAGAAGGCCAAGTGGCACTAGTCAACACAATGGATTAGGAGATGATAATGAAAGAGTGGGATTGGATAAGAGTGTTATTAAAAAAAGCAGACAAAAGAAAGGACTGAAATCACTCCAAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1334 aa · TkA05G398140|TK1151|PROTEIN

MTSLQLLQLTERGRSLLSSGRRKTLLLATGIIVAGGTAAYMHSQSRVRRPSGTSQHNGLGDDNERVGLDKSVIKKSRQKKGLKSLQVLAAILLSHMGKLGAKDLLALLATVVLRTAVSNRLAKVQGFLFRAAFLRRVPTFVQLIIENIILCFVQSALYSTSKYITGTLSLRFRKILTKLIHAQYFQNMIYYKMSHVDGRITNPEQRIASDVPKFCSELSDLIQEDLTAVTDGLLYSWRLCSYASPKYIVWILAYVLGAGA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G398140`
TK1151 ID	TkA05G398140
OH-1004 ID	LXL04_021466
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G398140

位置 Chr05:98978981-98986121 (-)

描述 Similar to ABCD1: ABC transporter D family member 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g39850`	有助于脂肪酸及其衍生物穿过过氧化物酶体膜的运输。	Ped3p is a peroxisomal ATP-binding cassette transporter that might supply substrates for fatty acid beta-oxidation.2002 · DOI: 10.1093/pcp/pcf023 Acetate non-utilizing mutants of Arabidopsis: evidence that organic acids influence carbohydrate perception in germinating seedlings.2004 · DOI: 10.1007/s00438-004-0985-9 The Arabidopsis ALDP protein homologue COMATOSE is instrumental in peroxisomal acetate metabolism.2007 · DOI: 10.1042/bj20070258 2,4-Dichlorophenoxybutyric acid-resistant mutants of Arabidopsis have defects in glyoxysomal fatty acid beta-oxidation.1998 · DOI: 10.1105/tpc.10.2.183

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021466 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000038 very long-chain fatty acid metabolic process 生物过程

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0006635 fatty acid beta-oxidation 生物过程

GO:0006744 ubiquinone biosynthetic process 生物过程

GO:0006869 lipid transport 生物过程

GO:0007031 peroxisome organization 生物过程

GO:0009410 response to xenobiotic stimulus 生物过程

GO:0010030 positive regulation of seed germination 生物过程

GO:0015721 bile acid and bile salt transport 生物过程

GO:0015910 long-chain fatty acid import into peroxisome 生物过程

GO:0015916 fatty-acyl-CoA transport 生物过程

GO:0016042 lipid catabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G39850

mmu:19299

rno:25270

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

过氧化物酶体0.470

排名 1 · TkA05G398140 · TK1151

线粒体0.458

排名 2 · TkA05G398140 · TK1151

细胞质0.074

排名 3 · TkA05G398140 · TK1151

细胞核0.047

排名 4 · TkA05G398140 · TK1151

内质网0.046

排名 5 · TkA05G398140 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06472ABC_membrane_288-356 aa

PF03193RsgA_GTPase434-489 aa

PF05673DUF815437-488 aa

PF01580FtsK_SpoIIIE454-489 aa

PF20030bpMoxR457-489 aa

PF20703nSTAND1458-497 aa

PF25201nSTAND6458-502 aa

PF25199nSTAND_NTPase5459-487 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G398140	`PF06472`	ABC_membrane_2	88	356	2e-170	565.9
TkA05G398140	`PF03193`	RsgA_GTPase	434	489	0.062	13.8
TkA05G398140	`PF05673`	DUF815	437	488	0.0015	18.4
TkA05G398140	`PF01580`	FtsK_SpoIIIE	454	489	0.01	16.0
TkA05G398140	`PF20030`	bpMoxR	457	489	0.2	11.4
TkA05G398140	`PF20703`	nSTAND1	458	497	9.3e-06	26.2
TkA05G398140	`PF25201`	nSTAND6	458	502	0.19	12.5
TkA05G398140	`PF25199`	nSTAND_NTPase5	459	487	0.28	11.7
TkA05G398140	`PF00005`	ABC_tran	460	605	9.6e-37	127.4
TkA05G398140	`PF13514`	AAA_27	461	490	0.0027	18.0
TkA05G398140	`PF12775`	AAA_7	462	486	0.019	15.2
TkA05G398140	`PF13555`	AAA_29	464	486	9.5e-09	35.6
TkA05G398140	`PF13175`	AAA_15	464	489	0.014	15.6
TkA05G398140	`PF13191`	AAA_16	466	490	1.6e-06	29.5
TkA05G398140	`PF00270`	DEAD	466	486	0.022	15.2
TkA05G398140	`PF20720`	nSTAND3	466	489	0.035	14.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94FB9`	拟南芥	sp\|Q94FB9\|AB1D_ARATH ABC transporter D family member 1	76.100%	Swiss-Prot	高置信

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