TkA05G389410 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G389410

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 96775982-96785923 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4380 bp · TkA05G389410|TK1151|cDNA

TTTTGTTCGTACCCTCTCTAGAATGAGAAGCAAATCGTTGTGGCAACTGTTCTTATGCCCTGGTTAAATGTGGAGAAGCTTGTCGTCGCCATGAAATACTAAATGGACATCTACTTAATCTGGAAACAATCTTCTCACAGAAAAAACCGGAGCGGTTATTGATCTCTCTCAGAACTAGGAATCAGCTCACCGGCAATCTGATGCTACACAATGTCGTTGATTCAAGGACCACCGATAGATTCGTCGGACTGCATGCTGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

3891 bp · TkA05G389410|TK1151|CDS

ATGTCGTTGATTCAAGGACCACCGATAGATTCGTCGGACTGCATGCTGCCGGGACCACCCTCCCGCAACAATGGTGGATCTGCTGACCTCATATCCACTGGCCTCCTCGCATATGCCGCCGGCAGCACCGTCCCTATCCTCGATATTCGCTCCATGCAACTGGTATGCGTTATTCCTATTCCTCCTCCTGCTGCCACCTCCGTCACCACCAACTCCTCCTCATCCTCCTCCTCCTCGTCATCATCACTGTCCCCTTATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1296 aa · TkA05G389410|TK1151|PROTEIN

MSLIQGPPIDSSDCMLPGPPSRNNGGSADLISTGLLAYAAGSTVPILDIRSMQLVCVIPIPPPAATSVTTNSSSSSSSSSSSLSPYVTSVRWCPTPLHLDLLSNDLPSSHSHLLLAAGDRQGRICLLDLRQKSSPSLFLQTDQNSKLGIQDLCWIRTRSDSWIIAALMGPSLLSLFNITTGRCFFKYDASPELFSCIRRDPFDSRHLCAIGFKGLLLSIKVLGDVSESDVVLEELRIPTDVTELNRLEREVGIGVGSAGA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G389410`
TK1151 ID	TkA05G389410
OH-1004 ID	LXL04_021416
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA05G389410`
位置	Chr05:96775982-96785923 (+)
描述	Similar to WDR11: WD repeat-containing protein 11
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_021416` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程 GO:0008589 regulation of smoothened signaling pathway 生物过程 GO:0035264 multicellular organism growth 生物过程 GO:0060271 cilium assembly 生物过程 GO:0099041 vesicle tethering to Golgi 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005765 lysosomal membrane 细胞组分 GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分 GO:0005814 centriole 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	dre:558865 hsa:55717 mmu:207425 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.502

排名 1 · TkA05G389410 · TK1151

细胞核0.318

排名 2 · TkA05G389410 · TK1151

高尔基体0.152

排名 3 · TkA05G389410 · TK1151

溶酶体／液泡0.124

排名 4 · TkA05G389410 · TK1151

细胞膜0.090

排名 5 · TkA05G389410 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23751Beta-prop_WDR11_1st18-455 aa

PF23098Beta-prop_NOL10_N109-165 aa

PF29630ASA1110-133 aa

PF29037DSE1_N110-187 aa

PF25173Beta-prop_WDR3_1st111-135 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz113-135 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz113-157 aa

PF24814WD40_Prp19113-135 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G389410	`PF23751`	Beta-prop_WDR11_1st	18	455	2.1e-211	703.4
TkA05G389410	`PF23098`	Beta-prop_NOL10_N	109	165	0.00066	19.6
TkA05G389410	`PF29630`	ASA1	110	133	0.071	12.7
TkA05G389410	`PF29037`	DSE1_N	110	187	0.077	12.8
TkA05G389410	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	111	135	4e-06	27.4
TkA05G389410	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	113	135	1.4e-09	38.5
TkA05G389410	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	113	157	1.4e-09	38.5
TkA05G389410	`PF24814`	WD40_Prp19	113	135	0.00026	20.9
TkA05G389410	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	114	184	0.00094	19.3
TkA05G389410	`PF23775`	Beta-prop_RIG_2nd	114	154	0.044	13.9
TkA05G389410	`PF24782`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	114	131	0.059	13.0
TkA05G389410	`PF12894`	ANAPC4_WD40	115	197	5.1e-05	24.1
TkA05G389410	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	115	201	0.0065	16.2
TkA05G389410	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	119	212	5.3e-05	23.5
TkA05G389410	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	266	351	0.0065	16.2
TkA05G389410	`PF23775`	Beta-prop_RIG_2nd	266	301	0.044	13.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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