TkA05G388560 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G388560

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 96559112-96560271 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

959 bp · TkA05G388560|TK1151|cDNA

CCCACAAGGCCTTTCCAATTTCGAAAACTCACATCACGAAAAAATACAGTACAAATCAAGTGCAATCAAGGGGACACACCCAAAACGATTTTGGAAATACACTTCATCAAATCGGTTAGAACAAATACAGTAGGAATTAGCAGACATGTAGGAATTAGCAGACATGTATGAAGCAAATAATCGAATTGACACAGGGCCTTATTCATGATCGGAGATTGAAGAATGAAGACGAGCGACTTACCCGACGATCGGATTTTCCG...

CDS

下载 CDS FASTA

486 bp · TkA05G388560|TK1151|CDS

ATGGGCATTGAGTGGCAAAATCTCAAAGGGCTCATGGTGTTGGATCTTTCAAGCACACAATTGATGGGTGGCATTCCCAAGTCCATTTCCGAGATGAAAAAGCTAAGATTTTTAGGTCTTAATGACAATTATCTTTCCGGAAATCTTACACCAAAGTTGGCAGAATTATGTGATCTAAGTTCGCTATATGTATATGGAAACAACCTCTCCGGAAAGCTGGAATTTGATGGAGGGTTTTATGGAAAAATGAGTAGACGATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

161 aa · TkA05G388560|TK1151|PROTEIN

MGIEWQNLKGLMVLDLSSTQLMGGIPKSISEMKKLRFLGLNDNYLSGNLTPKLAELCDLSSLYVYGNNLSGKLEFDGGFYGKMSRRFGAWNNLNLCVPVDLLPTDLRPFGIKTCREELEVSSFHESDSKLHNFVTSFGFTRYKLDGMWGLFSVVVSFNMVM

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G388560`
TK1151 ID	TkA05G388560
OH-1004 ID	LXL04_021412
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 55.901 / OH-1004 19.313 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA05G388560`
位置	Chr05:96559112-96560271 (+)
描述	Similar to PII-2: Piriformospora indica-insensitive protein 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_021412` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0007165 signal transduction 生物过程 GO:0008356 asymmetric cell division 生物过程 GO:0009610 response to symbiotic fungus 生物过程 GO:0009611 response to wounding 生物过程 GO:0009620 response to fungus 生物过程 GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程 GO:0010090 trichome morphogenesis 生物过程 GO:0010375 stomatal complex patterning 生物过程 GO:0010376 stomatal complex formation 生物过程 GO:0042659 regulation of cell fate specification 生物过程 GO:0044403 biological process involved in symbiotic interaction 生物过程 GO:0045087 innate immune response 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G13230 ath:AT1G80080 ath:AT2G42800 ath:AT4G20140 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.695

排名 1 · TkA05G388560 · TK1151

内质网0.136

排名 2 · TkA05G388560 · TK1151

细胞质0.083

排名 3 · TkA05G388560 · TK1151

细胞核0.069

排名 4 · TkA05G388560 · TK1151

细胞外0.059

排名 5 · TkA05G388560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13855LRR_86-45 aa

PF23598LRR_146-65 aa

PF00560LRR_111-31 aa

PF12799LRR_413-47 aa

PF12799LRR_433-74 aa

PF00560LRR_134-54 aa

PF13855LRR_858-69 aa

PF00560LRR_159-73 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G388560	`PF13855`	LRR_8	6	45	2.4e-05	24.7
TkA05G388560	`PF23598`	LRR_14	6	65	0.0014	18.1
TkA05G388560	`PF00560`	LRR_1	11	31	1.5e-05	24.9
TkA05G388560	`PF12799`	LRR_4	13	47	0.00021	22.2
TkA05G388560	`PF12799`	LRR_4	33	74	0.00021	22.2
TkA05G388560	`PF00560`	LRR_1	34	54	1.5e-05	24.9
TkA05G388560	`PF13855`	LRR_8	58	69	2.4e-05	24.7
TkA05G388560	`PF00560`	LRR_1	59	73	1.5e-05	24.9
TkA05G388560	`PF00560`	LRR_1	91	95	1.5e-05	24.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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