TkA05G386440 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G386440

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 96043924-96046152 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1066 bp · TkA05G386440|TK1151|cDNA

AAATATCAAACTTTTTTTTTCTGGGTAATTAAATTTGATTAAAGATTGGATTCTTGTTGTTGCTTTTAGGATTTGTTGTCGAACAAACTGGTGGCTATGGAGACAAGCAGAAATGGGTATGGTGCTTTTCATCCTTTTACTAAACCGGCGGTGGTTGCAAACGCCGCCAACAGTTGTTCAGCGGAGACAGATGGTGGCGGTGGCAGTGGCAGTAAAGGTGAAGATAAAGGATTATATAATAAGAAAGAAAGGAGGTGTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1086 bp · TkA05G386440|TK1151|CDS

ATGGTTACTTACAATAATCCAAGTGATTACACAGAAAAAATGGAGAAATGTCGAGAATATATGGAAGCTTTAGAAGAAGAACGTAGAAAGATTCGAGTATTCGAACGTGAGCTTCCTCTTTGTCATGAACTTGTCTCTCAAGCGATTGAAAGATGCAGAGAGCAAATGTCGGGGAAGATGATGGATTGCTTTAATGGTGAATTTGATCAGTATTCTGAGCAAACATCCAGTGAGGGTCCCGTTTTGGAAGAGTTTATTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

361 aa · TkA05G386440|TK1151|PROTEIN

MVTYNNPSDYTEKMEKCREYMEALEEERRKIRVFERELPLCHELVSQAIERCREQMSGKMMDCFNGEFDQYSEQTSSEGPVLEEFIPIKRASSTNDDDVDYGQQKQQLSHNSKIIYSIDKSSQISTKSDWLTSTQLSIKTPDPHIEQDLLSNKLVAMETSRNGYGAFHPFTKPAVVANAANSCSAETDGGGGSGSKGEDKGLYNKKERRCWSPELHRRFLHALQQLGGAHIATPKQIKELMKVDGLTNDEIKSHLQKYRL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G386440`
TK1151 ID	TkA05G386440
OH-1004 ID	LXL04_021397
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G386440

位置 Chr05:96043924-96046152 (-)

描述 Similar to HHO3: Transcription factor HHO3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g68670`	可能参与磷酸盐稳态的转录因子。	Arabidopsis MYB-Related HHO2 Exerts a Regulatory Influence on a Subset of Root Traits and Genes Governing Phosphate Homeostasis.2016 · DOI: 10.1093/pcp/pcw063
`At1g25550`	可能的转录因子，参与根中的磷信号传导。	暂无已核实直接文献
`At1g13300`	参与根部硝酸盐和磷酸盐信号传导的转录因子。	Overexpressing HRS1 confers hypersensitivity to low phosphate-elicited inhibition of primary root growth in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2009.00819.x HRS1 acts as a negative regulator of abscisic acid signaling to promote timely germination of Arabidopsis seeds.2012 · DOI: 10.1371/journal.pone.0035764 AtNIGT1/HRS1 integrates nitrate and phosphate signals at the Arabidopsis root tip.2015 · DOI: 10.1038/ncomms7274
`At3g25790`	可能参与根部硝酸盐和磷酸盐信号的因子。	暂无已核实直接文献
`At2g03500`	作为开花抑制子的转录因子，在叶脉中剂量依赖性地直接抑制FT表达。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0325600`	转录抑制因子，可能在氮素响应中起作用。	暂无已核实直接文献
`Os01g0176700`	可能的转录因子，可能在控制发育和代谢的调控网络中发挥作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021397 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0032107 regulation of response to nutrient levels 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0055062 phosphate ion homeostasis 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0080022 primary root development 生物过程

GO:0090548 response to nitrate starvation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G13300

ath:AT1G25550

ath:AT1G68670

ath:AT3G25790

dosa:Os02g0325600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.966

排名 1 · TkA05G386440 · TK1151

细胞质0.104

排名 2 · TkA05G386440 · TK1151

细胞膜0.025

排名 3 · TkA05G386440 · TK1151

内质网0.012

排名 4 · TkA05G386440 · TK1151

质体0.010

排名 5 · TkA05G386440 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26575HHO5_N9-56 aa

PF00249Myb_DNA-binding208-259 aa

PF17014Mad3_BUB1_I_2240-287 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G386440	`PF26575`	HHO5_N	9	56	6.7e-15	55.6
TkA05G386440	`PF00249`	Myb_DNA-binding	208	259	1.1e-07	32.6
TkA05G386440	`PF17014`	Mad3_BUB1_I_2	240	287	0.18	12.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VZS3`	拟南芥	sp\|Q8VZS3\|HHO2_ARATH Transcription factor HHO2	44.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FPE8`	拟南芥	sp\|Q9FPE8\|HHO3_ARATH Transcription factor HHO3	42.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FX67`	拟南芥	sp\|Q9FX67\|HRS1_ARATH Transcription factor HRS1	45.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LS00`	拟南芥	sp\|Q9LS00\|HHO1_ARATH Transcription factor HHO1	42.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9ZQ85`	拟南芥	sp\|Q9ZQ85\|EFM_ARATH Myb family transcription factor EFM	66.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q6Z869`	水稻	sp\|Q6Z869\|NIGT1_ORYSJ Transcription factor NIGT1	39.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q5VRW2`	水稻	sp\|Q5VRW2\|NOH1_ORYSJ Transcription factor NIGTH1	71.600%	Swiss-Prot	低置信

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