TkA05G381940 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G381940

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 94866983-94873178 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3960 bp · TkA05G381940|TK1151|cDNA

TTCCCATCTTCGTTACATTCGTACTTTTCTCTCCACAGAGAGAGATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAACAAGAGAGAGAAAATTGCGAAATTGTTGTTGATGATACGGGAACATCTAGGGTTTGTGAAATCTGAATCAGATTACATCAATTGATTTTGAATTTTGGAGGTTTTCCTTGTATAAAATGGCGACGCCATTGACCGGATTGCAACACCGGGACGTTGGAGGTGGTGGTGTGGCTGTGATGGCGGCTTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

3492 bp · TkA05G381940|TK1151|CDS

ATGGCGACGCCATTGACCGGATTGCAACACCGGGACGTTGGAGGTGGTGGTGTGGCTGTGATGGCGGCTTCCGGAGGAGGGGCGGTCAACCAGATGGATCCGTCCAGTAGTAACAAATCATCCAAAAAACAAAGTTCTCCAATTCATATCTTCTTAATCTTTCATAAAGCCATTCGGTCGGAGCTCGATGCCCTACACCGGTCTGCCATTGCTTTTGCTACTAATACTCATGTGGAAATTGAGCCTTTGCTCAAGCGCTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1163 aa · TkA05G381940|TK1151|PROTEIN

MATPLTGLQHRDVGGGGVAVMAASGGGAVNQMDPSSSNKSSKKQSSPIHIFLIFHKAIRSELDALHRSAIAFATNTHVEIEPLLKRYHFLRSIYKHHCNAEDEVIFPALDIRVKNVARTYSLEHEGESVIFDQLFTLLDSDMQNEESFRRELASCTGALQTSISQHMSKEEEQVFPLLVEKFSFEEQASLVWQFLCSIPVNMMAEFLPWLSASVSSDERHEMRNCLCKVIPDEKLLQQIIFTWMDGSHGTHGVKKRKNSE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G381940`
TK1151 ID	TkA05G381940
OH-1004 ID	LXL04_021348
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G381940

位置 Chr05:94866983-94873178 (+)

描述 Similar to BTS: Zinc finger protein BRUTUS

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g18290`	必需蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g74770`	可能的E3泛素蛋白连接酶，可能调节对铁缺乏的响应，从而有助于铁稳态。	暂无已核实直接文献
`At1g18910`	可能的E3泛素蛋白连接酶，可能调节对铁缺乏的响应，从而有助于铁稳态。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021348 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006879 intracellular iron ion homeostasis 生物过程

GO:0010039 response to iron ion 生物过程

GO:0010106 cellular response to iron ion starvation 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0033212 iron import into cell 生物过程

GO:0034756 regulation of iron ion transport 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0060586 multicellular organismal-level iron ion homeostasis 生物过程

GO:0071282 cellular response to iron(II) ion 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0098711 iron ion import across plasma membrane 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G18910

ath:AT1G74770

ath:AT3G18290

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.523

排名 1 · TkA05G381940 · TK1151

细胞核0.362

排名 2 · TkA05G381940 · TK1151

细胞膜0.209

排名 3 · TkA05G381940 · TK1151

高尔基体0.087

排名 4 · TkA05G381940 · TK1151

溶酶体／液泡0.068

排名 5 · TkA05G381940 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01814Hemerythrin47-178 aa

PF05041Pecanex_C78-116 aa

PF18787CRM1_repeat_3162-175 aa

PF01814Hemerythrin288-420 aa

PF05041Pecanex_C343-381 aa

PF18787CRM1_repeat_3454-466 aa

PF01814Hemerythrin590-735 aa

PF05041Pecanex_C644-688 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G381940	`PF01814`	Hemerythrin	47	178	1.6e-25	90.7
TkA05G381940	`PF05041`	Pecanex_C	78	116	0.091	12.9
TkA05G381940	`PF18787`	CRM1_repeat_3	162	175	0.29	11.9
TkA05G381940	`PF01814`	Hemerythrin	288	420	1.6e-25	90.7
TkA05G381940	`PF05041`	Pecanex_C	343	381	0.091	12.9
TkA05G381940	`PF18787`	CRM1_repeat_3	454	466	0.29	11.9
TkA05G381940	`PF01814`	Hemerythrin	590	735	1.6e-25	90.7
TkA05G381940	`PF05041`	Pecanex_C	644	688	0.091	12.9
TkA05G381940	`PF18787`	CRM1_repeat_3	664	693	0.29	11.9
TkA05G381940	`PF01814`	Hemerythrin	685	737	1.6e-25	90.7
TkA05G381940	`PF13639`	zf-RING_2	916	940	1.2e-06	29.4
TkA05G381940	`PF05495`	zf-CHY	917	985	1.6e-18	67.6
TkA05G381940	`PF13639`	zf-RING_2	917	962	1.2e-06	29.4
TkA05G381940	`PF13639`	zf-RING_2	958	1006	1.2e-06	29.4
TkA05G381940	`PF14599`	zinc_ribbon_6	972	990	4.4e-24	84.9
TkA05G381940	`PF05495`	zf-CHY	1017	1043	1.6e-18	67.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LPQ5`	拟南芥	sp\|Q8LPQ5\|BTS_ARATH Zinc finger protein BRUTUS	64.200%	Swiss-Prot	高置信
`F4HVS0`	拟南芥	sp\|F4HVS0\|BTSL2_ARATH Zinc finger protein BRUTUS-like At1g74770	37.600%	Swiss-Prot	中等置信
`F4IDY5`	拟南芥	sp\|F4IDY5\|BTSL1_ARATH Zinc finger protein BRUTUS-like At1g18910	38.100%	Swiss-Prot	中等置信

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