TkA05G378540 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G378540

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 94041084-94044008 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2124 bp · TkA05G378540|TK1151|cDNA

TTTAGAAGAAAAATGAAAGAAAACATTTGTAAGAAAAGTTCCCTTACTCTCAACGCTGCAATAAAAAGCAAAGCTCAGTTCTCTCTATGTCCTGAGACGACTCGGTTCTCAGATTGTCAAACCCTAGTATTCTCCCTCTCTCCCTAACTTTTCTCCGCCATGGCTTCACGGAGGCTAGCTGCCTCCATCCTCCGCTCCACCCTCCACCGATCATCATCCAGATCTCCATTTACTCACTCCAGCAGAGCCGCACGCGCACG...

CDS

下载 CDS FASTA

1680 bp · TkA05G378540|TK1151|CDS

ATGGCTTCACGGAGGCTAGCTGCCTCCATCCTCCGCTCCACCCTCCACCGATCATCATCCAGATCTCCATTTACTCACTCCAGCAGAGCCGCACGCGCACGATCTCAATCCAACCCTTCTCCTACCGGCTACTTTCTTAACCGTGTAGTCAACTACGCTACTTCTGCTGCCGCCGCTCCGACCAAGCAAGCTCCTACAACCCCTGGTGAAGGATCTAACTACGGAAAGATCACTGATGAGTTCACCGGAGCTGGCGCGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

559 aa · TkA05G378540|TK1151|PROTEIN

MASRRLAASILRSTLHRSSSRSPFTHSSRAARARSQSNPSPTGYFLNRVVNYATSAAAAPTKQAPTTPGEGSNYGKITDEFTGAGAIGQVCQVIGAVVDVRFSEGLPPILTALEVLDNSIRLVLEVAQHLGENMVRTIAMDGTEGLVRGQRVLNTGSPITVPVGRATLGRIINVIGEPIDHRGDIKTDHYLPIHREAPSFVEQATEQQILVTGIKVVDLLAPYQRGGKIGLFGGAGVGKTVLIMELINNVAKAHGGFSVF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G378540`
TK1151 ID	TkA05G378540
OH-1004 ID	LXL04_021304
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G378540

位置 Chr05:94041084-94044008 (+)

描述 Similar to ATPB: ATP synthase subunit beta, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g08670`	线粒体膜ATP合酶(F(1)F(0) ATP合酶或复合物V)在膜两侧存在质子梯度的情况下将ADP合成ATP，该质子梯度由呼吸链的电子传递复合物产生。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0553000`	线粒体膜ATP合酶(F(1)F(0) ATP合酶或复合物V)在膜两侧存在质子梯度的情况下将ADP合成ATP，该质子梯度由呼吸链的电子传递复合物产生。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021304 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0015986 proton motive force-driven ATP synthesis 生物过程

GO:0042776 proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0045259 proton-transporting ATP synthase complex 细胞组分

GO:0005507 copper ion binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

GO:0046933 proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G08680

dosa:Os05g0553000

zma:542267

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.916

排名 1 · TkA05G378540 · TK1151

质体0.048

排名 2 · TkA05G378540 · TK1151

细胞质0.046

排名 3 · TkA05G378540 · TK1151

细胞核0.033

排名 4 · TkA05G378540 · TK1151

细胞膜0.016

排名 5 · TkA05G378540 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11421Synthase_beta1-48 aa

PF24883NPHP3_N4-34 aa

PF02874ATP-synt_ab_N90-156 aa

PF06745ATPase212-282 aa

PF00006ATP-synt_ab213-434 aa

PF03193RsgA_GTPase216-275 aa

PF13191AAA_16218-351 aa

PF00005ABC_tran224-255 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G378540	`PF11421`	Synthase_beta	1	48	1.7e-06	29.3
TkA05G378540	`PF24883`	NPHP3_N	4	34	0.34	11.8
TkA05G378540	`PF02874`	ATP-synt_ab_N	90	156	1.9e-17	64.2
TkA05G378540	`PF06745`	ATPase	212	282	0.047	13.8
TkA05G378540	`PF00006`	ATP-synt_ab	213	434	1e-68	231.9
TkA05G378540	`PF03193`	RsgA_GTPase	216	275	0.22	12.0
TkA05G378540	`PF13191`	AAA_16	218	351	0.017	16.3
TkA05G378540	`PF00005`	ABC_tran	224	255	0.28	12.5
TkA05G378540	`PF00931`	NB-ARC	227	264	0.0011	19.2
TkA05G378540	`PF13245`	AAA_19	229	256	0.17	12.8
TkA05G378540	`PF25201`	nSTAND6	229	279	0.24	12.2
TkA05G378540	`PF00004`	AAA	231	344	0.11	13.6
TkA05G378540	`PF24883`	NPHP3_N	231	292	0.34	11.8
TkA05G378540	`PF22919`	ATP-synt_VA_C	442	515	1.5e-15	57.7
TkA05G378540	`PF18269`	T3SS_ATPase_C	444	498	0.17	12.5
TkA05G378540	`PF00004`	AAA	449	479	0.11	13.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P83483`	拟南芥	sp\|P83483\|ATPBM_ARATH ATP synthase subunit beta-1, mitochondrial	82.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q01859`	水稻	sp\|Q01859\|ATPBM_ORYSJ ATP synthase subunit beta, mitochondrial	92.500%	Swiss-Prot	高置信

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