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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G355370
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 88072970-88075237 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2268 bp · TkA05G355370|TK1151|cDNA

ATGATACAGTACATGCCATTGTTCAGATCATGCTCCACCACAAGAACACTCACTCAACTTCATGCTTATCTCCTTGTCACAGGCCAACACAGAAGCCATCTTGCATCAACTAAGCTTATGGAGTCATATGCCCAAATAGGCCCTCTCGATTCTGCAAAACTTGTATTTCAAACCTTCCCTGCACCTGATTCTTTCATGTACGGCGTGCTGATTAAGCGCTATGTTTGGTACGGATTATTCACAGAAGCTGTTACTTTATA...

CDS

下载 CDS FASTA

2268 bp · TkA05G355370|TK1151|CDS

ATGATACAGTACATGCCATTGTTCAGATCATGCTCCACCACAAGAACACTCACTCAACTTCATGCTTATCTCCTTGTCACAGGCCAACACAGAAGCCATCTTGCATCAACTAAGCTTATGGAGTCATATGCCCAAATAGGCCCTCTCGATTCTGCAAAACTTGTATTTCAAACCTTCCCTGCACCTGATTCTTTCATGTACGGCGTGCTGATTAAGCGCTATGTTTGGTACGGATTATTCACAGAAGCTGTTACTTTATA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

755 aa · TkA05G355370|TK1151|PROTEIN

MIQYMPLFRSCSTTRTLTQLHAYLLVTGQHRSHLASTKLMESYAQIGPLDSAKLVFQTFPAPDSFMYGVLIKRYVWYGLFTEAVTLYCNMLRELNLISSFIFPSVLRACSGIRDLNVGQTVHGRIIKCGFESDPVVQTSLLNMYGEASYLSSALKVFDEMPERDLVSWSSIISMHVRNGDASQGLKLFHEMVTDGHEPDYVTLLSIAEACGELGLGLQSKSIHSYTITRKIESKDHNTLVNSLIAMYGKCGELYTAETLF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G355370
TK1151 IDTkA05G355370
OH-1004 IDLXL04_026085
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)34.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.351 / OH-1004 87.214
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G355370
位置Chr05:88072970-88075237 (+)
描述Similar to PCMP-E36: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21300
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g69350 假定的含五螺旋重复序列蛋白At1g69350，线粒体。 暂无已核实直接文献
At4g13650 含五重复肽基序蛋白 At4g13650。 暂无已核实直接文献
At1g18485 含五重复肽结构域的蛋白 At1g18485。 暂无已核实直接文献
At1g15510 调节叶绿体转录本 accD 的 RNA 编辑，对于叶绿体生物发生的早期阶段至关重要。
AtECB2, a pentatricopeptide repeat protein, is required for chloroplast transcript accD RNA editing and early chloroplast biogenesis in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03930.x
Editing of accD and ndhF chloroplast transcripts is partially affected in the Arabidopsis vanilla cream1 mutant.2010 · DOI: 10.1007/s11103-010-9616-5
A point mutation in the pentatricopeptide repeat motif of the AtECB2 protein causes delayed chloroplast development.2011 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2011.01030.x
At1g11290 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026085 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G03580
ath:AT4G21300
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.670
排名 1 · TkA05G355370 · TK1151
质体0.185
排名 2 · TkA05G355370 · TK1151
细胞核0.040
排名 3 · TkA05G355370 · TK1151
细胞质0.030
排名 4 · TkA05G355370 · TK1151
细胞膜0.006
排名 5 · TkA05G355370 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00637Clathrin36-89 aa
PF23276TPR_2438-52 aa
PF01535PPR39-57 aa
PF13041PPR_262-93 aa
PF12854PPR_162-74 aa
PF01535PPR65-92 aa
PF29070MSC6_N70-113 aa
PF13428TPR_1471-92 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G355370PF00637Clathrin36890.000122.8
TkA05G355370PF23276TPR_2438523.8e-1866.4
TkA05G355370PF01535PPR39578e-71230.2
TkA05G355370PF13041PPR_262931.2e-68227.8
TkA05G355370PF12854PPR_162746e-38129.0
TkA05G355370PF01535PPR65928e-71230.2
TkA05G355370PF29070MSC6_N701131.1e-1145.2
TkA05G355370PF13428TPR_1471920.0001722.6
TkA05G355370PF17177PPR_long822119.2e-1555.3
TkA05G355370PF23276TPR_241161643.8e-1866.4
TkA05G355370PF13812PPR_31291744.4e-30104.3
TkA05G355370PF00637Clathrin1331440.000122.8
TkA05G355370PF13041PPR_21351631.2e-68227.8
TkA05G355370PF01535PPR1381648e-71230.2
TkA05G355370PF12854PPR_11381606e-38129.0
TkA05G355370PF02758PYRIN1401660.212.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9C507拟南芥sp|Q9C507|PP111_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g69350, mitochondrial48.900%Swiss-Prot中等置信
Q9SVP7拟南芥sp|Q9SVP7|PP307_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g1365032.900%Swiss-Prot中等置信
Q0WN60拟南芥sp|Q0WN60|PPR48_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g1848530.300%Swiss-Prot中等置信
Q9M9E2拟南芥sp|Q9M9E2|PPR45_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g15510, chloroplastic31.600%Swiss-Prot中等置信
Q3E6Q1拟南芥sp|Q3E6Q1|PPR32_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic29.900%Swiss-Prot低置信

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