TkA05G300050 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G300050

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 74020743-74022519 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1374 bp · TkA05G300050|TK1151|cDNA

GTCACGAACAAATTGCGCGTGAGCTCCGTGGCCGCATAATCATCCTCTAAGTACCGCTTCCGGCCACCAAATAAAGAAGGTTTTAGACGCATAGAAACCGTCATCAAGTATGACCGAACGGACTTGGCCTCACCGATCAGAAACCTCTCACTTCTCAACCCTACCCTTCCCTATTAAAAATTCGACTCGAAAACATGAAAATTCTACTTCAAAGTCAATTCGTGTTCGGCAGTTCCGACCATCGCCATCATCTCGACGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1020 bp · TkA05G300050|TK1151|CDS

ATGACCGAACGGACTTGGCCTCACCGATCAGAAACCTCTCACTTCTCAACCCTACCCTTCCCTATTAAAAATTCGACTCGAAAACATGAAAATTCTACTTCAAAGTCAATTCGTGTTCGGCAGTTCCGACCATCGCCATCATCTCGACGGTCCGACCAATTCCGTGACTTCGCCGCGCTACCTAACGACGTGTTGACAAAAATTGCGGCGAATTTTAGCCTCCCGAATTTACAGGCAGCGTCGTTGGTTTGCAAATCATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

339 aa · TkA05G300050|TK1151|PROTEIN

MTERTWPHRSETSHFSTLPFPIKNSTRKHENSTSKSIRVRQFRPSPSSRRSDQFRDFAALPNDVLTKIAANFSLPNLQAASLVCKSWRDGLLPLREAMLFLRWGKRFKHGRGGVQPNVEKALDSFLKGAARGSTLAMVDAGLIYWEMGKKEEGVALYRKAAELGDTAGQCNLGISYLQADPPNVKEAVKWLYQASIAGYVRGQYQLALCLHRGSGMNQNLPEAAKWYLRAAEGGYVRAMYNVSLCYSLGTGFSQNHRQSR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G300050`
TK1151 ID	TkA05G300050
OH-1004 ID	LXL04_020739
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	77.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G300050

位置 Chr05:74020743-74022519 (+)

描述 Similar to At1g70590: F-box protein At1g70590

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g70590`	F-box蛋白At1g70590。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020739 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006641 triglyceride metabolic process 生物过程

GO:0007219 Notch signaling pathway 生物过程

GO:0009306 protein secretion 生物过程

GO:0030970 retrograde protein transport, ER to cytosol 生物过程

GO:0034976 response to endoplasmic reticulum stress 生物过程

GO:0036503 ERAD pathway 生物过程

GO:0050821 protein stabilization 生物过程

GO:0000836 Hrd1p ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0000839 Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G70590

hsa:6400

maua:101834260

mmu:20338

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.422

排名 1 · TkA05G300050 · TK1151

细胞核0.368

排名 2 · TkA05G300050 · TK1151

线粒体0.184

排名 3 · TkA05G300050 · TK1151

质体0.075

排名 4 · TkA05G300050 · TK1151

过氧化物酶体0.042

排名 5 · TkA05G300050 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15966F-box_44-42 aa

PF15966F-box_456-109 aa

PF12937F-box-like58-89 aa

PF00646F-box60-89 aa

PF18511F-box_579-87 aa

PF08238Sel1103-132 aa

PF07719TPR_2117-127 aa

PF00515TPR_1119-127 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G300050	`PF15966`	F-box_4	4	42	0.018	15.7
TkA05G300050	`PF15966`	F-box_4	56	109	0.018	15.7
TkA05G300050	`PF12937`	F-box-like	58	89	7.4e-06	26.3
TkA05G300050	`PF00646`	F-box	60	89	7.9e-07	29.5
TkA05G300050	`PF18511`	F-box_5	79	87	0.19	12.0
TkA05G300050	`PF08238`	Sel1	103	132	1.5e-26	92.5
TkA05G300050	`PF07719`	TPR_2	117	127	0.05	14.5
TkA05G300050	`PF00515`	TPR_1	119	127	0.0096	16.4
TkA05G300050	`PF13432`	TPR_16	129	164	0.016	16.3
TkA05G300050	`PF13424`	TPR_12	135	162	4.9	8.1
TkA05G300050	`PF13174`	TPR_6	136	161	0.059	14.7
TkA05G300050	`PF13181`	TPR_8	138	163	0.0029	18.4
TkA05G300050	`PF13374`	TPR_10	138	162	0.37	11.6
TkA05G300050	`PF13432`	TPR_16	139	194	0.016	16.3
TkA05G300050	`PF07719`	TPR_2	139	163	0.05	14.5
TkA05G300050	`PF13424`	TPR_12	139	163	4.9	8.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94C27`	拟南芥	sp\|Q94C27\|FB84_ARATH F-box protein At1g70590	65.800%	Swiss-Prot	高置信

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