TkA05G289620 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G289620

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 71564771-71568635 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA 无可用 cDNA 序列

cDNA

该参考版本没有可用的cDNA序列。

CDS

下载 CDS FASTA

1221 bp · TkA05G289620|TK1151|CDS

ATGATTTTGAAAACGCGAACTAGTCATTATCGGCGCTTCAGGAGCCGAAGGATTTCCGTCAGCGGTTTCGTGCTTGTTACTCTAACTCTGATTTTTCTCATATCCGCTTCTGCTTTCTTCCTCCTTTCCAAAGATGATAAAGATGCAGATAAGGATGAGTACATTGTGGAAGGCGAGGAGTTTGGGAGTGATGTGGACTTCCTGGAAAACGTAACATGTACAGCAAGATCAAAAATGGTAAAGTTTGGGCATGGGAATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

406 aa · TkA05G289620|TK1151|PROTEIN

MILKTRTSHYRRFRSRRISVSGFVLVTLTLIFLISASAFFLLSKDDKDADKDEYIVEGEEFGSDVDFLENVTCTARSKMVKFGHGNGFVGHGGDSRYWDRDDRRRDNDYGEDLVSNNDSNHIASKTYNNQKKKKRRAGGLYNEAGRNELKMYEAEYEASLKGVSVVSKKTITDEDTDTDDEYIDEIDMHDIRLEDYKDDIPIEAEKQSSRRAISERKIASKKRSKRRKYSGACKMKVVNSSMNAVEPPESSKFVRFSLRY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G289620`
TK1151 ID	TkA05G289620
OH-1004 ID	LXL04_007882
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	94.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.015 / OH-1004 64.791 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G289620

位置 Chr05:71564771-71568635 (-)

描述 Protein of unknown function

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g28240`	可能的糖基转移酶，参与细胞壁果胶和/或木聚糖的生物合成（根据相似性）。	Identification of Key Enzymes for Pectin Synthesis in Seed Mucilage.2018 · DOI: 10.1104/pp.18.00584

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007882 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006629 lipid metabolic process 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0009992 intracellular water homeostasis 生物过程

GO:0010118 stomatal movement 生物过程

GO:0010246 rhamnogalacturonan I biosynthetic process 生物过程

GO:0045491 xylan metabolic process 生物过程

GO:0048358 mucilage pectin biosynthetic process 生物过程

GO:0080001 mucilage extrusion from seed coat 生物过程

GO:1902456 regulation of stomatal opening 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G28240

ath:AT5G46220

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.608

排名 1 · TkA05G289620 · TK1151

内质网0.139

排名 2 · TkA05G289620 · TK1151

细胞膜0.106

排名 3 · TkA05G289620 · TK1151

细胞核0.092

排名 4 · TkA05G289620 · TK1151

细胞质0.069

排名 5 · TkA05G289620 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08297U3_snoRNA_assoc121-135 aa

PF08297U3_snoRNA_assoc192-255 aa

PF04765TOD1_MUCI70262-405 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G289620	`PF08297`	U3_snoRNA_assoc	121	135	0.14	13.6
TkA05G289620	`PF08297`	U3_snoRNA_assoc	192	255	0.14	13.6
TkA05G289620	`PF04765`	TOD1_MUCI70	262	405	6.5e-52	177.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FZ97`	拟南芥	sp\|Q9FZ97\|MUC70_ARATH Probable hexosyltransferase MUCI70	40.400%	Swiss-Prot	低置信

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