TkA05G141440 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G141440

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 36775709-36777135 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

883 bp · TkA05G141440|TK1151|cDNA

GTACCAATATCCTCTACCAGTGGTTTTTTTGAACATGAACAATCGCAACAACAATCTCATGCACACTGTCTATTGGCACCATGCTGATACACCATCTGAAGTTTCTTCAATATCACATATTCCTAGCTCTGGGCCCGGTGTAGTAGGTCGAATGGGTTCATTTGGGTCGATTCAGGATAGAGCGTATGTTCTACCATTTGCTTTTAGGGTTACATCTCAACCTACGACACAAAACCTATCAAGCAACAACACCATTCAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

663 bp · TkA05G141440|TK1151|CDS

ATGAACAATCGCAACAACAATCTCATGCACACTGTCTATTGGCACCATGCTGATACACCATCTGAAGTTTCTTCAATATCACATATTCCTAGCTCTGGGCCCGGTGTAGTAGGTCGAATGGGTTCATTTGGGTCGATTCAGGATAGAGCGTATGTTCTACCATTTGCTTTTAGGGTTACATCTCAACCTACGACACAAAACCTATCAAGCAACAACACCATTCAAAGAAACGCACACTTGAGGCAAGCATCCACCATCCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

220 aa · TkA05G141440|TK1151|PROTEIN

MNNRNNNLMHTVYWHHADTPSEVSSISHIPSSGPGVVGRMGSFGSIQDRAYVLPFAFRVTSQPTTQNLSSNNTIQRNAHLRQASTIQSPYSAEPNKGLEKLKKEIYNPGVQRVSLYYRDPDFRAKLLEKTKNEDGKRCAVCLDDFEPGEIVTLTPCRHMFHENCIVPWVTSNGQCPVCRFVINDRSKEREETQTGNNRVLGGDPIPRDLINFIREMENRG

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G141440`
TK1151 ID	TkA05G141440
OH-1004 ID	LXL04_020129
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.545 / OH-1004 79.636 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G141440

位置 Chr05:36775709-36777135 (+)

描述 Similar to SDIR1: E3 ubiquitin-protein ligase SDIR1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g19950`	E3 泛素蛋白连接酶以硫酯的形式接受来自 E2 泛素结合酶的泛素，然后将泛素直接转移至目标底物。	暂无已核实直接文献
`At3g56580`	E3 泛素蛋白连接酶，可促进渗透应激和脱落酸反应。	The atrzf1 mutation of the novel RING-type E3 ubiquitin ligase increases proline contents and enhances drought tolerance in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2012.12.007 PCA22 acts as a suppressor of atrzf1 to mediate proline accumulation in response to abiotic stress in Arabidopsis.2017 · DOI: 10.1093/jxb/erx069

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020129 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G19950

ath:AT3G55530

mcf:102146898

xla:444028

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.564

排名 1 · TkA05G141440 · TK1151

细胞核0.486

排名 2 · TkA05G141440 · TK1151

细胞膜0.057

排名 3 · TkA05G141440 · TK1151

线粒体0.053

排名 4 · TkA05G141440 · TK1151

内质网0.048

排名 5 · TkA05G141440 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23074PH_FT_N5-20 aa

PF23074PH_FT_N98-142 aa

PF04423Rad50_zn_hook125-148 aa

PF14446Prok-RING_1132-165 aa

PF29452FAR1_N135-191 aa

PF13920zf-C3HC4_3136-183 aa

PF17120zf-RING_16136-177 aa

PF14835zf-RING_6136-179 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G141440	`PF23074`	PH_FT_N	5	20	0.097	13.1
TkA05G141440	`PF23074`	PH_FT_N	98	142	0.097	13.1
TkA05G141440	`PF04423`	Rad50_zn_hook	125	148	0.24	12.0
TkA05G141440	`PF14446`	Prok-RING_1	132	165	0.00012	22.9
TkA05G141440	`PF29452`	FAR1_N	135	191	0.27	12.0
TkA05G141440	`PF13920`	zf-C3HC4_3	136	183	6.2e-06	26.6
TkA05G141440	`PF17120`	zf-RING_16	136	177	0.0014	18.9
TkA05G141440	`PF14835`	zf-RING_6	136	179	0.002	18.6
TkA05G141440	`PF13639`	zf-RING_2	137	179	8.6e-15	55.5
TkA05G141440	`PF13923`	zf-C3HC4_2	137	178	1.8e-10	41.1
TkA05G141440	`PF14634`	zf-RING_5	137	179	1.4e-07	32.0
TkA05G141440	`PF23555`	zf-RING_Vps41	137	172	0.0024	18.2
TkA05G141440	`PF17123`	zf-RING_11	138	165	3.7e-11	43.2
TkA05G141440	`PF00097`	zf-C3HC4	138	178	1.1e-08	35.5
TkA05G141440	`PF13445`	zf-RING_UBOX	138	176	1.2e-06	29.1
TkA05G141440	`PF00628`	PHD	138	173	0.0057	17.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LPN7`	拟南芥	sp\|Q8LPN7\|RNG1L_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like	36.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q94AK4`	拟南芥	sp\|Q94AK4\|RZF1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RZF1	35.900%	Swiss-Prot	低置信

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