基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_020129
当前版本: OH-1004
染色体: Chr04
坐标: 52744310-52746394
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA828 bp · LXL04_020129|LXL04_020129|OH1004|cDNA
ATGAACAATCGCAACAACAATCTCATGCACACTGTCTATTGGCACCATGCTGATACACCATCTGAAGTTTCTTCAATATCACATATTCCTAGCTCTGGGCCCGGTGTAGTAGGTCGAATGGGTTCATTTGGGTCGATTCAGGATAGAGCGTATGTTCTACCATTTGCTTTTAGGGTTACATCTCAACCTACGACACAAAACCTATCAAGCAACAACACCATTCAAAGAAACGCACACTTGAGGCAAGCATCCACCATCCA...
CDS
下载 CDS FASTA828 bp · LXL04_020129|LXL04_020129|OH1004|CDS
ATGAACAATCGCAACAACAATCTCATGCACACTGTCTATTGGCACCATGCTGATACACCATCTGAAGTTTCTTCAATATCACATATTCCTAGCTCTGGGCCCGGTGTAGTAGGTCGAATGGGTTCATTTGGGTCGATTCAGGATAGAGCGTATGTTCTACCATTTGCTTTTAGGGTTACATCTCAACCTACGACACAAAACCTATCAAGCAACAACACCATTCAAAGAAACGCACACTTGAGGCAAGCATCCACCATCCA...
275 aa · LXL04_020129|LXL04_020129|OH1004|PROTEIN
MNNRNNNLMHTVYWHHADTPSEVSSISHIPSSGPGVVGRMGSFGSIQDRAYVLPFAFRVTSQPTTQNLSSNNTIQRNAHLRQASTIQSPYSAEPNKGLEKLKKEIYNPGVQRVSLYYRDPDFRAKLLEKTKNEDGKRCAVCLDDFEPGEIVTLTPCRHMFHENCIVPWVTSNGQCPVCRFVINDRSKEREETQTGNNRVLGGDPIPRDLINFIREMENRDITKLRCKKFVSIGAEICSASLLAKGYRTRKAEGTRHTSTK...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_020129 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_020129 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr04:52744310-52746394 (+) | |||||||||
| 描述 | Similar to SDIR1: E3 ubiquitin-protein ligase SDIR1 | |||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | |||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0009414 response to water deprivation 生物过程 GO:0009651 response to salt stress 生物过程 GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程 GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分 GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能 GO:0008270 zinc ion binding 分子功能 GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能 | |||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT3G19950 ath:AT3G55530 mcf:102146898 xla:444028 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞质0.497
细胞核0.467
细胞膜0.086
线粒体0.074
内质网0.056
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF13920.13zf-C3HC4_3136-183 aaPF13639.13zf-RING_2137-179 aaPF13923.13zf-C3HC4_2137-178 aaPF14634.13zf-RING_5137-179 aaPF17123.12zf-RING_11138-165 aaPF00097.32zf-C3HC4138-178 aaPF13445.13zf-RING_UBOX138-176 aaPF12678.14zf-rbx1149-179 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_020129 | PF13920.13 | zf-C3HC4_3 | 136 | 183 | 7.6e-06 | 26.4 |
| LXL04_020129 | PF13639.13 | zf-RING_2 | 137 | 179 | 1.8e-14 | 54.4 |
| LXL04_020129 | PF13923.13 | zf-C3HC4_2 | 137 | 178 | 2.3e-10 | 40.8 |
| LXL04_020129 | PF14634.13 | zf-RING_5 | 137 | 179 | 1.8e-07 | 31.7 |
| LXL04_020129 | PF17123.12 | zf-RING_11 | 138 | 165 | 5e-11 | 42.8 |
| LXL04_020129 | PF00097.32 | zf-C3HC4 | 138 | 178 | 1.4e-08 | 35.1 |
| LXL04_020129 | PF13445.13 | zf-RING_UBOX | 138 | 176 | 1.3e-06 | 29.0 |
| LXL04_020129 | PF12678.14 | zf-rbx1 | 149 | 179 | 7.3e-08 | 33.2 |
| LXL04_020129 | PF12861.14 | zf-ANAPC11 | 152 | 180 | 9.6e-06 | 26.3 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。