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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G108250
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 28986363-28989386 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1705 bp · TkA05G108250|TK1151|cDNA

TTGTAAATGAGTTGATTAGATAGATAACAAGGAATCTAGATAACAAGGAATCTGAATCTTCGTCATCATCCCTTCCAATTACCAACTACTACTAGTTCAAGTAGTTTTCAAGGTCGCCTGACATTGTTTCGCTATTCCTTCTGCAAAACCATCGATCAACAACCGATCTATCAAAAACTCAAATGGGATTCAATCGATACAATAATTTAGTCCGAAGTATTACTAATACCTATCGATCAAGAACAACTTACTCTTGTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1323 bp · TkA05G108250|TK1151|CDS

ATGGGATTCAATCGATACAATAATTTAGTCCGAAGTATTACTAATACCTATCGATCAAGAACAACTTACTCTTGTTCTTCGTTTTACTGTAATCAGCGGAGAACATCAGTGACGTCTTCTTCCCCTTGTTCCGATGATCAGAAAACAAAATCGTTTTCAACAATATCGAGTTCATCGTATCACCTGAACGGTGGACCCTCGTATATGCGAGGAGCTGTTTTCTGGGAACCAAATAAGCCTATGACTTTTGAAGACTTTGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

440 aa · TkA05G108250|TK1151|PROTEIN

MGFNRYNNLVRSITNTYRSRTTYSCSSFYCNQRRTSVTSSSPCSDDQKTKSFSTISSSSYHLNGGPSYMRGAVFWEPNKPMTFEDFEMPRPKVNEVLIKTKACGVCHSDLHVIKGELTFPSPCVVGHEITGEVVEHGPLTDTKTIERLPLGARVVGAFIMPCGNCFFCTKGQDDLCEAFFAYNRAKGTLYDGETRLFLRGSGKPVYMYSMGGLAEYSVVPANALTILPHSLPYSESAVIGCAVFTAYGAMAHAAQVRPGD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G108250
TK1151 IDTkA05G108250
OH-1004 IDLXL04_019951
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G108250
位置Chr05:28986363-28989386 (+)
描述Similar to Msed_1424: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating) (Metallosphaera sedula (strain ATCC 51363 / DSM 5348 / JCM 9185 / NBRC 15509 / TH2)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019951 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0001523 retinoid metabolic process 生物过程
GO:0042572 retinol metabolic process 生物过程
GO:0042573 retinoic acid metabolic process 生物过程
GO:0046294 formaldehyde catabolic process 生物过程
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0004022 alcohol dehydrogenase (NAD+) activity 分子功能
GO:0004745 all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能
GO:0051903 S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase [NAD(P)+] activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
hsa:125
mbo:BQ2027_MB0784C
mse:Msed_1424
mtc:MT0786
mtu:Rv0761c
mtv:RVBD_0761c
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.845
排名 1 · TkA05G108250 · TK1151
细胞质0.106
排名 2 · TkA05G108250 · TK1151
质体0.082
排名 3 · TkA05G108250 · TK1151
细胞核0.050
排名 4 · TkA05G108250 · TK1151
过氧化物酶体0.035
排名 5 · TkA05G108250 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08240ADH_N94-228 aa
PF16912Glu_dehyd_C250-427 aa
PF08240ADH_N253-267 aa
PF01262AlaDh_PNT_C253-312 aa
PF028262-Hacid_dh_C259-306 aa
PF02254TrkA_N262-314 aa
PF17836PglD_N262-343 aa
PF03435Sacchrp_dh_NADP262-347 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G108250PF08240ADH_N942287.1e-2381.6
TkA05G108250PF16912Glu_dehyd_C2504271.4e-0835.2
TkA05G108250PF08240ADH_N2532677.1e-2381.6
TkA05G108250PF01262AlaDh_PNT_C2533120.00119.3
TkA05G108250PF028262-Hacid_dh_C2593060.001818.4
TkA05G108250PF02254TrkA_N2623140.001219.9
TkA05G108250PF17836PglD_N2623430.01416.7
TkA05G108250PF03435Sacchrp_dh_NADP2623470.04614.8
TkA05G108250PF00899ThiF2622910.07213.0
TkA05G108250PF027373HCDH_N2623080.3711.4
TkA05G108250PF01728FtsJ2643470.03114.9
TkA05G108250PF00107ADH_zinc_N2694002e-37128.7
TkA05G108250PF13649Methyltransf_252693130.01416.7
TkA05G108250PF13847Methyltransf_312693020.2311.9
TkA05G108250PF13602ADH_zinc_N_23024374.6e-1350.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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