TkA05G070900 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G070900

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 18941896-18945767 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1362 bp · TkA05G070900|TK1151|cDNA

CAGGTTGCTTTTTGTTAAAAAACAATTAATTGTTTTTAAAGAATTATTCCTCACATGGAGGGGGCCACTTGGACGACTAAAAGCAGAATCAACGTCAACGTAATTATTGAGGACCATGCTTCTACATTTATTCAAAGTAAGTCACCAACTTATCAGCCGATCCAAATGTGTTATTCTAGCTCTCAAGCTTAACTAATACTTTTGAGATTTCAATGGCGGACGCTGCTGTGGAATTCCTGCTGGGTAATCTGAAACAACTG...

CDS

下载 CDS FASTA

942 bp · TkA05G070900|TK1151|CDS

ATGGCGGACGCTGCTGTGGAATTCCTGCTGGGTAATCTGAAACAACTGCTAGTATACAACGCCAATTTGATCTCAAGCGTCAAAGATCAAGTCGACTCTTTGTACAACGACCTCCGTCTACTGGCAGCTTTCGTGAAGGAAACCACCGAGAGCCGAAGCAAGCACACCGTCGTCAAAGAACTGGTCAGACGCATCAGAATCGAAGTGTACAAAGCTGAAGACATTGTCGACATGTACGTCTTCCACGCATCGGTCCACAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

314 aa · TkA05G070900|TK1151|PROTEIN

MADAAVEFLLGNLKQLLVYNANLISSVKDQVDSLYNDLRLLAAFVKETTESRSKHTVVKELVRRIRIEVYKAEDIVDMYVFHASVHKSRTSLEKALHFTEYPMKLRTVGKEIEDIRRRVKEIYDNKLIANEVFRKTESFTRSPPCVEEDNVVGFDKETEKVVGWLTAETEELEVIYVVGMGGLGKTTLAKKVFKSSSIQYEFFIRSWVYVSQVYSRREVFLKILYDVTRENRDTSQWSVETIADELHSHTTRNWGLYLRT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G070900`
TK1151 ID	TkA05G070900
OH-1004 ID	LXL04_019647
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	89.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 78.981 / OH-1004 27.241 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G070900

位置 Chr05:18941896-18945767 (-)

描述 Similar to R1A-6: Putative late blight resistance protein homolog R1A-6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g50180`	潜在的抗病蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g58390`	可能的抗病蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g58848`	潜在的抗病蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g59218`	潜在的抗病蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g58807`	潜在的抗病蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019647 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0043531 ADP binding 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.604

排名 1 · TkA05G070900 · TK1151

内质网0.159

排名 2 · TkA05G070900 · TK1151

细胞质0.121

排名 3 · TkA05G070900 · TK1151

溶酶体／液泡0.075

排名 4 · TkA05G070900 · TK1151

细胞核0.064

排名 5 · TkA05G070900 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18052Rx_N5-93 aa

PF27407YubE21-39 aa

PF13173AAA_1429-65 aa

PF13401AAA_2245-62 aa

PF01637ATPase_245-67 aa

PF25201nSTAND653-64 aa

PF24883NPHP3_N54-65 aa

PF13238AAA_1856-76 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G070900	`PF18052`	Rx_N	5	93	2.2e-15	57.3
TkA05G070900	`PF27407`	YubE	21	39	1.3	10.0
TkA05G070900	`PF13173`	AAA_14	29	65	0.032	14.9
TkA05G070900	`PF13401`	AAA_22	45	62	0.00051	21.1
TkA05G070900	`PF01637`	ATPase_2	45	67	0.0087	16.6
TkA05G070900	`PF25201`	nSTAND6	53	64	0.0021	18.8
TkA05G070900	`PF24883`	NPHP3_N	54	65	0.031	15.2
TkA05G070900	`PF13238`	AAA_18	56	76	0.034	15.4
TkA05G070900	`PF02374`	ArsA_ATPase	80	148	0.12	12.3
TkA05G070900	`PF27407`	YubE	91	133	1.3	10.0
TkA05G070900	`PF00448`	SRP54	97	121	0.064	13.6
TkA05G070900	`PF18052`	Rx_N	103	121	2.2e-15	57.3
TkA05G070900	`PF13173`	AAA_14	111	126	0.032	14.9
TkA05G070900	`PF00931`	NB-ARC	155	248	4.3e-19	69.4
TkA05G070900	`PF02367`	TsaE	156	206	0.014	16.1
TkA05G070900	`PF01637`	ATPase_2	157	219	0.0087	16.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SX38`	拟南芥	sp\|Q9SX38\|DRL4_ARATH Putative disease resistance protein At1g50180	32.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8W474`	拟南芥	sp\|Q8W474\|DRL7_ARATH Probable disease resistance protein At1g58390	30.500%	Swiss-Prot	中等置信
`P0DI17`	拟南芥	sp\|P0DI17\|DRL11_ARATH Probable disease resistance protein RF9	28.100%	Swiss-Prot	低置信
`P0DI18`	拟南芥	sp\|P0DI18\|DRL45_ARATH Probable disease resistance protein RDL6	28.100%	Swiss-Prot	低置信
`F4IBE4`	拟南芥	sp\|F4IBE4\|DRL10_ARATH Probable disease resistance protein RF45	27.400%	Swiss-Prot	低置信

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