TkA05G060810 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G060810

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 16136987-16145397 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

783 bp · TkA05G060810|TK1151|cDNA

ATGGGAATGCATACACCCATTAAAAGAAGTGAACAGCCTTTGGAAACCAAAGGCGTGATTAGACTTTGTGCTAAAAGGCGTGAACAACCTTTAAAAGCTAAAAGCGTGAATAGCTTTGAAGGAAAAAGGCGTGATTGGCCTTTCAAGCTAAAGGGCGTGAACAGGCTTTGCCCTAAGGGGCGTGAACAGGTAGTGAGACCCCTTAAAGGGCGTGAACAGGCAGGTTATTCTTCTCCAACTCAATCTGCCATCAGGGAGTA...

CDS

下载 CDS FASTA

783 bp · TkA05G060810|TK1151|CDS

ATGGGAATGCATACACCCATTAAAAGAAGTGAACAGCCTTTGGAAACCAAAGGCGTGATTAGACTTTGTGCTAAAAGGCGTGAACAACCTTTAAAAGCTAAAAGCGTGAATAGCTTTGAAGGAAAAAGGCGTGATTGGCCTTTCAAGCTAAAGGGCGTGAACAGGCTTTGCCCTAAGGGGCGTGAACAGGTAGTGAGACCCCTTAAAGGGCGTGAACAGGCAGGTTATTCTTCTCCAACTCAATCTGCCATCAGGGAGTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

260 aa · TkA05G060810|TK1151|PROTEIN

MGMHTPIKRSEQPLETKGVIRLCAKRREQPLKAKSVNSFEGKRRDWPFKLKGVNRLCPKGREQVVRPLKGREQAGYSSPTQSAIREYLNLSLAEYSLFGSILTFGAMICAISSGPMADFFGRKGDTQEAHAGQNSSSIWFRLCIRGTFIDGSVKYTMTSMNVPEPVVSLVVSPVSKDSRKQFSKALNQFQREDPTFRVGLDPESGQVFEELNLIMRIIFVTGAGDETLRFWNVFPSPKCQVMQNTESEIVASSFGRMHIR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G060810`
TK1151 ID	TkA05G060810
OH-1004 ID	LXL04_019535
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	95.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G060810

位置 Chr05:16136987-16145397 (+)

描述 Similar to MEFG2: Elongation factor G-2, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g45332`	线粒体 GTP 酶，在翻译延伸过程中催化依赖 GTP 的核糖体转位步骤。	暂无已核实直接文献
`At2g45030`	线粒体 GTP 酶，在翻译延伸过程中催化依赖 GTP 的核糖体转位步骤。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0565500`	线粒体 GTP 酶，在翻译延伸过程中催化依赖 GTP 的核糖体转位步骤。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019535 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0070125 mitochondrial translational elongation 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003746 translation elongation factor activity 分子功能

GO:0003924 GTPase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0005525 GTP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ago:AGOS_ABR227C

ath:AT1G45332

ath:AT2G45030

dosa:Os03g0565500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.335

排名 1 · TkA05G060810 · TK1151

细胞核0.259

排名 2 · TkA05G060810 · TK1151

线粒体0.185

排名 3 · TkA05G060810 · TK1151

细胞膜0.171

排名 4 · TkA05G060810 · TK1151

内质网0.116

排名 5 · TkA05G060810 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07690MFS_178-123 aa

PF00083Sugar_tr91-123 aa

PF14492EFG_III162-207 aa

PF14492EFG_III243-259 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G060810	`PF07690`	MFS_1	78	123	0.0051	16.5
TkA05G060810	`PF00083`	Sugar_tr	91	123	0.05	13.2
TkA05G060810	`PF14492`	EFG_III	162	207	4.1e-12	46.7
TkA05G060810	`PF14492`	EFG_III	243	259	4.1e-12	46.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C641`	拟南芥	sp\|Q9C641\|EFGM1_ARATH Elongation factor G-1, mitochondrial	73.200%	Swiss-Prot	低置信
`F4IW10`	拟南芥	sp\|F4IW10\|EFGM2_ARATH Elongation factor G-2, mitochondrial	73.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FE64`	水稻	sp\|Q9FE64\|EFGM_ORYSJ Elongation factor G, mitochondrial	72.000%	Swiss-Prot	低置信

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