TkA05G032350 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G032350

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 8740025-8740710 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

609 bp · TkA05G032350|TK1151|cDNA

CAAAGATTGGAAATATAGATAAATCTAGAGCCTTGTTTGGGAGAAATGATTTCAAGCATGATCAAACCTCGTGGAACATAATGATTGCAGCATATGGAATGAATGGTCAAGGGAGTGAGTCGTGTAAACTTTTCACCAAAATGCAAGAAAACGGATACACACCGGATGCCATTACATTCACCTCTCTCCTCTCTGCTTGCAGTCATTGTGGGCTTATTGAAGAGGGGTGTAAGTTCTTTGAGCTCATGATTACCAAATAC...

CDS

下载 CDS FASTA

519 bp · TkA05G032350|TK1151|CDS

ATGATTGCAGCATATGGAATGAATGGTCAAGGGAGTGAGTCGTGTAAACTTTTCACCAAAATGCAAGAAAACGGATACACACCGGATGCCATTACATTCACCTCTCTCCTCTCTGCTTGCAGTCATTGTGGGCTTATTGAAGAGGGGTGTAAGTTCTTTGAGCTCATGATTACCAAATACAAGATTCGACCAACCATGGAGCATTTGACTTGTATTATAGACATGTTAGGGCGAGCTAATAGTTTGAAAGACGCGTATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

172 aa · TkA05G032350|TK1151|PROTEIN

MIAAYGMNGQGSESCKLFTKMQENGYTPDAITFTSLLSACSHCGLIEEGCKFFELMITKYKIRPTMEHLTCIIDMLGRANSLKDAYDLMKNGIYEKPVLGALLSACRNNMDMEVGEVVGRKLLEMESGSFEYNSLLSNLYSLNKKWDEVMEIRRVFEDGKVVKKVGLSCLSS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G032350`
TK1151 ID	TkA05G032350
OH-1004 ID	LXL04_019232
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	96.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 21.995 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G032350

位置 Chr05:8740025-8740710 (-)

描述 Similar to PCMP-E36: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21300

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g49142`	推定含五重复肽的蛋白质 At3g49142。	暂无已核实直接文献
`At5g39350`	含五肽重复的蛋白 At5g39350。	暂无已核实直接文献
`At4g18750`	在叶绿体中的单 RNA 编辑事件中发挥重要作用。	Identification of two pentatricopeptide repeat genes required for RNA editing and zinc binding by C-terminal cytidine deaminase-like domains.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.485755
`At5g40410`	含五重复肽的蛋白 At5g40410，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At4g33990`	含五肽重复的蛋白At4g33990。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019232 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G03580

ath:AT4G21300

ath:AT4G33990

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.716

排名 1 · TkA05G032350 · TK1151

质体0.132

排名 2 · TkA05G032350 · TK1151

细胞核0.041

排名 3 · TkA05G032350 · TK1151

细胞质0.035

排名 4 · TkA05G032350 · TK1151

细胞膜0.006

排名 5 · TkA05G032350 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01535PPR1-25 aa

PF13041PPR_21-41 aa

PF12854PPR_12-22 aa

PF23276TPR_244-87 aa

PF12921ATP135-61 aa

PF29070MSC6_N8-91 aa

PF13812PPR_316-77 aa

PF12854PPR_124-56 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G032350	`PF01535`	PPR	1	25	1.5e-13	50.6
TkA05G032350	`PF13041`	PPR_2	1	41	3.3e-13	50.2
TkA05G032350	`PF12854`	PPR_1	2	22	1.5e-08	35.0
TkA05G032350	`PF23276`	TPR_24	4	87	0.028	15.0
TkA05G032350	`PF12921`	ATP13	5	61	0.013	16.1
TkA05G032350	`PF29070`	MSC6_N	8	91	0.0042	17.0
TkA05G032350	`PF13812`	PPR_3	16	77	1e-05	26.2
TkA05G032350	`PF12854`	PPR_1	24	56	1.5e-08	35.0
TkA05G032350	`PF01535`	PPR	31	58	1.5e-13	50.6
TkA05G032350	`PF13041`	PPR_2	34	58	3.3e-13	50.2
TkA05G032350	`PF12921`	ATP13	62	90	0.013	16.1
TkA05G032350	`PF12854`	PPR_1	64	89	1.5e-08	35.0
TkA05G032350	`PF01535`	PPR	70	90	1.5e-13	50.6
TkA05G032350	`PF13041`	PPR_2	70	90	3.3e-13	50.2
TkA05G032350	`PF01535`	PPR	101	116	1.5e-13	50.6
TkA05G032350	`PF13812`	PPR_3	101	111	1e-05	26.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P0C899`	拟南芥	sp\|P0C899\|PP271_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49142	42.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FLZ9`	拟南芥	sp\|Q9FLZ9\|PP405_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39350	39.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SN39`	拟南芥	sp\|Q9SN39\|PP320_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein DOT4, chloroplastic	42.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FND6`	拟南芥	sp\|Q9FND6\|PP411_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g40410, mitochondrial	40.600%	Swiss-Prot	中等置信
`O81767`	拟南芥	sp\|O81767\|PP348_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g33990	42.000%	Swiss-Prot	中等置信

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