TkA05G029920 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G029920

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 8071723-8076493 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2883 bp · TkA05G029920|TK1151|cDNA

ATGTTAGATGCAAATAATGAGCTGGTTAAATGTTACAGGATGGTCAGAGATTGTTTTCATGCAAATCCTCATATTAACCTTAAGTTGCGCCTGATAGGAAAAAGAACCAAAGATGGCAAGACATATAATCTTCCAACTGCGTCTGAAGTAGTTGCTTTAATTGTTGGAGACATCGGTGAAGCGTTTGAAAATCGAGATATCGTTGTCGAAACTTCGTCTGGTTCACTTCAACATGGTGATGATGGTTACAGAGTTGACAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2883 bp · TkA05G029920|TK1151|CDS

ATGTTAGATGCAAATAATGAGCTGGTTAAATGTTACAGGATGGTCAGAGATTGTTTTCATGCAAATCCTCATATTAACCTTAAGTTGCGCCTGATAGGAAAAAGAACCAAAGATGGCAAGACATATAATCTTCCAACTGCGTCTGAAGTAGTTGCTTTAATTGTTGGAGACATCGGTGAAGCGTTTGAAAATCGAGATATCGTTGTCGAAACTTCGTCTGGTTCACTTCAACATGGTGATGATGGTTACAGAGTTGACAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

960 aa · TkA05G029920|TK1151|PROTEIN

MLDANNELVKCYRMVRDCFHANPHINLKLRLIGKRTKDGKTYNLPTASEVVALIVGDIGEAFENRDIVVETSSGSLQHGDDGYRVDILHRGITSSSNSKRPNCTMREFFAYRIQDRDGPFSLIHNSRRLFQQFLVDAYTMIEKGKNVGNTSISEVGQKMIVAPSFTGGACYMQQNYLDAMSLCKWLFKLKLDALMKDLKEKALFGKVQAVDADGFPVYRRQDDGSYVEKSNVNLDNRNGPDRATVSVVQTNNEGEDNESV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G029920`
TK1151 ID	TkA05G029920
OH-1004 ID	LXL04_005692
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	50.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 91.146 / OH-1004 73.640 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA05G029920`
位置	Chr05:8071723-8076493 (+)
描述	Similar to pif1: ATP-dependent DNA helicase pif1 (Bdellovibrio bacteriovorus (strain ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_005692` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000723 telomere maintenance 生物过程 GO:0001117 protein-DNA-RNA complex disassembly 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0032211 negative regulation of telomere maintenance via telomerase 生物过程 GO:0051276 chromosome organization 生物过程 GO:0000781 chromosome, telomeric region 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0031981 nuclear lumen 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	bba:Bd3546 cje:Cj0945c rno:367645 tbr:Tb11.01.6420 xla:734585 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.898

排名 1 · TkA05G029920 · TK1151

细胞质0.162

排名 2 · TkA05G029920 · TK1151

线粒体0.038

排名 3 · TkA05G029920 · TK1151

细胞膜0.013

排名 4 · TkA05G029920 · TK1151

细胞外0.008

排名 5 · TkA05G029920 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14214Helitron_like_N108-143 aa

PF14214Helitron_like_N153-184 aa

PF14214Helitron_like_N183-209 aa

PF25199nSTAND_NTPase5476-533 aa

PF05970PIF1477-697 aa

PF13604AAA_30477-599 aa

PF13191AAA_16483-526 aa

PF10923BrxC_BrxD486-534 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G029920	`PF14214`	Helitron_like_N	108	143	6.4e-08	33.7
TkA05G029920	`PF14214`	Helitron_like_N	153	184	6.4e-08	33.7
TkA05G029920	`PF14214`	Helitron_like_N	183	209	6.4e-08	33.7
TkA05G029920	`PF25199`	nSTAND_NTPase5	476	533	0.072	13.6
TkA05G029920	`PF05970`	PIF1	477	697	1.4e-93	313.3
TkA05G029920	`PF13604`	AAA_30	477	599	9.1e-06	26.3
TkA05G029920	`PF13191`	AAA_16	483	526	0.0079	17.4
TkA05G029920	`PF10923`	BrxC_BrxD	486	534	0.2	11.3
TkA05G029920	`PF07693`	KAP_NTPase	486	558	0.21	11.5
TkA05G029920	`PF13481`	AAA_25	495	542	0.0031	17.9
TkA05G029920	`PF13245`	AAA_19	496	631	0.049	14.5
TkA05G029920	`PF13401`	AAA_22	496	604	0.16	13.0
TkA05G029920	`PF09848`	SLFN-g3_helicase	499	676	0.18	11.8
TkA05G029920	`PF07728`	AAA_5	501	533	0.065	13.9
TkA05G029920	`PF05127`	NAT10_TcmA_helicase	502	519	0.22	12.1
TkA05G029920	`PF05127`	NAT10_TcmA_helicase	526	602	0.22	12.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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