TkA05G025850 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G025850

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 7031082-7035362 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1512 bp · TkA05G025850|TK1151|cDNA

ATGCATCCAGAAGTCCTTCAATCATATTTTCAAGAAGACCTTGATCAATCTCAAATCTATGGTCTAAAATACGCATGTGAAGACCATGACTTCTACTCCTCAATCACAACCCCTGAGGACTCCTCCGTGATCACCTCAGACTCACACTTTCATGCCATATCACCATGTAATTTTGGTGTGTTACCTGATTTAGCTGATGAGATGCAAGTAGTATTTCCTATCGAGAATATTGCGCAACATATGGAAGGGATTGAAGGAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1512 bp · TkA05G025850|TK1151|CDS

ATGCATCCAGAAGTCCTTCAATCATATTTTCAAGAAGACCTTGATCAATCTCAAATCTATGGTCTAAAATACGCATGTGAAGACCATGACTTCTACTCCTCAATCACAACCCCTGAGGACTCCTCCGTGATCACCTCAGACTCACACTTTCATGCCATATCACCATGTAATTTTGGTGTGTTACCTGATTTAGCTGATGAGATGCAAGTAGTATTTCCTATCGAGAATATTGCGCAACATATGGAAGGGATTGAAGGAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

503 aa · TkA05G025850|TK1151|PROTEIN

MHPEVLQSYFQEDLDQSQIYGLKYACEDHDFYSSITTPEDSSVITSDSHFHAISPCNFGVLPDLADEMQVVFPIENIAQHMEGIEGISGTELEDVLRWWGESEEMDYNSQEISMVNEGVCSSPFMKSSDDIKMVLPLDDDMEVEGEKSLYHLLNAYGEAMEMGQRDLANVITECINEKASPLGGTMERVAFNLFHSGTQCDYIKHESMKNFKSAFEAFYEIFPYGRFSHFAANSAILEAIMSSDSQKVHIIDFDIGEGVQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G025850`
TK1151 ID	TkA05G025850
OH-1004 ID	LXL04_019174
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	86.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 46.941 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G025850

位置 Chr05:7031082-7035362 (+)

描述 Similar to NSP2: Protein NODULATION SIGNALING PATHWAY 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g66770`	可能参与植物发育的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At4g08250`	可能参与植物发育的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0127800`	可能正向调控油菜素甾醇（BR）信号转导的转录因子。	SMALL ORGAN SIZE 1 and SMALL ORGAN SIZE 2/DWARF AND LOW-TILLERING Form a Complex to Integrate Auxin and Brassinosteroid Signaling in Rice.2017 · DOI: 10.1016/j.molp.2016.12.013

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019174 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009610 response to symbiotic fungus 生物过程

GO:0009877 nodulation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0031965 nuclear membrane 细胞组分

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0043565 sequence-specific DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G66770

mtr:11406790

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.839

排名 1 · TkA05G025850 · TK1151

细胞质0.241

排名 2 · TkA05G025850 · TK1151

细胞膜0.041

排名 3 · TkA05G025850 · TK1151

内质网0.031

排名 4 · TkA05G025850 · TK1151

质体0.025

排名 5 · TkA05G025850 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21616Topo-V_HhH_2_2nd59-101 aa

PF03514GRAS150-503 aa

PF11568Med29189-221 aa

PF20362DUF6657362-418 aa

PF11568Med29377-407 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G025850	`PF21616`	Topo-V_HhH_2_2nd	59	101	0.26	12.0
TkA05G025850	`PF03514`	GRAS	150	503	4e-46	158.4
TkA05G025850	`PF11568`	Med29	189	221	0.073	14.0
TkA05G025850	`PF20362`	DUF6657	362	418	0.026	15.0
TkA05G025850	`PF11568`	Med29	377	407	0.073	14.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FL03`	拟南芥	sp\|Q9FL03\|SCL4_ARATH Scarecrow-like protein 4	29.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SUF5`	拟南芥	sp\|Q9SUF5\|SCL26_ARATH Scarecrow-like protein 26	25.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LWU9`	水稻	sp\|Q9LWU9\|DLT_ORYSJ Protein DWARF AND LOW-TILLERING	23.800%	Swiss-Prot	低置信

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