TkA05G020460 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G020460

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 5597458-5602021 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3200 bp · TkA05G020460|TK1151|cDNA

ATAAGATGTATGATTTCCTTCATTAGCTTCTCGTTCTCTTACCAAACTCAAAGGGTGCGATTAAATCCGCTAATGGAGGGTCTTCTGTAACTCCAATTGAGGTCTTATAGACACTGCTGCTGTCGTCGTCCCTCACGGATCATCGCTACTACTTGCGAAAATCTCTGTTACAAAGAAGATTCCCTAGGGTTTATTCATATGTACATCTGATCCACCATTCTTCTGCGCTTTCTCTCATTTCTCATACTTCATCTTGTAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2592 bp · TkA05G020460|TK1151|CDS

ATGAAAATTAGGGTTTTATATCTTTTACTTGTATTCTCTATATCATTGGGTCTCATCCATGGAGAAGAAGAGAAGGCGAACAAGTTTCGTGACCGCGAGGCCACGGACGATAGCTTGGGCTATCCCAATTTCGATGAGGATGAACTGTTGAATAAACAATGCCCTCAGAATTTGGAGCTAAGATGGCAGACTGAAGTTAGTTCTAGCATATATGCAACACCATTGATTGCTGACATTAACAGTGATGGCAAGCTTGATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

863 aa · TkA05G020460|TK1151|PROTEIN

MKIRVLYLLLVFSISLGLIHGEEEKANKFRDREATDDSLGYPNFDEDELLNKQCPQNLELRWQTEVSSSIYATPLIADINSDGKLDVVVPSFVHYLEVLEGSDGDKMPGWPAFHQSTVHASPLLYDIDKDGVREIALATYNGEVLFFRSSGYMMSDKLEVPRLKVKRDWYVGLHPEVVDRSNPDVHDDLLTQQAAAFHSKESNHTSDADVADIKADVAEIKADVADIKVKQNETQQNPEPPKTTSSEEHSGSPLNPSDAQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G020460`
TK1151 ID	TkA05G020460
OH-1004 ID	LXL04_019124
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G020460

位置 Chr05:5597458-5602021 (+)

描述 Similar to DEX1: Protein DEFECTIVE IN EXINE FORMATION 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g09090`	在花粉发育过程中，特别是在原壁层沉积中，对于外壁花纹形成是必需的。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019124 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010208 pollen wall assembly 生物过程

GO:0010584 pollen exine formation 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0000137 Golgi cis cisterna 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G09090

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.616

排名 1 · TkA05G020460 · TK1151

高尔基体0.356

排名 2 · TkA05G020460 · TK1151

细胞质0.164

排名 3 · TkA05G020460 · TK1151

细胞膜0.083

排名 4 · TkA05G020460 · TK1151

细胞核0.082

排名 5 · TkA05G020460 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23727Beta-prop_FAM234A_B56-90 aa

PF15907Itfg257-89 aa

PF13570Beta-prop_ACSF459-155 aa

PF13360PQQ_259-78 aa

PF25292Beta-prop_CGLA60-97 aa

PF23167DUF705764-89 aa

PF13517FG-GAP_367-89 aa

PF01839FG-GAP75-89 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G020460	`PF23727`	Beta-prop_FAM234A_B	56	90	0.0021	17.4
TkA05G020460	`PF15907`	Itfg2	57	89	0.0038	17.3
TkA05G020460	`PF13570`	Beta-prop_ACSF4	59	155	5.4e-11	43.1
TkA05G020460	`PF13360`	PQQ_2	59	78	0.091	13.1
TkA05G020460	`PF25292`	Beta-prop_CGLA	60	97	5.4e-09	36.7
TkA05G020460	`PF23167`	DUF7057	64	89	0.047	14.5
TkA05G020460	`PF13517`	FG-GAP_3	67	89	3.8e-17	63.4
TkA05G020460	`PF01839`	FG-GAP	75	89	3.5e-16	59.4
TkA05G020460	`PF13517`	FG-GAP_3	78	136	3.8e-17	63.4
TkA05G020460	`PF30693`	KPTN	115	151	0.0029	17.2
TkA05G020460	`PF23727`	Beta-prop_FAM234A_B	121	143	0.0021	17.4
TkA05G020460	`PF01839`	FG-GAP	122	142	3.5e-16	59.4
TkA05G020460	`PF15907`	Itfg2	123	152	0.0038	17.3
TkA05G020460	`PF14783`	BBS2_Mid	124	144	0.0014	19.4
TkA05G020460	`PF25292`	Beta-prop_CGLA	125	151	5.4e-09	36.7
TkA05G020460	`PF13517`	FG-GAP_3	126	150	3.8e-17	63.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IYM4`	拟南芥	sp\|F4IYM4\|DEX1_ARATH Protein DEFECTIVE IN EXINE FORMATION 1	69.400%	Swiss-Prot	高置信

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