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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G016140
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 4559822-4563287 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3116 bp · TkA05G016140|TK1151|cDNA

AAAACAAAGAGTTTAAAGGGGTCTTTATGCATGTGCACTAAAGTATAGATGCTATTTTAGTAGTATTTTACTTGCATTTGAACGGCGATTACATGAAAGTATGAAGCTACTTCTCTCCGCTCAAACTCGGAAGTAATATTGGCGCCAGGAATGAAAATCGCCGAGATCTCTTCGCCGGATCTCCGCCAGACGCAGTCACAGGATCCGAAATCAGATGTACTTTGCAAACTAGATGCATTAACAACTGAACTCGAACGCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2805 bp · TkA05G016140|TK1151|CDS

ATGAAAATCGCCGAGATCTCTTCGCCGGATCTCCGCCAGACGCAGTCACAGGATCCGAAATCAGATGTACTTTGCAAACTAGATGCATTAACAACTGAACTCGAACGCCACTCGGCGGAGTCTCCTTTGAAGGAGTCTGTCCCCGCTGCTCTCCGCCACGGACTGAATCAACTAACTTCACTCGCACCATTCCAGAACTCCGTGAAGCTGCAGATATGGAAGTTGAGTTACCGTTTATGGAACGCATGCGTTGATCTCTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

934 aa · TkA05G016140|TK1151|PROTEIN

MKIAEISSPDLRQTQSQDPKSDVLCKLDALTTELERHSAESPLKESVPAALRHGLNQLTSLAPFQNSVKLQIWKLSYRLWNACVDLFNFVRSSSSKITEEHAKLRQCCADLLFLAIDVSGVPSPYFKCASFFYKTGIIWHELRKYDLASNCFEKATDLTSKVEITNVSDRDERRLLLDLNIARSKTAWEVSDRNLAINLLNRSKRVLFGIGENYMALANQYTNFGKLLLSKNEVSAVNEALKLMNEALELCEQGLRNVKK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G016140
TK1151 IDTkA05G016140
OH-1004 IDLXL04_019069
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)96.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G016140
位置Chr05:4559822-4563287 (-)
描述Similar to ZIP4: TPR repeat-containing protein ZIP4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g48390 减数分裂染色体分离所需。
Zip4/Spo22 is required for class I CO formation but not for synapsis completion in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1371/journal.pgen.0030083
Homologous chromosome pairing is completed in crossover defective atzip4 mutant.2008 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2008.03.036

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0890900 需要形成交叉互换、同源染色体的完整联会以及减数分裂期间二价体的形成。
ZIP4 in homologous chromosome synapsis and crossover formation in rice meiosis.2012 · DOI: 10.1242/jcs.090993
UniProt: A2WXU2 需要形成交叉互换、同源染色体的完整联会以及减数分裂期间二价体的形成。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019069 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000712 resolution of meiotic recombination intermediates 生物过程
GO:0006311 meiotic gene conversion 生物过程
GO:0007060 male meiosis chromosome segregation 生物过程
GO:0007129 homologous chromosome pairing at meiosis 生物过程
GO:0007130 synaptonemal complex assembly 生物过程
GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程
GO:0007140 male meiotic nuclear division 生物过程
GO:0007143 female meiotic nuclear division 生物过程
GO:0071139 resolution of DNA recombination intermediates 生物过程
GO:0090173 regulation of synaptonemal complex assembly 生物过程
GO:0000801 central element 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G48390
dosa:Os01g0890800
dosa:Os01g0890900
hsa:56159
osa:4324913
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.757
排名 1 · TkA05G016140 · TK1151
细胞质0.269
排名 2 · TkA05G016140 · TK1151
线粒体0.037
排名 3 · TkA05G016140 · TK1151
细胞膜0.027
排名 4 · TkA05G016140 · TK1151
内质网0.022
排名 5 · TkA05G016140 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04212MIT76-109 aa
PF08631SPO22125-174 aa
PF23300HEAT_Nup120129-178 aa
PF07719TPR_2131-158 aa
PF00515TPR_1132-157 aa
PF13181TPR_8140-159 aa
PF13424TPR_12141-158 aa
PF04212MIT144-161 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G016140PF04212MIT761093.38.6
TkA05G016140PF08631SPO221251742.3e-41142.8
TkA05G016140PF23300HEAT_Nup1201291780.1412.7
TkA05G016140PF07719TPR_21311582.3e-1040.5
TkA05G016140PF00515TPR_11321570.0001222.5
TkA05G016140PF13181TPR_81401590.003818.0
TkA05G016140PF13424TPR_121411580.0002322.0
TkA05G016140PF04212MIT1441613.38.6
TkA05G016140PF08631SPO221864592.3e-41142.8
TkA05G016140PF04212MIT2372643.38.6
TkA05G016140PF07719TPR_22382522.3e-1040.5
TkA05G016140PF13424TPR_122382520.0002322.0
TkA05G016140PF13181TPR_82382520.003818.0
TkA05G016140PF13424TPR_122392530.0002322.0
TkA05G016140PF00515TPR_12412550.0001222.5
TkA05G016140PF12895ANAPC32793320.0001123.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
B0M1H3拟南芥sp|B0M1H3|ZIP4L_ARATH TPR repeat-containing protein ZIP456.000%Swiss-Prot高置信
Q5N829水稻sp|Q5N829|ZIP4L_ORYSJ TPR repeat-containing protein ZIP442.800%Swiss-Prot中等置信
A2WXU2水稻sp|A2WXU2|ZIP4L_ORYSI TPR repeat-containing protein ZIP442.600%Swiss-Prot中等置信

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