TkA05G006760 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G006760

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 1995125-2002225 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2980 bp · TkA05G006760|TK1151|cDNA

AAAGAATTACGAAAGAGCCCACACAAAACCTGAAGAGGGAGAAGAGGAGCCCATTTCTGATTAACAAGTGTGAAGGTACGCGTAAGAGGCCCCATTAAATCTAAGGGCGAATCCGCACCAGCACATAGCCATCGATAAACACAACCATGGTGTCATAGAGACGATGCTATCCTACGCCCATATGTACCTTACACCGTCTTTCCATGCGCCACACAGACACACACACATCGACCGCAAACCCCCTTCGACTTACCGACCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2124 bp · TkA05G006760|TK1151|CDS

ATGCCGGATTTGAGACGTGGAGTTCGCCAGGCCAAAAAAGCTAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAACAACAATACCAATAATGACAATAATGCCCCTGTTGTAGCTCCAACACCGCGACGTGGGACCCGGCGAGGGAAAGCTCAGGCAGCACCTGCTGGTCAAGTGGCCCCCGCATACCCGTACCCGATGCCTAGGCCAGCTGGCAGAGGACGTGGGGCCCGACAAGCAGAGGATAAAAACCCTGAACTGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

707 aa · TkA05G006760|TK1151|PROTEIN

MPDLRRGVRQAKKANNNNNNNNNNNNNTNNDNNAPVVAPTPRRGTRRGKAQAAPAGQVAPAYPYPMPRPAGRGRGARQAEDKNPELFGGGVGVGRGAHLNLDVGVCNNNNPLVVGKSAEKLAADAEDEGSTSPLPERVQVGNSPAYKLERKLGKGGFGQVYVGRRVSGGSGNSGPDALEVALKLEHRNGKGCSYGPPYEWQVYSTLNGCYGVPMVHHKGRQGDYYILVMDKLGPSLWDVWNSSNQILSEEMVACIAVEAL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G006760`
TK1151 ID	TkA05G006760
OH-1004 ID	LXL04_018972
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 86.846 / OH-1004 85.139 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G006760

位置 Chr05:1995125-2002225 (-)

描述 Similar to HD16: Casein kinase 1-like protein HD16

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g28540`	酪蛋白激酶在操作上通过其优先利用酸性蛋白（例如酪蛋白）作为底物来定义。	Arabidopsis casein kinase 1-like 6 contains a microtubule-binding domain and affects the organization of cortical microtubules,2008 · DOI: 10.1104/pp.108.129346 Versatile casein kinase 1: multiple locations and functions.2009 · DOI: 10.1104/pp.108.129346
`At1g03930`	酪蛋白激酶在操作上通过其优先利用酸性蛋白（例如酪蛋白）作为底物来定义。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0793500`	酪蛋白激酶在操作上通过其优先利用酸性蛋白（例如酪蛋白）作为底物来定义。	Hd16, a gene for casein kinase I, is involved in the control of rice flowering time by modulating the day-length response.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12268

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018972 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0006897 endocytosis 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010476 gibberellin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016055 Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0018105 peptidyl-serine phosphorylation 生物过程

GO:0032436 positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0045104 intermediate filament cytoskeleton organization 生物过程

GO:0048586 regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

KEGG 基因交叉引用

bta:282684

cel:CELE_C03C10.1

dosa:Os03g0793500

ocu:100009227

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.457

排名 1 · TkA05G006760 · TK1151

细胞核0.394

排名 2 · TkA05G006760 · TK1151

细胞膜0.134

排名 3 · TkA05G006760 · TK1151

内质网0.076

排名 4 · TkA05G006760 · TK1151

细胞外0.062

排名 5 · TkA05G006760 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069Pkinase146-378 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr147-309 aa

PF03109ABC1233-306 aa

PF17667Pkinase_fungal249-355 aa

PF06293Kdo259-300 aa

PF19974TCAD9259-298 aa

PF19974TCAD9314-350 aa

PF24289DUF7477440-707 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G006760	`PF00069`	Pkinase	146	378	1.9e-16	61.0
TkA05G006760	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	147	309	2.5e-05	24.5
TkA05G006760	`PF03109`	ABC1	233	306	0.0076	16.2
TkA05G006760	`PF17667`	Pkinase_fungal	249	355	4.8e-07	29.6
TkA05G006760	`PF06293`	Kdo	259	300	0.0066	16.6
TkA05G006760	`PF19974`	TCAD9	259	298	0.25	11.2
TkA05G006760	`PF19974`	TCAD9	314	350	0.25	11.2
TkA05G006760	`PF24289`	DUF7477	440	707	3.3e-156	519.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LPJ1`	拟南芥	sp\|Q8LPJ1\|CKL6_ARATH Casein kinase 1-like protein 6	41.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q9ZWB3`	拟南芥	sp\|Q9ZWB3\|CKL9_ARATH Casein kinase 1-like protein 9	41.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q852L0`	水稻	sp\|Q852L0\|HD16N_ORYSJ Casein kinase 1-like protein HD16	74.900%	Swiss-Prot	高置信

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