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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G005520
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 1642563-1645199 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1967 bp · TkA05G005520|TK1151|cDNA

CCAGACTCCAGAGTCGGACTCCTCCGATCAAATTTGTTTTAGTGGTCCTGAGTGGCATAAACCTCGGTAGGCTATTGCGAGGAGGCAATCAGCAGGGCAAAGCGAGGCACTGAGAATGGTAGTTCGATGCAAGTTTTGGCTGGTAAAGAAGAAGAGATTTTGTGCAATCCCGCCGCTCCCCGATTCCGAGTTTTGTGGCAACCACTCTACAAGGCCGGATGACAAGTGGATTCTGTGCTCGATAGATCCCTCCCACTCTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1275 bp · TkA05G005520|TK1151|CDS

ATGGTAGTTCGATGCAAGTTTTGGCTGGTAAAGAAGAAGAGATTTTGTGCAATCCCGCCGCTCCCCGATTCCGAGTTTTGTGGCAACCACTCTACAAGGCCGGATGACAAGTGGATTCTGTGCTCGATAGATCCCTCCCACTCTGTACTGGAATCCAACCTCGAGAACCACCTTAGACGGTGTCCGTTGCTCAAACATAACAACTCGCTGTCCCTCCAATCTTTCTACCAAAAGGGCATTAATGGAGGCGATGAAGAAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

424 aa · TkA05G005520|TK1151|PROTEIN

MVVRCKFWLVKKKRFCAIPPLPDSEFCGNHSTRPDDKWILCSIDPSHSVLESNLENHLRRCPLLKHNNSLSLQSFYQKGINGGDEEDEDVSSESKRMAVHTIAAPDLIKLFRKIKSVHALICKNIQDSYNVPQACRMWIDRSVDWKTPFQEKHVIQQASILGNLEKLGALKSSSSSSSSVGEGEQLAVVEFGAGRGYLTQMLADCYGVSKVFLIERKSYKLKADRSLRQKESLTLERLRIDIEDLDLNAIESLQGVPYLA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G005520
TK1151 IDTkA05G005520
OH-1004 IDLXL04_018961
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 85.743
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G005520
位置Chr05:1642563-1645199 (-)
描述Similar to TRM13: tRNA:m(4)X modification enzyme TRM13
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0833200 tRNA甲基转移酶，在体外催化tRNA(Gly)(GCC)上的2'-O-甲基腺苷(Am)的形成。
The 2'-O-methyladenosine nucleoside modification gene OsTRM13 positively regulates salt stress tolerance in rice.2017 · DOI: 10.1093/jxb/erx061
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018961 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0002128 tRNA nucleoside ribose methylation 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0030488 tRNA methylation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0008175 tRNA methyltransferase activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0106050 tRNA 2'-O-methyltransferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
dosa:Os03g0833200
hsa:54482
kla:KLLA0_E07547g
mmu:229780
vpo:Kpol_1076p3
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.701
排名 1 · TkA05G005520 · TK1151
细胞质0.332
排名 2 · TkA05G005520 · TK1151
线粒体0.051
排名 3 · TkA05G005520 · TK1151
细胞膜0.037
排名 4 · TkA05G005520 · TK1151
内质网0.029
排名 5 · TkA05G005520 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11722zf-TRM13_CCCH4-30 aa
PF08242Methyltransf_1239-63 aa
PF05253zf-U11-48K40-62 aa
PF13649Methyltransf_2598-117 aa
PF05253zf-U11-48K99-104 aa
PF05253zf-U11-48K148-156 aa
PF05206TRM13155-422 aa
PF13679Methyltransf_32180-301 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G005520PF11722zf-TRM13_CCCH4303.2e-1349.7
TkA05G005520PF08242Methyltransf_1239630.01117.1
TkA05G005520PF05253zf-U11-48K40628.2e-0626.3
TkA05G005520PF13649Methyltransf_25981170.005218.2
TkA05G005520PF05253zf-U11-48K991048.2e-0626.3
TkA05G005520PF05253zf-U11-48K1481568.2e-0626.3
TkA05G005520PF05206TRM131554225.6e-80269.3
TkA05G005520PF13679Methyltransf_321803011.4e-0835.5
TkA05G005520PF13847Methyltransf_311853090.004717.4
TkA05G005520PF13649Methyltransf_251882470.005218.2
TkA05G005520PF08242Methyltransf_121892470.01117.1
TkA05G005520PF08241Methyltransf_111902480.2712.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q10B19水稻sp|Q10B19|TRM13_ORYSJ tRNA:m(4)X modification enzyme TRM1350.700%Swiss-Prot中等置信

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