TkA05G005070 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G005070

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 1491303-1497259 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3113 bp · TkA05G005070|TK1151|cDNA

TTTACCTATTCAACCCATCGACGCCTTATTAACTTTTCAACATCTCCCGGTTACTCCTCCTTATCTGTCGATCTGCCCCTCACCATTACTCCCCAGTCCCCTCGTCGCCATAACGCCTCTCCCATCGATTTGGACCAAGCTGTCGATTTTGCTCCCAACCCTAATTCTTCTTCGTTCACATTCACAGTTAGGGTTTACCCCTGTCGTCAAATTAACGACTTTAAGGTATCTCTCTCTCTTCATATCTTAGAGTTCTTTAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2253 bp · TkA05G005070|TK1151|CDS

ATGGCGGTAGACGATGTCCCGTTGGATGATAAGGTAAAGAGAACGAGAGATCTGCTATCGAGTTTCTACTCACAGGATGCTGCTCAGACTTCTGCTCCCGCCAATACTACATCAAGATTCGCAACTCTTGACACTATCAACACCACATCCTTCGATGCCGATCAGTACATGAATCTTCTTGTACAAAAGTCAAATCTGGAGGGCCTCCTTCAGAGACACGTTGAAATGGCTGCTGAAATCAAGAATCTTGACACTGACTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

750 aa · TkA05G005070|TK1151|PROTEIN

MAVDDVPLDDKVKRTRDLLSSFYSQDAAQTSAPANTTSRFATLDTINTTSFDADQYMNLLVQKSNLEGLLQRHVEMAAEIKNLDTDLQMLVYENYNKFISATDTIKRMKNNIVGMEVNMEQLLEKIMSVQSRSDGVNTLLFEKREHIEKLHRTRNLLRKVQFIYDLPTTLGKCIKSEAYSDAVRFYTGAMPIFKAYGDSSFQDCKKASEEVISVIINKLQEKVSSDSESIQARAEAVMLLKQLDFPVESLKSKLLENLQQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G005070`
TK1151 ID	TkA05G005070
OH-1004 ID	LXL04_018944
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	77.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 87.600 / OH-1004 47.937 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G005070

位置 Chr05:1491303-1497259 (-)

描述 Similar to MCM7: DNA replication licensing factor MCM7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02030`	作为GARP复合体的一个组成部分，参与从早期和晚期内体到反式高尔基体网络（TGN）的逆行转运。	Arabidopsis UNHINGED encodes a VPS51 homolog and reveals a role for the GARP complex in leaf shape and vein patterning.2014 · DOI: 10.1242/dev.099333

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018944 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000727 double-strand break repair via break-induced replication 生物过程

GO:0006270 DNA replication initiation 生物过程

GO:0006271 DNA strand elongation involved in DNA replication 生物过程

GO:0006279 premeiotic DNA replication 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程

GO:0030174 regulation of DNA-templated DNA replication initiation 生物过程

GO:0044786 cell cycle DNA replication 生物过程

GO:0090329 regulation of DNA-templated DNA replication 生物过程

GO:1902975 mitotic DNA replication initiation 生物过程

GO:0000347 THO complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G02060

dosa:Os12g0560700

spo:2540630

xtr:407945

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.538

排名 1 · TkA05G005070 · TK1151

细胞质0.514

排名 2 · TkA05G005070 · TK1151

内质网0.126

排名 3 · TkA05G005070 · TK1151

细胞核0.101

排名 4 · TkA05G005070 · TK1151

细胞膜0.089

排名 5 · TkA05G005070 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15469Sec546-259 aa

PF08700VPS51_Exo84_N47-131 aa

PF10392COG5_N49-164 aa

PF06148COG2_N49-113 aa

PF04124Dor163-343 aa

PF20651EXOC6_Sec15_N78-184 aa

PF15469Sec5198-327 aa

PF20651EXOC6_Sec15_N212-251 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G005070	`PF15469`	Sec5	46	259	2.9e-15	56.2
TkA05G005070	`PF08700`	VPS51_Exo84_N	47	131	4.2e-22	78.7
TkA05G005070	`PF10392`	COG5_N	49	164	0.0015	19.5
TkA05G005070	`PF06148`	COG2_N	49	113	0.012	16.4
TkA05G005070	`PF04124`	Dor1	63	343	1.1e-09	38.4
TkA05G005070	`PF20651`	EXOC6_Sec15_N	78	184	0.00029	21.5
TkA05G005070	`PF15469`	Sec5	198	327	2.9e-15	56.2
TkA05G005070	`PF20651`	EXOC6_Sec15_N	212	251	0.00029	21.5
TkA05G005070	`PF10392`	COG5_N	215	237	0.0015	19.5
TkA05G005070	`PF27202`	Flk_N	308	330	0.36	11.8
TkA05G005070	`PF15469`	Sec5	520	591	2.9e-15	56.2
TkA05G005070	`PF04124`	Dor1	616	672	1.1e-09	38.4
TkA05G005070	`PF10392`	COG5_N	635	643	0.0015	19.5
TkA05G005070	`PF06148`	COG2_N	650	675	0.012	16.4
TkA05G005070	`PF15469`	Sec5	656	705	2.9e-15	56.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WQ75`	拟南芥	sp\|Q0WQ75\|VPS51_ARATH Vacuolar protein sorting-associated protein 51 homolog	61.300%	Swiss-Prot	高置信

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