TkA04G513400 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G513400

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 129695055-129701806 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2935 bp · TkA04G513400|TK1151|cDNA

GTAGATTTTAGAACTATTTTAAAGAAATATGCTCCTCCAAATTCTCCATTGATTAATAATAAGTTTCTTACCCAAAATAAATCGTGAAGGACATGCTCCTCCAGATTCAAAAGAAATATGCTTCTCCAAATTCTCCATTGAATACGTACAAAACTACTTTTCCATTTCCTCCAATTGGAGTATTTGATTGATAGTGTGGTTGATTGAACGAAGCGGCCGGGAAATCGTCTTGACGGGTTGGGTAAGAACGTGTCCGTGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2034 bp · TkA04G513400|TK1151|CDS

ATGGGAATTTGGAGTAGGTTCGGAACAGCGATTACAAGTATCTGCACATGTGGAGGAGGGAAACTCCAACACCACGAGGGACTTGGACCAATGTCTTGTATGGGTGTACGGTTACGGATTCAAGATCACCATGTGGTGATTGATAATGGCATACTGCAACTAACATTATCGAAACCAGACGGCCTTGTGACTGGGATACGATACAATTGCCTTGACAATCTTCTCGAGGTTCAAAATCACGAAGGGAACAGAGGGTATTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

677 aa · TkA04G513400|TK1151|PROTEIN

MGIWSRFGTAITSICTCGGGKLQHHEGLGPMSCMGVRLRIQDHHVVIDNGILQLTLSKPDGLVTGIRYNCLDNLLEVQNHEGNRGYWDVVWSALDDSGRKGVFEVIKGTRFKVIVETEEQVEVSFSRTWEPCLKGKLAPINIDKRFVVLGGSSGFYSYAIYEHLGSEEWQAFSLGETRIAFKLRKDKFHYMAVSDDRRRYMPMPEDRLPGRAQPLAYQEAVSLLNPLVPQFRGEVDDKYQYTCENRNLMVHGWISNDQSP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G513400`
TK1151 ID	TkA04G513400
OH-1004 ID	LXL04_039182
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	87.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G513400`
位置	Chr04:129695055-129701806 (-)
描述	Similar to rhiE: Rhamnogalacturonate lyase (Dickeya dadantii (strain 3937)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_039182` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000272 polysaccharide catabolic process 生物过程 GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程 GO:0045490 pectin catabolic process 生物过程 GO:0071555 cell wall organization 生物过程 GO:0005576 extracellular region 细胞组分 GO:0016837 carbon-oxygen lyase activity, acting on polysaccharides 分子功能 GO:0030246 carbohydrate binding 分子功能 GO:0102210 rhamnogalacturonan endolyase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ang:An11g00390 ani:ANIA_06395 ddd:Dda3937_01465 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.280

排名 1 · TkA04G513400 · TK1151

内质网0.222

排名 2 · TkA04G513400 · TK1151

溶酶体／液泡0.201

排名 3 · TkA04G513400 · TK1151

细胞核0.161

排名 4 · TkA04G513400 · TK1151

细胞外0.123

排名 5 · TkA04G513400 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06045Rhamnogal_lyase35-235 aa

PF26111Ig_Mok1347-61 aa

PF14686fn3_3228-243 aa

PF14686fn3_3391-463 aa

PF13620CarboxypepD_reg419-449 aa

PF13715CarbopepD_reg_2420-437 aa

PF09430EMC7_beta-sandw421-438 aa

PF14683CBM-like477-665 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G513400	`PF06045`	Rhamnogal_lyase	35	235	5.8e-88	294.5
TkA04G513400	`PF26111`	Ig_Mok13	47	61	0.27	12.1
TkA04G513400	`PF14686`	fn3_3	228	243	3.4e-25	88.3
TkA04G513400	`PF14686`	fn3_3	391	463	3.4e-25	88.3
TkA04G513400	`PF13620`	CarboxypepD_reg	419	449	0.011	16.7
TkA04G513400	`PF13715`	CarbopepD_reg_2	420	437	0.0077	16.9
TkA04G513400	`PF09430`	EMC7_beta-sandw	421	438	0.002	19.0
TkA04G513400	`PF14683`	CBM-like	477	665	6.1e-50	169.9
TkA04G513400	`PF26111`	Ig_Mok13	558	584	0.27	12.1
TkA04G513400	`PF14686`	fn3_3	566	580	3.4e-25	88.3
TkA04G513400	`PF09430`	EMC7_beta-sandw	566	603	0.002	19.0
TkA04G513400	`PF13715`	CarbopepD_reg_2	566	601	0.0077	16.9
TkA04G513400	`PF13620`	CarboxypepD_reg	566	602	0.011	16.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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