TkA04G501920 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G501920

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 126730205-126735448 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3645 bp · TkA04G501920|TK1151|cDNA

AAGAGAGGGGCGTAAGTGTAATTTACGAATGAAGTCATCACCAAACCTTCTATATTAAAATCCCGCGAACATCCTCCGTCGCTCTCCCCCAGTCTCCCACTGTGTAACAAAGTCTATCTTTCTCTCTCTAGCCCACAAAAGAAAAACGCACGCATTCTCCGCAACACTCCTTACCCGATTCGATCGCCATCAATGGCTGCAGTGAAGGGCTTGTATGGATCGCTAGATGAGTTTTTGAAGCACTGTTCACAGTCAGGTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

3210 bp · TkA04G501920|TK1151|CDS

ATGGCTGCAGTGAAGGGCTTGTATGGATCGCTAGATGAGTTTTTGAAGCACTGTTCACAGTCAGGTGACTCTGCCTACAGTGCGTTCAGATCACTCTTGGAGCGCCTCGAGAACCCGGAGACCCGAACCGAAGCCAGGATCTTCTTCACGCATCTCCAAAAAAAACTCGAAACCGATGGAGCATCAGAACATTGCCTCGATACTTACCATTTCCAAATCCAAGATATATACCTCGAACGGAATGAAGGTTACCAAAAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1069 aa · TkA04G501920|TK1151|PROTEIN

MAAVKGLYGSLDEFLKHCSQSGDSAYSAFRSLLERLENPETRTEARIFFTHLQKKLETDGASEHCLDTYHFQIQDIYLERNEGYQKKKKLTMMVIPSIFMPEDWSFTFYEGLNRHPDSIFKDKTVAELGCGNGWISIAIAEKWLPLKVYGLDINPRAVKISWINLYLNALDENGQLVYDQEKKTLLDRVEFYESDLLSYCRDNHIELERIVGCIPQILNPNPDAMSKLITENASEEFLHSLSNYCALQGFVEDQFGLGLI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G501920`
TK1151 ID	TkA04G501920
OH-1004 ID	LXL04_016758
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	61.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 15.435 / OH-1004 99.363 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G501920

位置 Chr04:126730205-126735448 (-)

描述 Similar to MMT1: Methionine S-methyltransferase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g49810`	催化从腺苷-L-高半胱氨酸（AdoMet）和蛋氨酸生成S-甲基蛋氨酸（SMM）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016758 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001887 selenium compound metabolic process 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0046500 S-adenosylmethionine metabolic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0008757 S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity 分子功能

GO:0030170 pyridoxal phosphate binding 分子功能

GO:0030732 methionine S-methyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G49810

zma:541786

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.580

排名 1 · TkA04G501920 · TK1151

细胞核0.286

排名 2 · TkA04G501920 · TK1151

线粒体0.128

排名 3 · TkA04G501920 · TK1151

细胞膜0.088

排名 4 · TkA04G501920 · TK1151

内质网0.062

排名 5 · TkA04G501920 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07669Eco57I74-100 aa

PF13489Methyltransf_23112-168 aa

PF05175MTS121-178 aa

PF13847Methyltransf_31121-163 aa

PF06325PrmA121-181 aa

PF02475TRM5-TYW2_MTfase121-173 aa

PF13649Methyltransf_25125-160 aa

PF08242Methyltransf_12127-158 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G501920	`PF07669`	Eco57I	74	100	0.063	14.1
TkA04G501920	`PF13489`	Methyltransf_23	112	168	0.00038	20.9
TkA04G501920	`PF05175`	MTS	121	178	5.8e-06	26.7
TkA04G501920	`PF13847`	Methyltransf_31	121	163	9e-06	26.2
TkA04G501920	`PF06325`	PrmA	121	181	1.2e-05	25.7
TkA04G501920	`PF02475`	TRM5-TYW2_MTfase	121	173	0.00039	21.1
TkA04G501920	`PF13649`	Methyltransf_25	125	160	0.00044	21.6
TkA04G501920	`PF08242`	Methyltransf_12	127	158	0.012	17.0
TkA04G501920	`PF29244`	Methyltransf_ANTKMT	127	173	0.017	16.3
TkA04G501920	`PF08241`	Methyltransf_11	127	162	0.021	16.1
TkA04G501920	`PF07669`	Eco57I	148	197	0.063	14.1
TkA04G501920	`PF00155`	Aminotran_1_2	416	473	4.3e-14	53.2
TkA04G501920	`PF31158`	AICE_RepA_C	458	479	0.21	12.4
TkA04G501920	`PF13489`	Methyltransf_23	503	532	0.00038	20.9
TkA04G501920	`PF13847`	Methyltransf_31	505	535	9e-06	26.2
TkA04G501920	`PF30366`	YehQ_4HB	524	557	0.1	13.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LTB2`	拟南芥	sp\|Q9LTB2\|MMT1_ARATH Methionine S-methyltransferase	68.100%	Swiss-Prot	高置信

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