TkA04G497490 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G497490

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 125644326-125647666 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1735 bp · TkA04G497490|TK1151|cDNA

GAAAGTCTCCCATCCAAATTTGCAAAGATCATGTGGAAGTCCCCATTAAAATTCAGTCGCCAGACATTTCAACATGTTTAAAGTTCAAGAATCTCAGGATCGTTGCTCATATCTCAATCGTTTTATTGCGCTTGTCTGTGAGATACTCACTTAATCTTCGGTGATTGCTTGATCGGTATTGTTCCTGTCGCTAAAGCCCTAACCGAGCAACTGACAAGGTGAAATATCTGAATGAAATAAATTAAATCAATTTGCTACAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1233 bp · TkA04G497490|TK1151|CDS

ATGATGTTGGTACAAAGTTCCATTGATTCTCTTCGGCTCTCTTCTGTTCCTGACCTTGGAAAACAAGAAATGTTATGTGTCTGGATCCCTGGCAATCAATCATGGCAGGAGCATCCAAATGCCACTCCAGTAACCAAGGACGAGACTTCATCTTCTAGAAACTTCTTAAGTTCTTCCCAGTTATCAACAGAAGGTGACATGCCAGAAACTTCTAAACCTAATCTTGTATACAAACGAAAAAAGACCGGAGAAAGGTCAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

410 aa · TkA04G497490|TK1151|PROTEIN

MMLVQSSIDSLRLSSVPDLGKQEMLCVWIPGNQSWQEHPNATPVTKDETSSSRNFLSSSQLSTEGDMPETSKPNLVYKRKKTGERSKPTIVYKRKKVQSVCCSSSKSYMELGSVSLKQQQVDDVGECSSSVVVKKDVSETNSCMVFLGNHLVLERRTFNKPTDFENDICSLRACKICEQSALTLKMLICDICEEWFHMFCCNPVVKKIPVGDWFCRDCLRKKFKKMKEVSSEKSPKGYFGLIVAMLRDVDSYKSDVRIGE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G497490`
TK1151 ID	TkA04G497490
OH-1004 ID	LXL04_039040
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G497490`
位置	Chr04:125644326-125647666 (-)
描述	Similar to KMT2C: Histone-lysine N-methyltransferase 2C
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_039040` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0000183 rDNA heterochromatin formation 生物过程 GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程 GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程 GO:0006275 regulation of DNA replication 生物过程 GO:0006334 nucleosome assembly 生物过程 GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0007338 single fertilization 生物过程 GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程
KEGG 基因交叉引用	hsa:11177 hsa:58508 sce:YJR119C 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.974

排名 1 · TkA04G497490 · TK1151

细胞质0.084

排名 2 · TkA04G497490 · TK1151

细胞膜0.024

排名 3 · TkA04G497490 · TK1151

内质网0.013

排名 4 · TkA04G497490 · TK1151

质体0.010

排名 5 · TkA04G497490 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01448ELM222-32 aa

PF30811PHD_UBR7-like158-179 aa

PF00628PHD174-218 aa

PF23004PHDvar_NSD174-209 aa

PF30811PHD_UBR7-like177-221 aa

PF07496zf-CW189-221 aa

PF01448ELM2256-282 aa

PF07496zf-CW286-297 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G497490	`PF01448`	ELM2	22	32	0.0012	20.4
TkA04G497490	`PF30811`	PHD_UBR7-like	158	179	0.0024	18.5
TkA04G497490	`PF00628`	PHD	174	218	9.8e-10	39.0
TkA04G497490	`PF23004`	PHDvar_NSD	174	209	1.8	9.4
TkA04G497490	`PF30811`	PHD_UBR7-like	177	221	0.0024	18.5
TkA04G497490	`PF07496`	zf-CW	189	221	6.3e-05	23.6
TkA04G497490	`PF01448`	ELM2	256	282	0.0012	20.4
TkA04G497490	`PF07496`	zf-CW	286	297	6.3e-05	23.6
TkA04G497490	`PF00628`	PHD	290	303	9.8e-10	39.0
TkA04G497490	`PF07496`	zf-CW	312	366	6.3e-05	23.6
TkA04G497490	`PF23004`	PHDvar_NSD	324	331	1.8	9.4
TkA04G497490	`PF01448`	ELM2	353	357	0.0012	20.4
TkA04G497490	`PF00628`	PHD	355	366	9.8e-10	39.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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